SAXSdb — 9qgi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIR repeat containing ubiquitin-conjugating enzyme, isoform B

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	E1 ubiquitin-activating enzyme × 1 （Q8T0L3） Polyubiquitin-C × 2 （P0CG48） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0B4KG50_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–305； UniProt 4577–4879

E1 ubiquitin-activating enzyme

Drosophila melanogaster

UniProt Q8T0L3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	BIR repeat containing ubiquitin-conjugating enzyme, isoform B × 1 （A0A0B4KG50） Polyubiquitin-C × 2 （P0CG48） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8T0L3_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–1010； UniProt 184–1191

Polyubiquitin-C

Homo sapiens

UniProt P0CG48

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	BIR repeat containing ubiquitin-conjugating enzyme, isoform B × 1 （A0A0B4KG50） E1 ubiquitin-activating enzyme × 1 （Q8T0L3） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qgi
沉积日期 deposition_date	2025-03-13
结构标题 title	Structure of dUBA1-UbDha-dBIRC6 trapped ternary complex (Cluster 2)
关键词 keywords	Ubiquitin, E1, E2, Ligase, SIGNALING PROTEIN; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9qgi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9qgi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9qgi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.38 Å
Rg（电子密度）	35.54 Å
总 Rg	36.07 Å
原子数	11311
残基数	1422
排除体积	201560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9qgi__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BIR repeat containing ubiquitin-conjugating enzyme, isoform B
分子量 formula_weight	35565.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11311

GPEPQSKSIEQRYLELMKKRQFDTFDMIVESDNNSFRFVVSHHFEKMVRLAGDRYHPSRVKRLAQEAVTLSTSLPLSFSSSVFVRCDTDRLDIMKVLITGPADTPYANGCFEFDVFFPPDYPNQPMLINLETTGRHSVRFNPNLYNDGKVCLSVLNTWHGRPEEKWNAQTSSFLQVLVSIQSLILVPEPYFNEPGFERSRGSPSGTNSSREYNSNIYQACVRWAMLEQIRSPSQCFKDVIHKHFWLKREEICAQIEGWIEELGKPQYTERASRTISFNSMVLRRHYRHLREELSKLKPPRGLEDL

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	E1 ubiquitin-activating enzyme
分子量 formula_weight	112045.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPMAGNSAAAGGDIDESLYSRQLYVLGHDAMRRMANSDILLSGLGGLGLEIAKNVILGGVKSITLHDTATCGLHDLSSQFYLTEADIGKNRAEASCAQLAELNNYVRTVSHTGPLTEEFLRKFRVVVLTNSDGEEQQRIAKFAHENGIALIIAETRGLFAKVFCDFGESFTIYDQDGTQPISTMIASITHDAQGVVTCLDETRHGFNDGDYVTFSEVQGMQELNGCQPLKITVLGPYTFSIGDTSKFGEYKSGGVATQVKMPKTISFKPLAQATEEPEFLISDFAKLDSPATLHVAFNALSCYRKAHNGALPRPWNEEDANSFLEVVRASSNAEVDEKLVLQFAKICSGNTCPLDAAVGGIVAQEVLKACSGKFTPIYQWLYFDALECLPTEGVEEADAQPVGSRYDSQIAIFGKKFQEKLADSKWFIVGAGAIGCELLKNFGMLGLGTGNGQIFVTDMDLIEKSNLNRQFLFRPHDVQKPKSMTAADAIKRMNPEVNVTAYELRVGAETEKVFSEDFFGKLDGVANALDNVDARIYMDRKCIFNRIPLVETGTLGTLGNVQVIVPFATESYSSSQDPPEKSIPICTLKNFPNAIEHTLQWARDAFEGVFKQSAENAAQYIADPQFTERIAKLPGIQPLEILDSIKKALIDDKPKSFAHCVEWARLYWEDQYVNQIKQLLFNFPPDQITSSGQPFWSGPKRCPDPLVFDVNDPMHLDFIYAAANLRAEVYGIEQVRNRETIAELVQKVKVPEFKPRSGVKIETNEAAAAASANNFDDGELDQDRVDKIISELLKNADKSSKITPLEFEKDDDSNLHMDFIVACSNLRAANYKIPPADRHKSKLIAGKIIPAIATTTSVLSGLAVLEVIKLIVGHRDLVKFKNGFANLALPFMAFSEPLPAAKNTYYGKEWTLWDRFEVTGELSLQEFLNYFEENEKLKITMLSQGVSMLYSFFMPKAKCSERLPLPMSEVVRRVSKRRLEPHERSLVFEICCNDVDGEDVEVPYVRYTLP

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polyubiquitin-C
分子量 formula_weight	8590.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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分辨率 resolution	3.16 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	23467

Structure of dUBA1-UbDha-dBIRC6 trapped ternary complex (Cluster 2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIR repeat containing ubiquitin-conjugating enzyme, isoform B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

E1 ubiquitin-activating enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polyubiquitin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qgi__assembly_1__model_1

9qgi__assembly_1__model_1 | I(q)

9qgi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of dUBA1-UbDha-dBIRC6 trapped ternary complex (Cluster 2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIR repeat containing ubiquitin-conjugating enzyme, isoform B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E1 ubiquitin-activating enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyubiquitin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qgi__assembly_1__model_1

9qgi__assembly_1__model_1 | I(q)

9qgi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)