9rp2

Ensemble refined structure of CotB2 F107A in complex with alendronate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclooctat-9-en-7-ol synthase

Streptomyces melanosporofaciens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 4-AMINO-1-HYDROXYBUTANE-1,1-DIYLDIPHOSPHONATE × 2 MAGNESIUM ION × 6 CHLORIDE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COTB2_STRMJ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–307； UniProt 1–307 作者链 B； PDB构建体 1–307； UniProt 1–307

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rp2
沉积日期 deposition_date	2025-06-23
结构标题 title	Ensemble refined structure of CotB2 F107A in complex with alendronate
关键词 keywords	TERPENE SYNTHASE, CYCLOOCTATIN, DITERPENCE SYNTHASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9rp2__assembly_1__model_33

Assembly 1 · Model 33 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9rp2__assembly_1__model_33 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9rp2__assembly_1__model_33 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.08 Å
Rg（电子密度）	24.06 Å
总 Rg	24.94 Å
原子数	4885
残基数	591
排除体积	86624 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9rp2__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`9rp2__assembly_1__model_2`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	3	`9rp2__assembly_1__model_3`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	4	`9rp2__assembly_1__model_4`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	5	`9rp2__assembly_1__model_5`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	6	`9rp2__assembly_1__model_6`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	7	`9rp2__assembly_1__model_7`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	8	`9rp2__assembly_1__model_8`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	9	`9rp2__assembly_1__model_9`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	10	`9rp2__assembly_1__model_10`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	11	`9rp2__assembly_1__model_11`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	12	`9rp2__assembly_1__model_12`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	13	`9rp2__assembly_1__model_13`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	14	`9rp2__assembly_1__model_14`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	15	`9rp2__assembly_1__model_15`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	16	`9rp2__assembly_1__model_16`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	17	`9rp2__assembly_1__model_17`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	18	`9rp2__assembly_1__model_18`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	19	`9rp2__assembly_1__model_19`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	20	`9rp2__assembly_1__model_20`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	21	`9rp2__assembly_1__model_21`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	22	`9rp2__assembly_1__model_22`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	23	`9rp2__assembly_1__model_23`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	24	`9rp2__assembly_1__model_24`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	25	`9rp2__assembly_1__model_25`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	26	`9rp2__assembly_1__model_26`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	27	`9rp2__assembly_1__model_27`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	28	`9rp2__assembly_1__model_28`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	29	`9rp2__assembly_1__model_29`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	30	`9rp2__assembly_1__model_30`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	31	`9rp2__assembly_1__model_31`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	32	`9rp2__assembly_1__model_32`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	33	`9rp2__assembly_1__model_33`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	34	`9rp2__assembly_1__model_34`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	35	`9rp2__assembly_1__model_35`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	36	`9rp2__assembly_1__model_36`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	37	`9rp2__assembly_1__model_37`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	38	`9rp2__assembly_1__model_38`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	39	`9rp2__assembly_1__model_39`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	40	`9rp2__assembly_1__model_40`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	41	`9rp2__assembly_1__model_41`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	42	`9rp2__assembly_1__model_42`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	43	`9rp2__assembly_1__model_43`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	44	`9rp2__assembly_1__model_44`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	45	`9rp2__assembly_1__model_45`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	46	`9rp2__assembly_1__model_46`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	47	`9rp2__assembly_1__model_47`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	48	`9rp2__assembly_1__model_48`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	49	`9rp2__assembly_1__model_49`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	50	`9rp2__assembly_1__model_50`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cyclooctat-9-en-7-ol synthase
分子量 formula_weight	36694.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.3.146
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	261865

MTTGLSTAGAQDIGRSSVRPYLEECTRRFQEMFDRHVVTRPTKVELTDAELREVIDDCNAAVAPLGKTVSDERWISYVGVVLWSQSPRHIKDMEAFKAVCVLNCVTAVWDDMDPALHDFGLFLPQLRKICEKYYGPEDAEVAYEAARAFVTSDHMFRDSPIKAALCTTSPEQYFRFRVTDIGVDFWMKMSYPIYRHPEFTEHAKTSLAARMTTRGLTIVNDFYSYDREVSLGQITNCFRLCDVSDETAFKEFFQARLDDMIEDIECIKAFDQLTQDVFLDLIYGNFVWTTSNKRYKTAVNDVNSRIQAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces melanosporofaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	67327
宿主生物 host_organism	Escherichia coli DH5[alpha]

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-AMINO-1-HYDROXYBUTANE-1,1-DIYLDIPHOSPHONATE
分子量 formula_weight	245.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	353

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晶胞边长 a length_a	62.811 Å
晶胞边长 b length_b	98.050 Å
晶胞边长 c length_c	106.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	16.480 Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1795
R_free r_free	0.2163

Ensemble refined structure of CotB2 F107A in complex with alendronate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclooctat-9-en-7-ol synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rp2__assembly_1__model_33

9rp2__assembly_1__model_33 | I(q)

9rp2__assembly_1__model_33 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (2)

Ensemble refined structure of CotB2 F107A in complex with alendronate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclooctat-9-en-7-ol synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rp2__assembly_1__model_33

9rp2__assembly_1__model_33 | I(q)

9rp2__assembly_1__model_33 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (2)