9qux

Solution structure of the Homer1 EVH1 domain

Method: SOLUTION NMR Dmax: 53.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Homer protein homolog 1

Mus musculus

UniProt Q9Z2Y3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–118 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.36;298 K;离子强度(mmCIF原始值)215;压力 1 NMR样品组成:180 uM [U-13C; U-15N] Homer1 EVH1, 50 mM Sodium phosphate buffer, 20 mM sodium chloride, 0.02 % NaN3, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HOME1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–121; UniProt 1–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9qux

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9qux
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9qux
沉积日期 deposition_date2025-04-11
结构标题 titleSolution structure of the Homer1 EVH1 domain
关键词 keywordsPostsynapse, Enabled/VASP homology 1 domain, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.60
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.03
零角强度 I(0) i01058770000.00
分子量 molecular_weight274850.0 kDa
排除体积 excluded_volume343210 ų
包络体积 envelope_volume34693 ų
水化壳体积 shell_volume16505 ų
包络直径 envelope_diameter61.4
壳层 Rg shell_rg24.00
包络 Rg envelope_rg18.82
形状 Rg shape_rg14.96
总 Rg total_rg15.44
总原子数 total_atoms38420
残基数 n_residues2420
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax53.8
Rg (实空间) rg_real15.58
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30
I(0) (实空间) i0_real1.0590e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1150e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.58
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1059000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8642
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.4
偏度 Skewness skewness0.295
峰度 Kurtosis kurtosis-0.183
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha316300.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.752; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.993

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)