9qqt

Methyl-coenzyme M reductase of ANME-2d Candidatus Methanoperedens Vercelli Strain 1 from a bioreactor enrichment culture

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Methyl-coenzyme M reductase subunit beta × 2 （A0A822J4Y5） Methyl-coenzyme M reductase subunit gamma × 2 POTASSIUM ION × 1 FACTOR 430 × 2 1,2-ETHANEDIOL × 22 Coenzyme B × 2 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 2 O-PHOSPHONO-N-{(2E)-7-[(2-SULFOETHYL)DITHIO]HEPT-2-ENOYL}-L-THREONINE × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A822J3V5_9EURY
Isoform	—
PDB实体	1, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 D； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566

Methyl-coenzyme M reductase subunit beta

物种未注明

UniProt A0A822J4Y5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha × 1 （A0A822J3V5） Methyl-coenzyme M reductase subunit gamma × 2 Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha × 1 （A0A822J3V5） POTASSIUM ION × 1 FACTOR 430 × 2 1,2-ETHANEDIOL × 22 Coenzyme B × 2 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 2 O-PHOSPHONO-N-{(2E)-7-[(2-SULFOETHYL)DITHIO]HEPT-2-ENOYL}-L-THREONINE × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A822J4Y5_9EURY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 E； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qqt
沉积日期 deposition_date	2025-04-02
结构标题 title	Methyl-coenzyme M reductase of ANME-2d Candidatus Methanoperedens Vercelli Strain 1 from a bioreactor enrichment culture
关键词 keywords	;methanotrophy, anaerobic methanotrophic archaea, methane oxidation, methyl-coenzyme M reductase, ANME, MCR, reverse methanogenesis, nickel-dependent enzyme, coenzyme M, coenzyme B, F430 cofactor, post-translational modification, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9qqt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9qqt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9qqt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.06 Å
Rg（电子密度）	37.38 Å
总 Rg	37.86 Å
原子数	37826
残基数	2474
排除体积	340020 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9qqt__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha
分子量 formula_weight	61873.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.4.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	43046

MAEPRFKKSMETKYAKEWGSNKVGSTAKAKITDKKTKYLRLGYQQNPRKVEMAKCGAAITKKRGLQAYDPKLHLAGIPMGQRQLTPYTISGTDIVCDGDDLHFVNNAAMQQEWDDIRRTCVVGLDLAHETLEKRLGKEVTPETINYYLEVLNHAMPGAAIVQEHMVETHPALVDDCYVKIFTGDETLQDEVDKQFVINIDNEFPANQAKQIKAAVGKTSWQAVHIPTIVTRTEDGPGTSRWMAMQVGMTFISAYHMCAGEAAVGELAFTAKHAGLVEMGDMIPARRARGPNEPGGLSFGHMADIVQTNRKGPEDPVNVVLQTASAATMLYDQIWLGGYMSGGVGFTMYATPAYTNDIVDDFLYWGNDYAAKKYGGNGKAKATIDTVKDIATETTLYGLEAYEKYPTTLEDHFGGSQRATVISIAAGGATALATGHSQAGLSAWYLSMYLHKEAHGRLGFYGYDLQDQCGATNVFSIASDEGCIGECRGANYPNYAMNVGHQGGYTSVVAAAHAGKDAFCVNPLVKTCFADELINFDFADPRAAFGKAALREWDRCAGERAFVIPAK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Methyl-coenzyme M reductase subunit beta
分子量 formula_weight	45334.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.4.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MADTIDLYSDRGAKLKSGVDINDISPMRNAAIKSIVTGIKRTAAVDLAGIEKTLATSAIGGKGRKIPGREMKLDIVKNAAAIQKAVNELVQVDSGDDTVVKALNGGKQLIVQVPSVRIDVAAEYVSSLTCTASAVTQALVSQFNIGMFDAPTIKSAVWGQYPQTLDMVGGNVKSIVDIPQKDEGFGYTLRNVMANHLAATCKKSAMNTAALCSILENTGVFEMGDAIGNQTRHRLLAFSHQGLNANNLVYGTTKALGKTGTIGSAVHACVEKAIADKVISADKKFASGYTTYKTNDVGKWNAYCAAGTLVATLINCGAQRAPQSVSAVLLYFNDLIEKETSLPGCDFGKVQGAAVGFSFFSHSIYGGGGPGVFNGNHVVTRHSKGLAVPCVAAAVALDAGVQIYSPEKTSGLVGDVFSSVDEFREPIKAVAGAV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Methyl-coenzyme M reductase subunit gamma
分子量 formula_weight	28253.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.4.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MAYKPQYYPGSTSVAKNRRKHMSDDVEKMRDISDEDLTALLGHRAPGSDYPSTHPPLSEIGEPACSVREVVEPTPGAAAGDRLRYVQWSDSMYNAPSVPYWRSYHAAINFRGVDPGTLSGRQVNEMRERDMEEYAKRQAETEMTDWGLAGMRGCTVHGXSLRLQEDGVMFDMLDRRRLEGGVIVSDKDQVGVPIDRKVNLGKPMSEAEAAKRTTFYRVDNVAFRSDKEVIEHVQKVWELRTKYGFVPKA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha
分子量 formula_weight	61857.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.4.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FACTOR 430
分子量 formula_weight	906.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	Coenzyme B
分子量 formula_weight	343.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	1-THIOETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	142.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	O-PHOSPHONO-N-{(2E)-7-[(2-SULFOETHYL)DITHIO]HEPT-2-ENOYL}-L-THREONINE
分子量 formula_weight	481.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3293

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晶胞边长 a length_a	81.621 Å
晶胞边长 b length_b	189.823 Å
晶胞边长 c length_c	83.930 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	0.980 Å
最低分辨率 resolution_low	41.710 Å
R 因子 r_factor	0.1293
R_work r_work	0.1283
R_free r_free	0.1481

Methyl-coenzyme M reductase of ANME-2d Candidatus Methanoperedens Vercelli Strain 1 from a bioreactor enrichment culture

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Methyl-coenzyme M reductase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qqt__assembly_1__model_1

9qqt__assembly_1__model_1 | I(q)

9qqt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

7. 引用文献 (1)

Methyl-coenzyme M reductase of ANME-2d Candidatus Methanoperedens Vercelli Strain 1 from a bioreactor enrichment culture

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Methyl-coenzyme M reductase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qqt__assembly_1__model_1

9qqt__assembly_1__model_1 | I(q)

9qqt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

7. 引用文献 (1)