9t6x

Higher-dose (676.8 kGy) structure of horse-heart myoglobin at cryogenic temperature

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 49.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myoglobin

Equus caballus

UniProt P68082

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–154 未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 MLA MALONIC ACID × 3 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;293 K;3.5 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris-HCl pH 7.4 分辨率 1.10 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 149 个其他 PDB 条目、156 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYG_HORSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9t6x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9t6x
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9t6x
沉积日期 deposition_date2025-11-07
结构标题 titleHigher-dose (676.8 kGy) structure of horse-heart myoglobin at cryogenic temperature
关键词 keywordsMYO, Myoglobin, Radiation Damage, Room-temperature crystallography, Metalloproteins, OXYGEN STORAGE; OXYGEN STORAGE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.47
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.02
零角强度 I(0) i05548700.00
分子量 molecular_weight17619.0 kDa
排除体积 excluded_volume22258 ų
包络体积 envelope_volume24394 ų
水化壳体积 shell_volume13777 ų
包络直径 envelope_diameter49.2
壳层 Rg shell_rg20.74
包络 Rg envelope_rg15.22
形状 Rg shape_rg15.01
总 Rg total_rg16.13
总原子数 total_atoms1245
残基数 n_residues152
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax49.8
Rg (实空间) rg_real16.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26
I(0) (实空间) i0_real5.5490e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.3290e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.36
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5549000.0000
解质量估计 total_estimate0.9065
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.1
偏度 Skewness skewness0.096
峰度 Kurtosis kurtosis-0.468
角度范围 angular_range— – 0.4850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha804900.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.977

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)