SAXSdb — 9rbr

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein E3

Semliki Forest virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 其他聚合物 9 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 268–333 链 E； UniProt 268–333 链 F； UniProt 268–333 链 J； UniProt 334–755 链 K； UniProt 334–755 链 L； UniProt 334–755 链 M； UniProt 1–267 链 N； UniProt 1–267 链 O； UniProt 1–267	未记录	Structural polyprotein × 3 （A0A0F6PP03） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9RBR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9KQR Cryo-EM Structure of Mature Semliki Forest Virus 提交 2024-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 b 334–755（422 aa）链 c 1–267（267 aa）链 e 334–755（422 aa）链 f 1–267（267 aa）链 h 334–755（422 aa）链 i 1–267（267 aa）链 k 334–755（422 aa）链 l 1–267（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å
9RBQ Semliki Forest virus trimer 1 in complex with ApoER2 LA5 提交 2025-05-27	聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric	链 D 268–333（66 aa）链 E 268–333（66 aa）链 F 268–333（66 aa）链 J 334–755（422 aa）链 K 334–755（422 aa）链 L 334–755（422 aa）链 M 1–267（267 aa）链 N 1–267（267 aa）链 O 1–267（267 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLSF_SFV
Isoform	—
PDB实体	1, 3, 4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–66； UniProt 268–333 作者链 E； PDB构建体 1–66； UniProt 268–333 作者链 F； PDB构建体 1–66； UniProt 268–333 作者链 J； PDB构建体 1–422； UniProt 334–755 作者链 K； PDB构建体 1–422； UniProt 334–755 作者链 L； PDB构建体 1–422； UniProt 334–755 作者链 M； PDB构建体 1–267； UniProt 1–267 作者链 N； PDB构建体 1–267； UniProt 1–267 作者链 O； PDB构建体 1–267； UniProt 1–267

Structural polyprotein

Semliki Forest virus

UniProt A0A0F6PP03

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 12 其他聚合物 9 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 816–1253 链 H； UniProt 816–1253 链 I； UniProt 816–1253	未记录	Protein E3 × 3 （P0DJZ6） Envelope glycoprotein E2 × 3 （P0DJZ6） Capsid protein × 3 （P0DJZ6） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9RBR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8UA8 Structure of Semliki Forest virus VLP in complex with VLDLR LA2 提交 2023-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 A 816–1253（438 aa）链 E 816–1253（438 aa）链 I 816–1253（438 aa）链 M 816–1253（438 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8X0K Cryo-EM structure of Semliki Forest virus in complex with its receptor VLDLR(2-fold) 提交 2023-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 C 816–1253（438 aa）链 G 816–1253（438 aa）链 K 816–1253（438 aa）链 O 816–1253（438 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8X0L Cryo-EM structure of Semliki Forest virus in complex with its receptor VLDLR(3-fold) 提交 2023-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 C 816–1253（438 aa）链 G 816–1253（438 aa）链 K 816–1253（438 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8X0M Cryo-EM structure of Semliki Forest virus in complex with its receptor VLDLR(5-fold) 提交 2023-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric	链 C 816–1253（438 aa）链 G 816–1253（438 aa）链 K 816–1253（438 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9RBQ Semliki Forest virus trimer 1 in complex with ApoER2 LA5 提交 2025-05-27	聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric	链 G 816–1253（438 aa）链 H 816–1253（438 aa）链 I 816–1253（438 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0F6PP03_SFV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–438； UniProt 816–1253 作者链 H； PDB构建体 1–438； UniProt 816–1253 作者链 I； PDB构建体 1–438； UniProt 816–1253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rbr
沉积日期 deposition_date	2025-05-27
结构标题 title	Semliki Forest virus trimer 2 in complex with ApoER2 LA5
关键词 keywords	Semliki Forest virus, SFV, ApoER2 receptor, localized reconstruction, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.70 Å
零角强度 I(0) i0	1908520000.00
分子量 molecular_weight	360390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	448120 Å³
包络体积 envelope_volume	750700 Å³
水化壳体积 shell_volume	103530 Å³
包络直径 envelope_diameter	192.5 Å
壳层 Rg shell_rg	63.29 Å
包络 Rg envelope_rg	58.69 Å
形状 Rg shape_rg	60.62 Å
总 Rg total_rg	61.05 Å
总原子数 total_atoms	25272
残基数 n_residues	3225
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	191.5 Å
Rg (实空间) rg_real	61.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9090e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9430e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1909000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8462
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.232
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.592
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	73100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.089

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein E3
分子量 formula_weight	7384.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F
原子数 atom_count	25272

SAPLITAMCVLANATFPCFQPPCVPCCYENNAEATLRMLEDNVDRPGYYDLLQAALTCRNGTRHRR

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Structural polyprotein
分子量 formula_weight	47489.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

YEHSTVMPNVVGFPYKAHIERPGYSPLTLQMQVVETSLEPTLNLEYITCEYKTVVPSPYVKCCGASECSTKEKPDYQCKVYTGVYPFMWGGAYCFCDSENTQLSEAYVDRSDVCRHDHASAYKAHTASLKAKVRVMYGNVNQTVDVYVNGDHAVTIGGTQFIFGPLSSAWTPFDNKIVVYKDEVFNQDFPPYGSGQPGRFGDIQSRTVESNDLYANTALKLARPSPGMVHVPYTQTPSGFKYWLKEKGTALNTKAPFGCQIKTNPVRAMNCAVGNIPVSMNLPDSAFTRIVEAPTIIDLTCTVATCTHSSDFGGVLTLTYKTDKNGDCSVHSHSNVATLQEATAKVKTAGKVTLHFSTASASPSFVVSLCSARATCSASCEPPKDHIVPYAASHSNVVFPDMSGTALSWVQKISGGLGAFAIGAILVLVVVTCIGLRR

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein E2
分子量 formula_weight	46870.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L

SVSQHFNVYKATRPYIAYCADCGAGHSCHSPVAIEAVRSEATDGMLKIQFSAQIGIDKSDNHDYTKIRYADGHAIENAVRSSLKVATSGDCFVHGTMGHFILAKCPPGEFLQVSIQDTRNAVRACRIQYHHDPQPVGREKFTIRPHYGKEIPCTTYQQTTAKTVEEIDMHMPPDTPDRTLLSQQSGNVKITVGGKKVKYNCTCGTGNVGTTNSDMTINTCLIEQCHVSVTDHKKWQFNSPFVPRADEPARKGKVHIPFPLDNITCRVPMAREPTVIHGKREVTLHLHPDHPTLFSYRTLGEDPQYHEEWVTAAVERTIPVPVDGMEYHWGNNDPVRLWSQLTTEGKPHGWPHQIVQYYYGLYPAATVSAVVGMSLLALISIFASCYMLVAARSKCLTPYALTPGAAVPWTLGILCCAPRAHA

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	29920.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.90
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O

MNYIPTQTFYGRRWRPRPAARPWPLQATPVAPVVPDFQAQQMQQLISAVNALTMRQNAIAPARPPKPKKKKTTKPKPKTQPKKINGKTQQQKKKDKQADKKKKKPGKRERMCMKIENDCIFEVKHEGKVTGYACLVGDKVMKPAHVKGVIDNADLAKLAFKKSSKYDLECAQIPVHMRSDASKYTHEKPEGHYNWHHGAVQYSGGRFTIPTGAGKPGDSGRPIFDNKGRVVAIVLGGANEGSRTALSVVTWNKDMVTRVTPEGSEEW

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	627.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	830.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	611068

fit	/app/data/saxs_computation/rb/9rbr/9rbr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rb/9rbr/9rbr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rb/9rbr/9rbr.dat

Semliki Forest virus trimer 2 in complex with ApoER2 LA5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein E3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Structural polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)