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9qyi

Crystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase complex with adenosine

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 165.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenosylhomocysteinase

Homo sapiens

UniProt P23526

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–432 链 B； UniProt 2–432 链 D； UniProt 2–432 链 E； UniProt 2–432 未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4 K POTASSIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；291 K；Morpheus D4 分辨率 1.59 Å R-free 0.214
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 2–432 链 F； UniProt 2–432 链 G； UniProt 2–432 链 H； UniProt 2–432 未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4 K POTASSIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；291 K；Morpheus D4 分辨率 1.59 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9QYI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A7A STRUCTURE OF HUMAN PLACENTAL S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE HYDROLASE: DETERMINATION OF A 30 SELENIUM ATOM SUBSTRUCTURE FROM DATA AT A SINGLE WAVELENGTH 提交 1998-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–432（431 aa）
链 B 2–432（431 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADC (1'R,2'S)-9-(2-HYDROXY-3'-KETO-CYCLOPENTEN-1-YL)ADENINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 2.80 Å R-free 0.247
1LI4 Human S-adenosylhomocysteine hydrolase complexed with neplanocin 提交 2002-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–432（432 aa）
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 NOC 3-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-5-HYDROXYMETHYL-CYCLOPENTANE-1,2-DIOL × 4 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；273 K；PEG4K, IOSPROPANOL, AMMONIUM ACETATE, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K
分辨率 2.01 Å R-free 0.236
3NJ4 Fluoro-neplanocin A in Human S-Adenosylhomocysteine Hydrolase 提交 2010-06-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–432（432 aa）
链 B 1–432（432 aa）
链 C 1–432（432 aa）
链 D 1–432（432 aa）
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 AFX (4S,5S)-4-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3-fluoro-5-hydroxy-2-(hydroxymethyl)cyclopent-2-en-1-one × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M HEPES pH 8.0, 22% PEG400, 100mM Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.261
4PFJ The structure of bi-acetylated SAHH 提交 2014-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–432（432 aa）
链 B 1–432（432 aa）
突变：e396c 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：e396c 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG 3350, sodium formate, bis-tris
分辨率 2.30 Å R-free 0.245
4PGF The structure of mono-acetylated SAHH 提交 2014-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–432（432 aa）
链 B 1–432（432 aa）
突变：e396c 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：e396c 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG 3350, sodium formate, bis-tris
分辨率 2.59 Å R-free 0.248
4YVF Structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase 提交 2015-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–432（432 aa）
链 B 1–432（432 aa）
未记录 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 XFA 2-{[5-chloro-2-(4-chlorophenoxy)phenyl](2-{[2-(methylamino)ethyl]amino}-2-oxoethyl)amino}-N-(1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-N-methylacetamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；HEPES, PEG 4000, 2-propanol, ethyl acetate
分辨率 2.70 Å R-free 0.239
5W49 The crystal structure of human S-adenosylhomocysteine hydrolase (AHCY) bound to oxadiazole inhibitor 提交 2017-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 4–432（429 aa）
链 B 4–432（429 aa）
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 28 9W1 (4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)[(3R)-3-{4-[(3-methoxyphenyl)amino]-6-methylpyridin-2-yl}pyrrolidin-1-yl]methanone × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；8-12% PEG8000, 0.12 M ethylene glycol, 0.1 M Tris(base):Bicine, pH 8.5
分辨率 2.40 Å R-free 0.226
5W4B The crystal structure of human S-adenosylhomocysteine hydrolase (AHCY) bound to benzothiazole inhibitor 提交 2017-06-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 4–432（429 aa）
链 B 4–432（429 aa）
链 E 4–432（429 aa）
链 F 4–432（429 aa）
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 9W4 4-[(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl)methyl]-N-[2-(morpholin-4-yl)-1,3-benzothiazol-6-yl]benzamide × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；8-12% PEG8000, 0.12 M ethylene glycol, 0.1 M Tris(base):Bicine, pH 8.5
分辨率 2.65 Å R-free 0.240
5W4B The crystal structure of human S-adenosylhomocysteine hydrolase (AHCY) bound to benzothiazole inhibitor 提交 2017-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 4–432（429 aa）
链 D 4–432（429 aa）
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 9W4 4-[(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl)methyl]-N-[2-(morpholin-4-yl)-1,3-benzothiazol-6-yl]benzamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；8-12% PEG8000, 0.12 M ethylene glycol, 0.1 M Tris(base):Bicine, pH 8.5
分辨率 2.65 Å R-free 0.240
9QYJ Crystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase in complex with adenosine and cadmium ions. 提交 2025-04-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–432（431 aa）
链 B 2–432（431 aa）
链 D 2–432（431 aa）
链 E 2–432（431 aa）
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4 CD CADMIUM ION × 24 K POTASSIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；Morpheus D4
分辨率 1.93 Å R-free 0.244
9QYJ Crystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase in complex with adenosine and cadmium ions. 提交 2025-04-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 2–432（431 aa）
链 F 2–432（431 aa）
链 G 2–432（431 aa）
链 H 2–432（431 aa）
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4 CD CADMIUM ION × 21 K POTASSIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；Morpheus D4
分辨率 1.93 Å R-free 0.244

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SAHH_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–431； UniProt 2–432 作者链 B； PDB构建体 1–431； UniProt 2–432 作者链 C； PDB构建体 1–431； UniProt 2–432 作者链 D； PDB构建体 1–431； UniProt 2–432 作者链 E； PDB构建体 1–431； UniProt 2–432 作者链 F； PDB构建体 1–431； UniProt 2–432 作者链 G； PDB构建体 1–431； UniProt 2–432 作者链 H； PDB构建体 1–431； UniProt 2–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9qyi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9qyi
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9qyi
沉积日期 deposition_date2025-04-18
最后修订 last_revision2026-04-29
结构标题 titleCrystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase complex with adenosine
关键词 keywordsProtein dynamics, human SAHase, metal binding, AHCY, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier50.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.80 Å
零角强度 I(0) i02159210000.00
分子量 molecular_weight388230.0 kDa
排除体积 excluded_volume485390 ų
包络体积 envelope_volume600400 ų
水化壳体积 shell_volume95603 ų
包络直径 envelope_diameter173.0 Å
壳层 Rg shell_rg56.03 Å
包络 Rg envelope_rg50.30 Å
形状 Rg shape_rg50.83 Å
总 Rg total_rg50.84 Å
总原子数 total_atoms27195
残基数 n_residues3440
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax165.2 Å
Rg (实空间) rg_real50.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1590e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4230e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2159000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8736
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary53.3 Å
偏度 Skewness skewness0.307
峰度 Kurtosis kurtosis-0.624
角度范围 angular_range— – 0.1550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha245200000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.676
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)