SAXSdb — 9rtj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SF3 helicase domain-containing protein

Saccharolobus islandicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 1	;DNA (5'-D(CPTPGPTPGPCPTPCP*A)-3') ; × 1 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q54324_SACIS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–118； UniProt 256–370

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rtj
沉积日期 deposition_date	2025-07-02
最后修订 last_revision	2026-03-25
结构标题 title	Hydrid structure of the helix bundle domain of pRN1 primase in complex with DNA, ATP and dGTP
关键词 keywords	primase, HBD, dinucleotide, first base-pair, REPLICATION; REPLICATION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9rtj__assembly_1__model_6

Assembly 1 · Model 6 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9rtj__assembly_1__model_6 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9rtj__assembly_1__model_6 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	15.78 Å
Rg（电子密度）	14.49 Å
总 Rg	15.61 Å
原子数	2345
残基数	127
排除体积	21076 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9rtj__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`9rtj__assembly_1__model_2`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	3	`9rtj__assembly_1__model_3`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	4	`9rtj__assembly_1__model_4`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	5	`9rtj__assembly_1__model_5`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	6	`9rtj__assembly_1__model_6`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	7	`9rtj__assembly_1__model_7`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	8	`9rtj__assembly_1__model_8`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	9	`9rtj__assembly_1__model_9`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	10	`9rtj__assembly_1__model_10`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	11	`9rtj__assembly_1__model_11`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	12	`9rtj__assembly_1__model_12`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	13	`9rtj__assembly_1__model_13`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	14	`9rtj__assembly_1__model_14`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	15	`9rtj__assembly_1__model_15`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	16	`9rtj__assembly_1__model_16`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	17	`9rtj__assembly_1__model_17`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	18	`9rtj__assembly_1__model_18`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	19	`9rtj__assembly_1__model_19`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	20	`9rtj__assembly_1__model_20`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SF3 helicase domain-containing protein
分子量 formula_weight	13855.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	46900

GHMTVVEFEELRKELVKRDSGKPVEKIKEEICTKSPPKLIKEIICENKTYADVNIDRSRGDWHVILYLMKHGVTDPDKILELLPRDSKAKENEKWNTQKYFVITLSKAWSVVKKYLEA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharolobus islandicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	43080
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPGPTPGPCPTPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	2706.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A

CTGTGCTCA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

Hydrid structure of the helix bundle domain of pRN1 primase in complex with DNA, ATP and dGTP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SF3 helicase domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rtj__assembly_1__model_6

9rtj__assembly_1__model_6 | I(q)

9rtj__assembly_1__model_6 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Hydrid structure of the helix bundle domain of pRN1 primase in complex with DNA, ATP and dGTP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SF3 helicase domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rtj__assembly_1__model_6

9rtj__assembly_1__model_6 | I(q)

9rtj__assembly_1__model_6 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)