9sq9

Crystal Structure of the MurT/GatD Enzyme Complex from Streptococcus pyogenes

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT

Streptococcus pyogenes MGAS10270

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD × 1 （A0A5S4TG60） ZINC ION × 1 CITRIC ACID × 2 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD × 1 （A0A5S4TG60） ZINC ION × 1 CITRIC ACID × 2 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8B6J667_STRPY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 26–438； UniProt 33–445 作者链 B； PDB构建体 26–438； UniProt 33–445

Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD

Streptococcus pyogenes MGAS10270

UniProt A0A5S4TG60

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT × 1 （A0A8B6J667） ZINC ION × 1 CITRIC ACID × 2 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT × 1 （A0A8B6J667） ZINC ION × 1 CITRIC ACID × 2 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A5S4TG60_STRPY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–263； UniProt 1–263 作者链 D； PDB构建体 1–263； UniProt 1–263

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9sq9
沉积日期 deposition_date	2025-09-19
最后修订 last_revision	2025-10-08
结构标题 title	Crystal Structure of the MurT/GatD Enzyme Complex from Streptococcus pyogenes
关键词 keywords	Peptidoglycan, Amidotransferase, Complex, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9sq9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9sq9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9sq9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.29 Å
Rg（电子密度）	26.35 Å
总 Rg	27.11 Å
原子数	5000
残基数	646
排除体积	88794 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9sq9__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9sq9__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT
分子量 formula_weight	49037.6 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.5.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10898

HHHHHHPMSDYDIPTTENLYFQGAMACDKDILKDLSKDYDIVVVTGTNGKTLTTALTVGILKEAFGEIITNPSGANMITGITSTFLAAKKGKSERQIAVLEIDEASLPRITTYLKPSLFVYTNIFRDQMDRYGEIYTTYQMIVDGARNAPKATILANGDSPIFSSKDIVNPVQYYGFDTAKHAPQLAHYNTEGILCPKCEHILQYRLNTYANLGDFVCLNCQFQRPTLDYQLTELTAITHQSSEFVIDGQNYKINVGGLYNIYNALAAVSVAEFFGVSPEKIKAGFNKSKAVFGRQETFTIGDKSCTLILIKNPVGASQALEMIQLADYPFSLSVLLNANYADGIDTSWIWDANFELITQMPITEINAGGVRHSEIARRLRVTGFDDTKIKQAEKLEQIIETIEKQEAKHAYILATYTAMLEFRSLLADRHVVEKEMI

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes MGAS10270
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	370552
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD
分子量 formula_weight	29610.0 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.5.13,3.5.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MTYTSLKSPENQDYIYDLTIAHLYGNLMNTYGDNGNILMLKYVAEKLGARVTVDIVSINDTFEQDDYDIVFFGGGQDYEQSIVAKDLPSKKAALADYIANNKVVLAICGGFQLLGQYYVQANGVKIDGLGIMGHYTLNQHQNRFIGDIKIHNDEFNETYYGFENHQGRTFLSGDEKPLGRVVYGNGNNKEDQTEGVHYKNVYGSYFHGPILSRNVNLAYRLVTTALKKKYGSAISLSSYDDILKQEITEEYADLKSKASFNKV

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes MGAS10270
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	370552
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	707

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晶胞边长 a length_a	88.280 Å
晶胞边长 b length_b	101.650 Å
晶胞边长 c length_c	178.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	44.140 Å
R 因子 r_factor	0.1752
R_work r_work	0.1743
R_free r_free	0.2181

Crystal Structure of the MurT/GatD Enzyme Complex from Streptococcus pyogenes

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9sq9__assembly_1__model_1

9sq9__assembly_1__model_1 | I(q)

9sq9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the MurT/GatD Enzyme Complex from Streptococcus pyogenes

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9sq9__assembly_1__model_1

9sq9__assembly_1__model_1 | I(q)

9sq9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)