SAXSdb — 9qii

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–1052	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9QII	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7PVN Crystal Structure of Human UBA6 in Complex with ATP 提交 2021-10-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1052（1052 aa）	突变：C625A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Na-cacodylate, 0.16 M Ca-acetate, 15% PEG 8000 and 16% Glycerol	分辨率 2.71 Å R-free 0.262
7PVN Crystal Structure of Human UBA6 in Complex with ATP 提交 2021-10-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–1052（1052 aa）	突变：C625A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Na-cacodylate, 0.16 M Ca-acetate, 15% PEG 8000 and 16% Glycerol	分辨率 2.71 Å R-free 0.262
7PYV Crystal structure of human UBA6 in complex with the ubiquitin-like modifier FAT10 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–623（623 aa）链 A 900–1052（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；277 K；0.5 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.4, 25% PEG 6000	分辨率 3.27 Å R-free 0.239
7PYV Crystal structure of human UBA6 in complex with the ubiquitin-like modifier FAT10 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–623（623 aa）链 B 900–1052（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；277 K；0.5 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.4, 25% PEG 6000	分辨率 3.27 Å R-free 0.239
7SOL Crystal Structures of the bispecific ubiquitin/FAT10 activating enzyme, Uba6 提交 2021-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 37–1052（1016 aa）	突变：C625A	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20 % PEG 3350, 0.2 M NaF	分辨率 2.25 Å R-free 0.206
7SOL Crystal Structures of the bispecific ubiquitin/FAT10 activating enzyme, Uba6 提交 2021-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 37–1052（1016 aa）	突变：C625A	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20 % PEG 3350, 0.2 M NaF	分辨率 2.25 Å R-free 0.206
9QGW Consensus structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (singly loaded) 提交 2025-03-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
9QH5 Consensus structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (doubly loaded) 提交 2025-03-14	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
9QHI Structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (cluster 0) 提交 2025-03-15	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.27 Å
9QIA Structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (cluster 2) 提交 2025-03-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.38 Å
9QIC Consensus structure of UBA6 提交 2025-03-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9QIG Structure of UBA6 (cluster 2) 提交 2025-03-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.94 Å
9QIM Consensus structure of UBA6-BIRC6 提交 2025-03-17	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å
9QIO Structure of UBA6-BIRC6 (cluster 0) 提交 2025-03-17	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.22 Å
9QIP Structure of UBA6-BIRC6 (cluster 4) 提交 2025-03-17	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
9QIV Consensus structure of UBA6-BIRC6 (alternative conformation) 提交 2025-03-17	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBA6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–1054； UniProt 1–1052

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qii
沉积日期 deposition_date	2025-03-17
结构标题 title	Structure of UBA6 (cluster 3)
关键词 keywords	E1, Ligase, SIGNALING PROTEIN; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.82 Å
零角强度 I(0) i0	200993000.00
分子量 molecular_weight	114880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	144260 Å³
包络体积 envelope_volume	189310 Å³
水化壳体积 shell_volume	46561 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.78 Å
包络 Rg envelope_rg	33.31 Å
形状 Rg shape_rg	33.83 Å
总 Rg total_rg	34.33 Å
总原子数 total_atoms	8077
残基数 n_residues	1011
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.6 Å
Rg (实空间) rg_real	34.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	201000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9039
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.163
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.570
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.922

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
分子量 formula_weight	118250.8 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	8077

GPMEGSEPVAAHQGEEASCSSWGTGSTNKNLPIMSTASVEIDDALYSRQRYVLGDTAMQKMAKSHVFLSGMGGLGLEIAKNLVLAGIKAVTIHDTEKCQAWDLGTNFFLSEDDVVNKRNRAEAVLKHIAELNPYVHVTSSSVPFNETTDLSFLDKYQCVVLTEMKLPLQKKINDFCRSQCPPIKFISADVHGIWSRLFCDFGDEFEVLDTTGEEPKEIFISNITQANPGIVTCLENHPHKLETGQFLTFREINGMTGLNGSIQQITVISPFSFSIGDTTELEPYLHGGIAVQVKTPKTVFFESLERQLKHPKCLIVDFSNPEAPLEIHTAMLALDQFQEKYSRKPNVGCQQDSEELLKLATSISETLEEKPDVNADIVHWLSWTAQGFLSPLAAAVGGVASQEVLKAVTGKFSPLCQWLYLEAADIVESLGKPECEEFLPRGDRYDALRACIGDTLCQKLQNLNIFLVGCGAIGCEMLKNFALLGVGTSKEKGMITVTDPDLIEKSNLNRQFLFRPHHIQKPKSYTAADATLKINSQIKIDAHLNKVCPTTETIYNDEFYTKQDVIITALDNVEARRYVDSRCLANLRPLLDSGTMGTKGHTEVIVPHLTESYNSHRDPPEEEIPFSTLKSFPAAIEHTIQWARDKFESSFSHKPSLFNKFWQTYSSAEEVLQKIQSGHSLEGCFQVIKLLSRRPRNWSQCVELARLKFEKYFNHKALQLLHCFPLDIRLKDGSLFWQSPKRPPSPIKFDLNEPLHLSFLQNAAKLYATVYCIPFAEEDLSADALLNILSEVKIQEFKPSNKVVQTDETARKPDHVPISSEDERNAIFQLEKAILSNEATKSDLQMAVLSFEKDDDHNGHIDFITAASNLRAKMYSIEPADRFKTKRIAGKIIPAIATTTATVSGLVALEMIKVTGGYPFEAYKNCFLNLAIPIVVFTETTEVRKTKIRNGISFTIWDRWTVHGKEDFTLLDFINAVKEKYGIEPTMVVQGVKMLYVPVMPGHAKRLKLTMHKLVKPTTEKKYVDLTVSFAPDIDGDEDLPGPPVRYYFSHDTD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.99 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17392

fit	/app/data/saxs_computation/qi/9qii/9qii.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qi/9qii/9qii.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qi/9qii/9qii.dat

Structure of UBA6 (cluster 3)