SAXSdb — 9r1d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3 variant

Trypanosoma brucei brucei TREU927

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 2	Histone H4 × 2 （Q587H6） Histone H2A × 2 （Q57YA3） Histone H2B × 2 （Q389T1） Widom 601 145 bp DNA (115-mer ordered and built) × 1 Widom 601 145 bp DNA (115-mer ordered and built) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q387X7_TRYB2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–138； UniProt 2–139 作者链 E； PDB构建体 1–138； UniProt 2–139

Histone H4

Trypanosoma brucei brucei TREU927

UniProt Q587H6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 2	Histone H3 variant × 2 （Q387X7） Histone H2A × 2 （Q57YA3） Histone H2B × 2 （Q389T1） Widom 601 145 bp DNA (115-mer ordered and built) × 1 Widom 601 145 bp DNA (115-mer ordered and built) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q587H6_TRYB2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 2–100 作者链 F； PDB构建体 1–99； UniProt 2–100

Histone H2A

Trypanosoma brucei brucei TREU927

UniProt Q57YA3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 2	Histone H3 variant × 2 （Q387X7） Histone H4 × 2 （Q587H6） Histone H2B × 2 （Q389T1） Widom 601 145 bp DNA (115-mer ordered and built) × 1 Widom 601 145 bp DNA (115-mer ordered and built) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q57YA3_TRYB2
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134 作者链 G； PDB构建体 1–133； UniProt 2–134

Histone H2B

Trypanosoma brucei brucei TREU927

UniProt Q389T1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 2	Histone H3 variant × 2 （Q387X7） Histone H4 × 2 （Q587H6） Histone H2A × 2 （Q57YA3） Widom 601 145 bp DNA (115-mer ordered and built) × 1 Widom 601 145 bp DNA (115-mer ordered and built) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q389T1_TRYB2
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–111； UniProt 2–112 作者链 H； PDB构建体 1–111； UniProt 2–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9r1d
沉积日期 deposition_date	2025-04-26
结构标题 title	Structure of the H3.V-H4.V variant nucleosome core particle from Trypanosoma brucei
关键词 keywords	nucleosome, histone, nucleus, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9r1d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9r1d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9r1d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.23 Å
Rg（电子密度）	35.42 Å
总 Rg	36.15 Å
原子数	9880
残基数	889
排除体积	161080 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9r1d__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3 variant
分子量 formula_weight	15920.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	9880

AQMKKITPRPVRPKSVASRPIQSVARAPVKKVENTPPQKRHHRWRPGTVALREIRRLQSSTDFLIQRAPFRRFLREVVSNLKDSYRMSAACVDAIQEATETYITSVFMDANLCTLHANRVTLFPKDIQLALKLRGERN

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei brucei TREU927
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	185431
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11150.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

AKGKRVGESKGAQKRQKKVLRDNVRGITRGSIRRLARRAGVKRISGVIYDEVRGVLKTFVESIVRDAGAYTEYSRKKTVTAAHVVFALRKRGKVLYGYD

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei brucei TREU927
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	185431
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	14108.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

ATPKQAVKKASKGGSSRSVKAGLIFPVGRVGTLLRRGQYARRIGASGAVYMAAVLEYLTAELLELSVKAAAQQTKKTKRLTPRTVTLAVRHDDDLGALLRNVTMSRGGVMPSLNKALAKKQKSGKHAKATPSV

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei brucei TREU927
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	185431
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	12464.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

ATPKSTPAKTRKEAKKTRRQRKRTWNVYVSRSLRSINSQMSMTSRTMKIVNSFVNDLFERIAAEAATIVRVNRKRTLGARELQTAVRLVLPADLAKHAMAEGTKAVSHASS

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei brucei TREU927
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	185431
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Widom 601 145 bp DNA (115-mer ordered and built)
分子量 formula_weight	44991.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Widom 601 145 bp DNA (115-mer ordered and built)
分子量 formula_weight	44520.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCGAT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.21 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	362400

Structure of the H3.V-H4.V variant nucleosome core particle from Trypanosoma brucei

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3 variant

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9r1d__assembly_1__model_1

9r1d__assembly_1__model_1 | I(q)

9r1d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)