9rek

Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F274

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

Cricetulus griseus

UniProt P25321

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–351 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) D8P [(2S)-1,9-dimethyl-1,2,3,4,5,6-hexahydropyrido[2,3-b][1,5]diazocin-2-yl]methanol × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;100 mM Mes/Bis-Tris, 75 mM lithium chloride, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium EDTA, 0.25 mM Mega 8, 23% v/v methanol/water in reservoir 分辨率 1.38 Å R-free 0.190

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 158 个其他 PDB 条目、158 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAPCA_CRIGR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–353; UniProt 1–351

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9rek

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9rek
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9rek
沉积日期 deposition_date2025-06-03
结构标题 titleCrystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F274
关键词 keywordsserine-threonine kinase, small molecules, ligand binding, fragment-based drug discovery, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.14
零角强度 I(0) i025430400.00
分子量 molecular_weight39698.0 kDa
排除体积 excluded_volume50117 ų
包络体积 envelope_volume58016 ų
水化壳体积 shell_volume23496 ų
包络直径 envelope_diameter70.0
壳层 Rg shell_rg27.16
包络 Rg envelope_rg20.33
形状 Rg shape_rg20.11
总 Rg total_rg21.19
总原子数 total_atoms2801
残基数 n_residues336
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.4
Rg (实空间) rg_real21.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real2.5430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.45
I(0) (倒空间) i0_reciprocal25430000.0000
解质量估计 total_estimate0.9006
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.7
偏度 Skewness skewness0.154
峰度 Kurtosis kurtosis-0.427
角度范围 angular_range— – 0.3700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5996000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)