9s6s

Ternary cryo-EM structure of human ALG9 with Dol25-PP-GlcNAc2Man6, Dol25-P-Man and Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-1,2-mannosyltransferase ALG9

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	Hs9-8 Fab heavy chain × 1 Hs9-8 Fab light chain × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ; × 1 [(3S,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraenyl] dihydrogen phosphate × 2 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ALG9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–617； UniProt 1–611

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9s6s
沉积日期 deposition_date	2025-08-01
结构标题 title	Ternary cryo-EM structure of human ALG9 with Dol25-PP-GlcNAc2Man6, Dol25-P-Man and Fab
关键词 keywords	Mannosyltransferase, ternary complex, N-linked glycosylation, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9s6s__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9s6s__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9s6s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.24 Å
Rg（电子密度）	35.71 Å
总 Rg	36.06 Å
原子数	6434
残基数	773
排除体积	116010 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9s6s__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-1,2-mannosyltransferase ALG9
分子量 formula_weight	70347.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.259,2.4.1.261
突变 mutation	D82A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6456

GPGGSTMASRGARQRLKGSGASSGDTAPAADKLRELLGSREAGGAEHRTELSGNKAGQVWAPEGSTAFKCLLSARLCAALLSNISDCAETFNYWEPTHYLIYGEGFQTWEYSPAYAIRSYAYLLLHAWPAAFHARILQTNKILVFYFLRCLLAFVSCICELYFYKAVCKKFGLHVSRMMLAFLVLSTGMFCSSSAFLPSSFCMYTTLIAMTGWYMDKTSIAVLGVAAGAILGWPFSAALGLPIAFDLLVMKHRWKSFFHWSLMALILFLVPVVVIDSYYYGKLVIAPLNIVLYNVFTPHGPDLYGTEPWYFYLINGFLNFNVAFALALLVLPLTSLMEYLLQRFHVQNLGHPYWLTLAPMYIWFIIFFIQPHKEERFLFPVYPLICLCGAVALSALQKCYHFVFQRYRLEHYTVTSNWLALGTVFLFGLLSFSRSVALFRGYHGPLDLYPEFYRIATDPTIHTVPEGRPVNVCVGKEWYRFPSSFLLPDNWQLQFIPSEFRGQLPKPFAEGPLATRIVPTDMNDQNLEEPSRYIDISKCHYLVDLDTMRETPREPKYSSNKEEWISLAYRPFLDASRSSKLLRAFYVPFLSDQYTVYVNYTILKPRKAKQIRKKSGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hs9-8 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	25638.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIYYSSIHWVRQAPGKGLEWVASISSSSGSTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARYWDGWQYSDSWYYSPYAIDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Hs9-8 Fab light chain
分子量 formula_weight	23258.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

SDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSSSLITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1315.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	[(3S,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraenyl] dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	440.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	22

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.89 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	395345

Ternary cryo-EM structure of human ALG9 with Dol25-PP-GlcNAc2Man6, Dol25-P-Man and Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-1,2-mannosyltransferase ALG9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9s6s__assembly_1__model_1

9s6s__assembly_1__model_1 | I(q)

9s6s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

Ternary cryo-EM structure of human ALG9 with Dol25-PP-GlcNAc2Man6, Dol25-P-Man and Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-1,2-mannosyltransferase ALG9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9s6s__assembly_1__model_1

9s6s__assembly_1__model_1 | I(q)

9s6s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)