9s5x

Crystal structure of Neisseria gonorrhoeae FabI in complex with NADH and (E)-3-((2R,3S)-3-hydroxy-2-methyl-4-oxo-2,3,4,5-tetrahydro-1H-pyrido[2,3-b][1,4]diazepin-8-yl)-N-methyl-N-((3-methylbenzofuran-2-yl)methyl)acrylamide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

Neisseria gonorrhoeae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;(~{E})-~{N}-methyl-~{N}-[(3-methyl-1-benzofuran-2-yl)methyl]-3-[(2~{R},3~{S})-2-methyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1,2,3,5-tetrahydropyrido[2,3-b][1,4]diazepin-8-yl]prop-2-enamide ; × 2 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5F696_NEIG1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–281； UniProt 2–261 作者链 B； PDB构建体 22–281； UniProt 2–261

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9s5x
沉积日期 deposition_date	2025-07-30
结构标题 title	Crystal structure of Neisseria gonorrhoeae FabI in complex with NADH and (E)-3-((2R,3S)-3-hydroxy-2-methyl-4-oxo-2,3,4,5-tetrahydro-1H-pyrido[2,3-b][1,4]diazepin-8-yl)-N-methyl-N-((3-methylbenzofuran-2-yl)methyl)acrylamide
关键词 keywords	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] Neisseria gonorrhoeae, HYDROLASE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9s5x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9s5x__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9s5x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.83 Å
Rg（电子密度）	23.71 Å
总 Rg	24.56 Å
原子数	3985
残基数	515
排除体积	70503 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9s5x__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
分子量 formula_weight	30062.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.1.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4427

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQGFLQGKKILITGMISERSIAYGIAKACREQGAELAFTYVVDKLEERVRKMAAELDSELVFRCDVASDDEINQVFADLGKHWDGLDGLVHSIGFAPKEALSGDFLDSISREAFNTAHEISAYSLPALAKAARPMMRGRNSAIVALSYLGAVRAIPNYNVMGMAKASLEAGIRFTAACLGKEGIRCNGISAGPIKTLAASGIADFGKLLGHVAAHNPLRRNVTIEEVGNTAAFLLSDLSSGITGEITYVDGGYSINALSTEG

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria gonorrhoeae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	485
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(~{E})-~{N}-methyl-~{N}-[(3-methyl-1-benzofuran-2-yl)methyl]-3-[(2~{R},3~{S})-2-methyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1,2,3,5-tetrahydropyrido[2,3-b][1,4]diazepin-8-yl]prop-2-enamide ;
分子量 formula_weight	420.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	412

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晶胞边长 a length_a	91.260 Å
晶胞边长 b length_b	91.260 Å
晶胞边长 c length_c	241.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.340 Å
最低分辨率 resolution_low	75.210 Å
R 因子 r_factor	0.1680
R_work r_work	0.1666
R_free r_free	0.1964

Crystal structure of Neisseria gonorrhoeae FabI in complex with NADH and (E)-3-((2R,3S)-3-hydroxy-2-methyl-4-oxo-2,3,4,5-tetrahydro-1H-pyrido[2,3-b][1,4]diazepin-8-yl)-N-methyl-N-((3-methylbenzofuran-2-yl)methyl)acrylamide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9s5x__assembly_1__model_1

9s5x__assembly_1__model_1 | I(q)

9s5x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Neisseria gonorrhoeae FabI in complex with NADH and (E)-3-((2R,3S)-3-hydroxy-2-methyl-4-oxo-2,3,4,5-tetrahydro-1H-pyrido[2,3-b][1,4]diazepin-8-yl)-N-methyl-N-((3-methylbenzofuran-2-yl)methyl)acrylamide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9s5x__assembly_1__model_1

9s5x__assembly_1__model_1 | I(q)

9s5x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)