SAXSdb — 9ub8

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GPI transamidase component GAA1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	GPI transamidase component GAB1 × 2 （P41733） GPI transamidase component GPI17 × 2 （Q04080） GPI transamidase component GPI16 × 2 （P38875）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GAA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–614； UniProt 1–614 作者链 E； PDB构建体 1–614； UniProt 1–614

GPI transamidase component GAB1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P41733

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	GPI transamidase component GAA1 × 2 （P39012） GPI transamidase component GPI17 × 2 （Q04080） GPI transamidase component GPI16 × 2 （P38875）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC91_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394 作者链 F； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394

GPI transamidase component GPI17

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q04080

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	GPI transamidase component GAA1 × 2 （P39012） GPI transamidase component GAB1 × 2 （P41733） GPI transamidase component GPI16 × 2 （P38875）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GPI17_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–534； UniProt 1–534 作者链 G； PDB构建体 1–534； UniProt 1–534

GPI transamidase component GPI16

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P38875

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	GPI transamidase component GAA1 × 2 （P39012） GPI transamidase component GAB1 × 2 （P41733） GPI transamidase component GPI17 × 2 （Q04080）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GPI16_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–610； UniProt 1–610 作者链 H； PDB构建体 1–610； UniProt 1–610

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ub8
沉积日期 deposition_date	2025-04-02
结构标题 title	Structure of glycosylphosphatidylinositol transamidase,state 2
关键词 keywords	GPI achoring, Transamidase, Membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9ub8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9ub8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9ub8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	64.39 Å
Rg（电子密度）	64.48 Å
总 Rg	64.43 Å
原子数	31758
残基数	3976
排除体积	572990 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9ub8__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GPI transamidase component GAA1
分子量 formula_weight	69279.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	31758

MALLEKLHRRIVDMGLVPRIIALLPVISMLCALFGFISIAILPMDGQYRRTYISENALMPSQAYSYFRESEWNILRGYRSQIKEMVNMTSMERNNLMGSWLQEFGTKTAIYENEQYGETLYGVMHAPRGDGTEAMVLAVPWFNSDDEFNIGGAALGVSLARFFSRWPVWSKNIIVVFSENPRAALRSWVEAYHTSLDLTGGSIEAAVVLDYSSTEDFFEYVEISYDGLNGELPNLDLVNIAISITEHEGMKVSLHGLPSDQLTNNNFWSRLKILCLGIRDWALSGVKKPHGNEAFSGWRIQSVTLKAHGNSGHDITTFGRIPEAMFRSINNLLEKFHQSFFFYLLLAPRQFVSISSYLPSAVALSIAFAISSLNAFINNAYANISLFSEYNLVALLVWFVSLVISFVVSQAFLLIPSSGLLMTISMASCFLPLILSRKIHISEPLSYRLKNVAFLYFSLVSTSLLMINFAMALLIGTLAFPMTFVKTIVESSSEHEVTTQSSNPIKTEPKDEIELVENHMDTTPATPQQQKQKLKNLVLLILTNPFISITLFGLFFDDEFHGFDIINKLVSAWLDLKCWSWFVLCIGWLPCWLLILASSFESKSVVVRSKEKQS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GPI transamidase component GAB1
分子量 formula_weight	44768.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MDSTALKVALGCIAIRLAVNSLFPSLQQQLDQSVEFSTPVTSFRSLQEGIYLLRNNIQVYNHGVVHHPPILIFFLSLFNSDRLISLIYALIDGLIAYQLTEVTKAFKNLKLKVWLPGLLYAVNPLTLLSCISRSSIIFTNFAISSSLYCILAEGNVLLSSVMISISGYLSVYPILLLIPLLGMLKSWRQRILSAIVSILSLLILLLFSYSILGSQSWSFLTQVYGSIITFEKVFPNLGLWWYFFIEMFDTFIPFFKAVFNIFIAVFITPFTLRYHKQPFYAFILCIGWIVLTKPYPSLGDAGFFFSFLPFFTPLFGYLRYPIISALLFLHAIVLAPIFYHLWVVLGSGNSNFFYAISLVYALAIASILVDLNWAMLRIEYDNGIPNFKLKVTQI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	GPI transamidase component GPI17
分子量 formula_weight	60862.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,G

MSNANLRKWVGFCFVAIYLFLGVPLWYKLTTVYRASLPINYIESLQNNKFQDIHLVIPVYVKSDTYRFPDVHDAIQVQVNHLLNSQEQRVPWSLQVLPYNETIEQMESEGNQFHVVTLKLDEFIGYSSAYDTKETLVYYDDAAVLSNDLPFFVAQTLVEHTFQLEWTHLNKTCEGVSTNNDVAISYDPNIHLSVTLLSGDGNPVAWEIEPTLTDYFSPFRKFLSPLVNFTVDSSIVYHNDLNLHSLNGSCTSVTWFDLSHTIDLSELSSMAYYPEDSALNLAIVFPSASSSPDGLAFINGTRISDEITTLDWNSYLVPQWGVIIINKMPLKPNSVISEDYLEPMMYRFATDIFQLLGLTEGSQDLLSPYITIDSFKRLTILQNLDKATETLWSLVKLTQQFQGMSIPREVSDNVIEALDLRLQIIDLLNDPGKGGDIVWNNALHLSNELVKLCEKAFFNGEMVQQNFFPQEHMIAVYLPLLGPISAVMFFGFYNVMKEKNQKSKKNGTEREVAKEKLELKEAQKLHAIDGEDEL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	GPI transamidase component GPI16
分子量 formula_weight	68836.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

MILTLAYFMLGTLLLGVFAEDTVSQIGINDSLWYPYDEALVLKPLPNNDLLLSFAFQLQSEPFDPAVSSMSYDAYEHYTTFPRAIPPLLESTATRQFHLRFTRGFWDALSWGQLPHAGKEAGASGVELWSQVQAMDQEQAFHNWKKLSNSLSGLFCSSLNFIDESRTTFPRRSYASDIGAPLFNSTEKLYLMRASLPNEPICTENLTPFIKLLPTRGKSGLTSLLDGHKLFDSLWNSISLDIATICSEDEDALCHYEMDARIEMVTHVPSALARGERPIPKPLDGNTLRCDTDKPFDSYQCFPLPEPSQTHFKLSQLFARPINNGNLFANRPTRICAEVDRSTWTAFLSVDDTIFSTHDNCFDLSNDQNEGGSGYDFILESTDTTKVTPIVPVPIHVSRSLTGNGQDRGGMRIVFHNDNDTPVKLIYFESLPWFMRVYLSSLQITSTTSPQLQENDIILDKYYLQAADRKRPGHLEFTMLIPANTDIVMTYQFDKALLQFAEYPPDANHGFEIDAAVITVLSLESSSSLYEMRTSTLLLSLSTPDFSMPYNVIILTSTIMGLIFGMLYNLMVKRMVTVEEADKITLQSGLKYKLLKLKEKFLGKKKTKTD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.41 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	29585

Structure of glycosylphosphatidylinositol transamidase,state 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GPI transamidase component GAA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GPI transamidase component GAB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GPI transamidase component GPI17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GPI transamidase component GPI16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ub8__assembly_1__model_1

9ub8__assembly_1__model_1 | I(q)

9ub8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Structure of glycosylphosphatidylinositol transamidase,state 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GPI transamidase component GAA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GPI transamidase component GAB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GPI transamidase component GPI17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GPI transamidase component GPI16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ub8__assembly_1__model_1

9ub8__assembly_1__model_1 | I(q)

9ub8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)