9rp2

Ensemble refined structure of CotB2 F107A in complex with alendronate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rp2
沉积日期 deposition_date	2025-06-23
结构标题 title	Ensemble refined structure of CotB2 F107A in complex with alendronate
关键词 keywords	TERPENE SYNTHASE, CYCLOOCTATIN, DITERPENCE SYNTHASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.08 Å
零角强度 I(0) i0	169358000000.00
分子量 molecular_weight	3483300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	4331200 Å³
包络体积 envelope_volume	117470 Å³
水化壳体积 shell_volume	36687 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.8 Å
壳层 Rg shell_rg	34.63 Å
包络 Rg envelope_rg	25.82 Å
形状 Rg shape_rg	24.09 Å
总 Rg total_rg	24.11 Å
总原子数 total_atoms	244250
残基数 n_residues	29550
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.6 Å
Rg (实空间) rg_real	24.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6940e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8820e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	169400000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9054
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.218
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.467
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.959

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Cyclooctat-9-en-7-ol synthase
分子量 formula_weight	36694.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.3.146
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	261865

MTTGLSTAGAQDIGRSSVRPYLEECTRRFQEMFDRHVVTRPTKVELTDAELREVIDDCNAAVAPLGKTVSDERWISYVGVVLWSQSPRHIKDMEAFKAVCVLNCVTAVWDDMDPALHDFGLFLPQLRKICEKYYGPEDAEVAYEAARAFVTSDHMFRDSPIKAALCTTSPEQYFRFRVTDIGVDFWMKMSYPIYRHPEFTEHAKTSLAARMTTRGLTIVNDFYSYDREVSLGQITNCFRLCDVSDETAFKEFFQARLDDMIEDIECIKAFDQLTQDVFLDLIYGNFVWTTSNKRYKTAVNDVNSRIQAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces melanosporofaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	67327
宿主生物 host_organism	Escherichia coli DH5[alpha]

Entity 2 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	4-AMINO-1-HYDROXYBUTANE-1,1-DIYLDIPHOSPHONATE
分子量 formula_weight	245.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	353

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	62.811 Å
晶胞边长 b length_b	98.050 Å
晶胞边长 c length_c	106.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	16.480 Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1795
R_free r_free	0.2163

fit	/app/data/saxs_computation/rp/9rp2/9rp2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rp/9rp2/9rp2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rp/9rp2/9rp2.dat