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9rxe

Solution structure of the HR1c domain of human PKN1

Method: SOLUTION NMR Dmax: 48.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase N1

Homo sapiens

UniProt Q16512

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 201–297 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.17；压力 1 NMR测量条件：pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.17；压力 1 NMR样品组成：1.6 mM [U-100% 15N] PRK1 HR1c domain, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 10 % [U-2H] D2O, 0.05 % w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PRK1 HR1c domain, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 10 % [U-2H] D2O, 0.05 % w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9RXE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CXZ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RHOA COMPLEXED WITH THE EFFECTOR DOMAIN OF THE PROTEIN KINASE PKN/PRK1 提交 1999-08-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 13–98（86 aa） 片段：RESIDUES 13 - 98
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；277 K；PEG 300, pH 6.5, MICROBATCH, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.268
1URF HR1b domain from PRK1 提交 2003-10-29 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 122–199（78 aa） 片段：HR1B, RESIDUES 122-199
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）60；压力 1
分辨率未提供
2RMK Rac1/PRK1 Complex 提交 2007-10-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 122–199（78 aa） 片段：HR1b domain, REM 2, UNP residues 122-199
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.225；压力 ambient
NMR样品组成 0.6mM [U-13C; U-15N; U-2H] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6mM [U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 Rac1; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6mM [U-100% 15N] HR1b; 0.6mM PRK1 Rac1; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
4NKG Crystal structure of SspH1 LRR domain in complex PKN1 HR1b domain 提交 2013-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 122–199（78 aa） 片段：HR1b domain, REM 2 domain, UNP residues 122-199
未记录 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；26% PEG3350, 0.18M tri-Ammonium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.242
4NKG Crystal structure of SspH1 LRR domain in complex PKN1 HR1b domain 提交 2013-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 122–199（78 aa） 片段：HR1b domain, REM 2 domain, UNP residues 122-199
未记录 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；26% PEG3350, 0.18M tri-Ammonium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.90 Å R-free 0.242
4OTD Crystal Structure of PRK1 Catalytic Domain 提交 2014-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 605–942（338 aa） 片段：UNP residues 605-942
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；100mM Tris pH 8.5, 150-225mM Ammonium acetate, 23-28% PEG 3350, Vapor diffusion
分辨率 2.00 Å R-free 0.221
4OTG Crystal Structure of PRK1 Catalytic Domain in Complex with Lestaurtinib 提交 2014-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 605–942（338 aa） 片段：UNP residues 605-942
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 2V9 Lestaurtinib × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；100mM Tris pH 8.5, 150-225mM Ammonium acetate, 23-28% PEG 3350, Vapor diffusion
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
4OTH Crystal Structure of PRK1 Catalytic Domain in Complex with Ro-31-8220 提交 2014-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 605–942（338 aa） 片段：UNP residues 605-942
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） DRN BISINDOLYLMALEIMIDE IX × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；100mM Tris pH 8.5, 150-225mM Ammonium acetate, 23-28% PEG 3350, Vapor diffusion
分辨率 1.80 Å R-free 0.266
4OTI Crystal Structure of PRK1 Catalytic Domain in Complex with Tofacitinib 提交 2014-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 605–942（338 aa） 片段：UNP residues 605-942
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MI1 3-{(3R,4R)-4-methyl-3-[methyl(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)amino]piperidin-1-yl}-3-oxopropanenitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；100mM Tris pH 8.5, 150-225mM Ammonium acetate, 23-28% PEG 3350, Vapor diffusion
分辨率 1.93 Å R-free 0.226

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PKN1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–104； UniProt 201–297

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9rxe

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9rxe
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9rxe
沉积日期 deposition_date2025-07-11
最后修订 last_revision2025-12-31
结构标题 titleSolution structure of the HR1c domain of human PKN1
关键词 keywordsPKN1, HR1c, PRK1, COILED COIL, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.32 Å
零角强度 I(0) i03937370000.00
分子量 molecular_weight510520.0 kDa
排除体积 excluded_volume631750 ų
包络体积 envelope_volume61072 ų
水化壳体积 shell_volume20681 ų
包络直径 envelope_diameter91.9 Å
壳层 Rg shell_rg32.02 Å
包络 Rg envelope_rg27.15 Å
形状 Rg shape_rg18.28 Å
总 Rg total_rg18.64 Å
总原子数 total_atoms72765
残基数 n_residues4680
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax48.5 Å
Rg (实空间) rg_real16.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.09 Å
I(0) (实空间) i0_real3.7390e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5820e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3937000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6656
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary16.4 Å
偏度 Skewness skewness0.436
峰度 Kurtosis kurtosis-0.502
角度范围 angular_range— – 0.4400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha3.7750
最高正则化参数 α highest_alpha238300.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.009; Oscil: 0.921; Stabil: 0.986; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.935; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)