9rjs

Structure of the Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA Polymerase bound to an analogue of its promoter

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase,PHIKZ056.1

Phikzvirus phiKZ

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	PHIKZ068 × 1 （Q8SD94） PHIKZ071 × 1 PHIKZ074 × 1 （Q8SD88） PHIKZ123 × 1 （Q8SD39） DNA - ATGAGTAATTTTAGTGAATGTATTTGCTATATTGCTATGTAGACAGTTCCCAAAAGCCTAAAGTTACAATATAGG × 1 DNA - CCTATATTGTAACTTTAGGCTTTTGGGAACTCCTCTCATATTCCCATAGCAAATACATTCACTAAAATTACTCAT × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I7DB47_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–441； UniProt 1–421

DNA-directed RNA polymerase,PHIKZ056.1

Phikzvirus phiKZ

UniProt L7T138

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	PHIKZ068 × 1 （Q8SD94） PHIKZ071 × 1 PHIKZ074 × 1 （Q8SD88） PHIKZ123 × 1 （Q8SD39） DNA - ATGAGTAATTTTAGTGAATGTATTTGCTATATTGCTATGTAGACAGTTCCCAAAAGCCTAAAGTTACAATATAGG × 1 DNA - CCTATATTGTAACTTTAGGCTTTTGGGAACTCCTCTCATATTCCCATAGCAAATACATTCACTAAAATTACTCAT × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	L7T138_BPDPK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 448–508； UniProt 1–61

PHIKZ068

Phikzvirus phiKZ

UniProt Q8SD94

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase,PHIKZ056.1 × 1 （I7DB47,L7T138） PHIKZ071 × 1 PHIKZ074 × 1 （Q8SD88） PHIKZ123 × 1 （Q8SD39） DNA - ATGAGTAATTTTAGTGAATGTATTTGCTATATTGCTATGTAGACAGTTCCCAAAAGCCTAAAGTTACAATATAGG × 1 DNA - CCTATATTGTAACTTTAGGCTTTTGGGAACTCCTCTCATATTCCCATAGCAAATACATTCACTAAAATTACTCAT × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8SD94_BPDPK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–521； UniProt 1–521

PHIKZ074

Phikzvirus phiKZ

UniProt Q8SD88

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase,PHIKZ056.1 × 1 （I7DB47,L7T138） PHIKZ068 × 1 （Q8SD94） PHIKZ071 × 1 PHIKZ123 × 1 （Q8SD39） DNA - ATGAGTAATTTTAGTGAATGTATTTGCTATATTGCTATGTAGACAGTTCCCAAAAGCCTAAAGTTACAATATAGG × 1 DNA - CCTATATTGTAACTTTAGGCTTTTGGGAACTCCTCTCATATTCCCATAGCAAATACATTCACTAAAATTACTCAT × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8SD88_BPDPK
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–677； UniProt 1–677

PHIKZ123

Phikzvirus phiKZ

UniProt Q8SD39

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase,PHIKZ056.1 × 1 （I7DB47,L7T138） PHIKZ068 × 1 （Q8SD94） PHIKZ071 × 1 PHIKZ074 × 1 （Q8SD88） DNA - ATGAGTAATTTTAGTGAATGTATTTGCTATATTGCTATGTAGACAGTTCCCAAAAGCCTAAAGTTACAATATAGG × 1 DNA - CCTATATTGTAACTTTAGGCTTTTGGGAACTCCTCTCATATTCCCATAGCAAATACATTCACTAAAATTACTCAT × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8SD39_BPDPK
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–543； UniProt 1–543

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rjs
沉积日期 deposition_date	2025-06-12
结构标题 title	Structure of the Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA Polymerase bound to an analogue of its promoter
关键词 keywords	PhiKZ, nvRNAP, RNA, DNA, transcription, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9rjs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9rjs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9rjs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.36 Å
Rg（电子密度）	44.54 Å
总 Rg	44.87 Å
原子数	21114
残基数	2551
排除体积	373070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9rjs__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase,PHIKZ056.1
分子量 formula_weight	57976.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	21114

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMGLYAKVVDHNEVHDQFTGKRIYANDYNTSNSDEKEEFDRHFYSHFQDSEAIESSVSCDCRAIEDAHKLGVICDICNTPVVNTSSRPIEPSMWVRTPKHVRSLINPRLIIMLTGYLVTKEFDFLAYLTDTSYRYDVESIGSKETRRKVDRLLHRGFERGLNHFIDNFNEIFQFLLDANIISNNKSEFAQFVAQNKDKLFPKYLPVPSKLCFVAESTTSGTYLDKPIEAAIDATLTFASIDASSVPLSPIKAQNRTMRGLRLYGQFYEIYAKSRIAQKPGLARRHMFGARLNATARAVITSISDPHDYDELHIPWGVGCQLLKYHLTNKLKAKFNMTTREAFSFVYENVLQYNQIIADLFKELIAEAAPYKGMGCTFHRNPTLQRGSTQQFFITKVKDDINDNSISMSVLCLKAPNADFDGDQLNLTLMPDVYLTKATERIAPHTWVLSIDEPHEISGNLELQGPVVETIINWAHEKYLPPLEEWLKAK

来源 Source

来源生物 organism	Phikzvirus phiKZ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	169683
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PHIKZ068
分子量 formula_weight	59442.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEIIVTGVQGTGFTEVATEHNGKRLTWTTTAYSKIRVQDQQRVFQEINDYWSGLSAEAQQHIWNCYVEIRKIMDMAMHPMRIAMSLSYYIKEMYKAMPMNSFRRWLLTIGKLYIPVDIEEVITDDSRYNRPDQTYLKHDYINLASVSLALRPLVPIWGEFIDQGTSQEMHKECEVISLISDCEVNHWPVDEISIDGTPVETAYDKLSAYVKFCVEDEAPTLANLYRGMSSAEVPDILQAKVMVRRLTILPLNDATSHSIVSNMFRYVKSNLNPAERSTADRVNDKRPDKGGIDDDDKTSFIESHKTKQRVTPGDIVAYNLDALDVVKLVHKIDDTVPVELIQECLDCVAVTATKDIYPHQILLAQWVMHKAFPARAFSHINKNAVNHLLAAAQSLMWHWGFQQVAVFMQVELYYSGEHAMSIQPRNSTRIQIKYKDVMDELYPHQRQQRAINGVPVAPVNIAGIAVQSAHASIRSSNWIYHGPDRLFKEAEQVTQNKVLVVPATIKSVITELVIHLGKLNQ

来源 Source

来源生物 organism	Phikzvirus phiKZ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	169683
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PHIKZ071
分子量 formula_weight	78780.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSQLGRREIDLTLLGHTGLDPWYGTTSSARGAMFVTHIGQAPEVNGNESRYFLTGAELEYAKYTHDVRFPEDCRVLHVLRKYPTGIGKDSIRSNPVTTIIYENYFDKYKTIGVLHVPEYMSHHQDFGYELVKNREVWETIAPNEMFSKDTVIAQSGAVKKDGTLGMGVNANVVFLSAAGTIEDGFVANKNFLKRMMPTSYSTAVANAGRKAFFLNMYGDDKIYKPFPDIGDVIRPDGVIFAIRDHDDDLAPAEMTPRALRTLDRTFDRAVIGTPGAKVIDIDIWRDERVNPSPTPTGMDAQLVKYHTHLSSYYRELLKIYRGLLARRKDDLHITEEFERLIVTAQMFLPQPDNVRKLSRFYRLDPLDEWRVEVTYKAQKMPAGAFKMTDFHGGKGVICKVMEDEDMPIDENGNRADLIIFGGSTMRRSNYGRIYEHGFGAAARDLAQRLRVEAGLDRHAKPTQQQLNSVMGNTQWVDYAFKELLGFYEIIAPTMHSKMMEHPNPAEHVKTVLMDGFPYIYAPVDDPVDLMAAVNKLINSDKYRPHYGKVSYRDQAGKWVTTKDNVLMGPLYMMLLEKIGEDWSAAASVKTQPFGLPSKLNNADRASTPGRETAIRSFGESETRSYNCTVGPGPTAEILDQTNNPLAHAAVIESWLTAEKPSSVPVAVDREKIPFGGSRPVAMFDHLLECSGIALEYAPDH

来源 Source

来源生物 organism	Phikzvirus phiKZ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	169683
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PHIKZ074
分子量 formula_weight	77513.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MNLNRYKARDLLNLSYDDLWSLPSEWHLIEFDDGKTVVSVDRITKLSVLCWYPLKHYKDCPIPSDHHIDFNRILTDNPKDYLNVEGGRVTSKAMVKHLNKAIWNIYDWSGETVDPEVLSKLAIEGKNWLYNQTTVKLSEYLATLSMFDIAEVYNHPKVREANHNIEPTTYGIEKISYGKVKEVFNDPTQFIGNSIIEGLRSGTQKTEQLLQAFAWRGFPTDINSDIFKYPVTTGYIDGIWNLYENMIESRSGTKALLYNKELLRVTEYFNRKSQLIAQYVQRLHPGDCKTTILAEYPVTKLTLKAFKGKYYQKEDGKLDWIRGNETHLIGTKQKFRSVFGCNHPDSQGICMTCYGRLGINIPKGTNIGQVAAVSMGDKITSAVLSTKHTDASSAVEQYKLGKIESNYLRTGEIPETLYLKKELTQKDYRLVIARSEAENLADILMIDDLTAYPATSATELTSLALVYDDEVNGECGDVLTVSLYNRRASLSIEMLKHIKMVRWELDQRDNIVISLRGFDFNLPFLTLPNKHVNMYEVMKRFQSFLHSGSDSAEAGKLSTEKVGYTSKTYLKNYKSPIEALPVFATMANEKISLNISHCEILIYAMMIRSAQYRDYRLPKPGINGQFEKYNRLMQCRSLGGAMAFEKQHEPLNNPGSFLNKMRNDHPYDLLVKGGKLR

来源 Source

来源生物 organism	Phikzvirus phiKZ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	169683
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	PHIKZ123
分子量 formula_weight	62959.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MPDPFLIEKIRENTPCMNPTLANGITVEHTMTRDPNTGVNMTRRYIDSLFDISSVLFPDGFKYEGNRACTPLKHFEEITREYNAKRIANIAPTDMYMIDLMFSYKGEMLYPRPMLLPAFKRGNMVTINGAKYIGSPVLTDVGFSVLNDSIFIPFRRTKLTFKQTDHHYMCNGQRKIMYVIWSQIHNEMAKRTKRDLGNRPHIESCLAHYFFCQFGVTQTFKQWANVDVKCGLLSDFPEEEYPREKWNIYSSATLKGKHPTGEMVLVIPRHQESIFATRLIAGFWYVVDAFPMRFTRPEYVDSTNLWRVILGHMVFGDFEHQGKVEENIDSHLHSFCNSLDEMTIEELKTVGVNVSTIWELLYEIMTSLAHHLYATDIDETSMYGKRLTVLHYLMSEFNYAVSMFGYMFQSRRDREWTVQELNEGLKRSFKLQTAIKRLTVDHGELDTMSNPNSSMLIKGTSILVTQDRAKTAKAHNKSLINDSSRIIHASIAEVGQYKNQPKNNPDGRGRLNMYTKVGPTGLVERREEVREIIDNAQLMFRAK

来源 Source

来源生物 organism	Phikzvirus phiKZ
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	169683
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA - ATGAGTAATTTTAGTGAATGTATTTGCTATATTGCTATGTAGACAGTTCCCAAAAGCCTAAAGTTACAATATAGG
分子量 formula_weight	23219.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

ATGAGTAATTTTAGTGAATGTATTTGCTATATTGCTATGTAGACAGTTCCCAAAAGCCTAAAGTTACAATATAGG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA - CCTATATTGTAACTTTAGGCTTTTGGGAACTCCTCTCATATTCCCATAGCAAATACATTCACTAAAATTACTCAT
分子量 formula_weight	22881.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

CCTATATTGTAACTTTAGGCTTTTGGGAACTCCTCTCATATTCCCATAGCAAATACATTCACTAAAATTACTCAT

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.59 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	329400

Structure of the Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA Polymerase bound to an analogue of its promoter

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase,PHIKZ056.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase,PHIKZ056.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHIKZ068

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHIKZ074

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHIKZ123

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rjs__assembly_1__model_1

9rjs__assembly_1__model_1 | I(q)

9rjs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)