SAXSdb — 9qrm

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Depolymerase 2, capsule K21-specific

Klebsiella pneumoniae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 3 其他聚合物 3	;(2~{S},4~{a}~{S},6~{R},7~{S},8~{R},8~{a}~{R})-2-methyl-6,7,8-tris(oxidanyl)-4,4~{a},6,7,8,8~{a}-hexahydropyrano[3,2-d][1,3]dioxine-2-carboxylic acid-(4-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose ; × 3 GLYCEROL × 6 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOL2_BPK32
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–576； UniProt 1–576

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qrm
沉积日期 deposition_date	2025-04-03
结构标题 title	X-ray structure of Kp32gp38 in complex with K21 pyr5
关键词 keywords	Klebsiella pneumoniae, phage depolymerase, protein structure, CPS degradation, immune response induction, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9qrm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9qrm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9qrm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.65 Å
Rg（电子密度）	37.40 Å
总 Rg	37.80 Å
原子数	12774
残基数	1689
排除体积	225870 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9qrm__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Depolymerase 2, capsule K21-specific
分子量 formula_weight	62754.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4929

MLDNFNQPKGSTIGVLKDGRTIQEAFDSLPRLESFSGSTATDKLRAAITLGVSEVAIGPVEGNGGRPYEFGDVVIPYPLRIVGCGSQGINVTKGTVLKRSAGASFMFHFTGEGQAQRPMGGGLFNINLNGDTATALGDIIKVTQWSYFKANNCAFQNMAGWGIRLKDVMESNISGNLFRRLGGPSGGGILFDDVRSAVTDNVNNLHIEDNTFALMSGPWIGSTANSNPDLIWIVRNKFEFDGTPAAPNTVDSYVLDFQQLSRAFIQDNGFTHFTTERNRYVGVLRVGATAVGTIKFEDNLLFACESAGLIAGGIVVSRGNVNNQGSATTAIKQFTNTSSKLCKLERVINVQSNGNVSVGQQILPDGYINMAELPGNTRLPSEYDADGETTSVLRVPANTQVRQWSVPKMYKDGLTVTKVTVRAKGAAAGAILSLQSGSTVLSTKSIDAGVWKNYVFYVKANQLQETLQLRNTGTADVLADGMVFGKVDYIDWDFAIAPGTLAAGAKYTTPNQSYLDVAGMRVQAVSIPMFDGPTTGLQVWVEATSANGSFVVVMKNDTGSELVTTVTRCRVRAFVSKGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;(2~{S},4~{a}~{S},6~{R},7~{S},8~{R},8~{a}~{R})-2-methyl-6,7,8-tris(oxidanyl)-4,4~{a},6,7,8,8~{a}-hexahydropyrano[3,2-d][1,3]dioxine-2-carboxylic acid-(4-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose ;
分子量 formula_weight	898.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	509

▶

晶胞边长 a length_a	70.492 Å
晶胞边长 b length_b	70.492 Å
晶胞边长 c length_c	205.594 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	14.940 Å
R 因子 r_factor	0.1907
R_work r_work	0.1882
R_free r_free	0.2354

X-ray structure of Kp32gp38 in complex with K21 pyr5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Depolymerase 2, capsule K21-specific

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qrm__assembly_1__model_1

9qrm__assembly_1__model_1 | I(q)

9qrm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

X-ray structure of Kp32gp38 in complex with K21 pyr5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Depolymerase 2, capsule K21-specific

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qrm__assembly_1__model_1

9qrm__assembly_1__model_1 | I(q)

9qrm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)