SAXSdb — 9t4p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease subunit NS2B,Serine protease NS3

dengue virus type 2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1394–1440 链 A； UniProt 1476–1660	突变：K174Q	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；LFS Eco well C09 0.1M HEPES pH 7, 0.2M Lithium chloride, 20% w/v PEG 6000, 10% v/v Ethylene glycol	分辨率 1.95 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9T4P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3C6D The pseudo-atomic structure of dengue immature virus 提交 2008-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric	链 D 115–195（81 aa）链 E 115–195（81 aa）链 F 115–195（81 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å
3C6D The pseudo-atomic structure of dengue immature virus 提交 2008-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 115–195（81 aa）链 E 115–195（81 aa）链 F 115–195（81 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å
3C6D The pseudo-atomic structure of dengue immature virus 提交 2008-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 D 115–195（81 aa）链 E 115–195（81 aa）链 F 115–195（81 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å
3C6D The pseudo-atomic structure of dengue immature virus 提交 2008-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 D 115–195（81 aa）链 E 115–195（81 aa）链 F 115–195（81 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å
3C6D The pseudo-atomic structure of dengue immature virus 提交 2008-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 115–195（81 aa）链 E 115–195（81 aa）链 F 115–195（81 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å

共 1 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_DEN28
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–50； UniProt 1394–1440 作者链 A； PDB构建体 60–244； UniProt 1476–1660

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9t4p
沉积日期 deposition_date	2025-10-30
最后修订 last_revision	2025-11-12
结构标题 title	Dengue 2 Virus NS2B-NS3 protease fusion protein with crystal epitope mutation K174Q
关键词 keywords	protease crystal epitopes, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.51 Å
零角强度 I(0) i0	8386920.00
分子量 molecular_weight	21034.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26306 Å³
包络体积 envelope_volume	31070 Å³
水化壳体积 shell_volume	15855 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.4 Å
壳层 Rg shell_rg	22.63 Å
包络 Rg envelope_rg	17.03 Å
形状 Rg shape_rg	16.46 Å
总 Rg total_rg	17.70 Å
总原子数 total_atoms	2918
残基数 n_residues	196
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.8 Å
Rg (实空间) rg_real	17.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3870e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8387000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7591
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.292
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.083
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1983000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.634; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	123.486 Å
晶胞边长 b length_b	45.200 Å
晶胞边长 c length_c	40.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.11 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	42.148 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2257
R_free r_free	0.2939

描述 description	Serine protease subunit NS2B,Serine protease NS3
分子量 formula_weight	25949.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91,3.6.1.15,3.6.4.13
突变 mutation	K174Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2966

Dengue 2 Virus NS2B-NS3 protease fusion protein with crystal epitope mutation K174Q

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease subunit NS2B,Serine protease NS3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	dengue virus type 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11060
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	48

fit	/app/data/saxs_computation/t4/9t4p/9t4p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t4/9t4p/9t4p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t4/9t4p/9t4p.dat