9s24

Crystal structure of human SIRT2 in complex with the covalent adduct of peptide triazole inhibitor OTDi1 and ADP-ribose

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2

Homo sapiens

UniProt Q8IXJ6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 TNFa-derived ornithine triazole dodecyl inhibitor × 1 ZINC ION × 1 ;[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-(5-dodecyl-3-ethyl-1,2,3$l^{4}-triazacyclopenta-2,4-dien-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate ; × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SIR2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–304; UniProt 56–356

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9s24
沉积日期 deposition_date2025-07-21
结构标题 titleCrystal structure of human SIRT2 in complex with the covalent adduct of peptide triazole inhibitor OTDi1 and ADP-ribose
关键词 keywordsSirtuins, Mechanistic Inhibitor, Deacetylation, Covalent adduct, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9s24__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9s24__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

9s24__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)20.80 Å
Rg(电子密度)19.79 Å
总 Rg20.76 Å
原子数2412
残基数297
排除体积42950 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 9s24__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

▶

7. 引用文献 (1)