9spc

Recombinant human butyrylcholinesterase in complex with ethyl 1-[3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)propyl]-2-phenyl-1H-1,3-benzodiazole-5-carboxylate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cholinesterase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 5	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ethyl 1-[3-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)propyl]-2-phenyl-benzimidazole-5-carboxylate × 1 N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 1 SULFATE ION × 5 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHLE_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–529； UniProt 29–557

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9spc
沉积日期 deposition_date	2025-09-16
最后修订 last_revision	2026-02-18
结构标题 title	Recombinant human butyrylcholinesterase in complex with ethyl 1-[3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)propyl]-2-phenyl-1H-1,3-benzodiazole-5-carboxylate
关键词 keywords	Butyrylcholinesterase, Inhibitor, Complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9spc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9spc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9spc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.48 Å
Rg（电子密度）	23.17 Å
总 Rg	24.33 Å
原子数	4440
残基数	526
排除体积	78967 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9spc__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cholinesterase
分子量 formula_weight	59713.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.8
突变 mutation	;N17Q, N455Q, N481Q, N486Q engineered mutations to prevent excessive N-glycosylation. Numeration on the mature enzyme, without the signal peptide. ;
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4612

EDDIIIATKNGKVRGMQLTVFGGTVTAFLGIPYAQPPLGRLRFKKPQSLTKWSDIWNATKYANSCCQNIDQSFPGFHGSEMWNPNTDLSEDCLYLNVWIPAPKPKNATVLIWIYGGGFQTGTSSLHVYDGKFLARVERVIVVSMNYRVGALGFLALPGNPEAPGNMGLFDQQLALQWVQKNIAAFGGNPKSVTLFGESAGAASVSLHLLSPGSHSLFTRAILQSGSFNAPWAVTSLYEARNRTLNLAKLTGCSRENETEIIKCLRNKDPQEILLNEAFVVPYGTPLSVNFGPTVDGDFLTDMPDILLELGQFKKTQILVGVNKDEGTAFLVYGAPGFSKDNNSIITRKEFQEGLKIFFPGVSEFGKESILFHYTDWVDDQRPENYREALGDVVGDYNFICPALEFTKKFSEWGNNAFFYYFEHRSSKLPWPEWMGVMHGYEIEFVFGLPLERRDQYTKAEEILSRSIVKRWANFAKYGNPQETQNQSTSWPVFKSTEQKYLTLNTESTRIMTKLRAQQCRFWTSFFPKV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ethyl 1-[3-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)propyl]-2-phenyl-benzimidazole-5-carboxylate
分子量 formula_weight	391.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	130

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晶胞边长 a length_a	154.134 Å
晶胞边长 b length_b	154.134 Å
晶胞边长 c length_c	128.387 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.660 Å
最低分辨率 resolution_low	48.740 Å
R 因子 r_factor	0.1826
R_work r_work	0.1797
R_free r_free	0.2396

Recombinant human butyrylcholinesterase in complex with ethyl 1-[3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)propyl]-2-phenyl-1H-1,3-benzodiazole-5-carboxylate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cholinesterase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9spc__assembly_1__model_1

9spc__assembly_1__model_1 | I(q)

9spc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

Recombinant human butyrylcholinesterase in complex with ethyl 1-[3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)propyl]-2-phenyl-1H-1,3-benzodiazole-5-carboxylate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cholinesterase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9spc__assembly_1__model_1

9spc__assembly_1__model_1 | I(q)

9spc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)