9qdk

Trypanosoma brucei PTR1 in complex with fragment L330 and compound F46

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pteridine reductase

Trypanosoma brucei brucei

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 2-amino-3H,4H,7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one × 4 1-(3,4-dichlorobenzyl)-1H-benzimidazol-2-amine × 4 ACETATE ION × 2 GLYCEROL × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O76290_TRYBB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–288； UniProt 1–268 作者链 B； PDB构建体 21–288； UniProt 1–268 作者链 C； PDB构建体 21–288； UniProt 1–268 作者链 D； PDB构建体 21–288； UniProt 1–268

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qdk
沉积日期 deposition_date	2025-03-06
最后修订 last_revision	2026-03-18
结构标题 title	Trypanosoma brucei PTR1 in complex with fragment L330 and compound F46
关键词 keywords	Trypanosoma brucei, pteridine reductase, PTR1, TbPTR1, fragment based drug design, NADPH, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9qdk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9qdk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9qdk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.29 Å
Rg（电子密度）	28.08 Å
总 Rg	28.76 Å
原子数	7595
残基数	985
排除体积	134750 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9qdk__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pteridine reductase
分子量 formula_weight	30669.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8336

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMEAPAAVVTGAAKRIGRAIAVKLHQTGYRVVIHYHNSAEAAVSLADELNKERSNTAVVCQADLTNSNVLPASCEEIINSCFRAFGRCDVLVNNASAFYPTPLVQGDHEDNSNGKTVETQVAELIGTNAIAPFLLTMSFAQRQKGTNPNCTSSNLSIVNLCDAMVDQPCMAFSLYNMGKHALVGLTQSAALELAPYGIRVNGVAPGVSLLPVAMGEEEKDKWRRKVPLGRREASAEQIADAVIFLVSGSAQYITGSIIKVDGGLSLVHA

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei brucei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	745.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-amino-3H,4H,7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1-(3,4-dichlorobenzyl)-1H-benzimidazol-2-amine
分子量 formula_weight	292.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	627

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晶胞边长 a length_a	74.505 Å
晶胞边长 b length_b	89.298 Å
晶胞边长 c length_c	82.629 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.65 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	41.740 Å
R 因子 r_factor	0.1730
R_work r_work	0.1706
R_free r_free	0.2167

Trypanosoma brucei PTR1 in complex with fragment L330 and compound F46

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pteridine reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qdk__assembly_1__model_1

9qdk__assembly_1__model_1 | I(q)

9qdk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Trypanosoma brucei PTR1 in complex with fragment L330 and compound F46

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pteridine reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qdk__assembly_1__model_1

9qdk__assembly_1__model_1 | I(q)

9qdk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)