SAXSdb — 9ues

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tk-subtilisin

Thermococcus kodakarensis KOD1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Subtilisin-like serine protease × 1 （Q5JIZ5） CALCIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TKSU_THEKO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–70； UniProt 25–93

Subtilisin-like serine protease

Thermococcus kodakarensis KOD1

UniProt Q5JIZ5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tk-subtilisin × 1 （P58502） CALCIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TKSP_THEKO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–427； UniProt 137–562

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ues
沉积日期 deposition_date	2025-04-09
最后修订 last_revision	2026-02-18
结构标题 title	Crystal structure of an inactive TKSP mutant in complex with the TKS propeptide
关键词 keywords	Subtilase, Propeptide, Maturation, Hyperthermophile, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9ues__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9ues__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9ues__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.79 Å
Rg（电子密度）	22.86 Å
总 Rg	23.65 Å
原子数	3513
残基数	474
排除体积	62321 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9ues__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tk-subtilisin
分子量 formula_weight	7644.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3513

MGEQNTIRVIVSVDKAKFNPHEVLGIGGHIVYQFKLIPAVVVDVPANAVGKLKKMPGVEKVEFDHQAVLL

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis KOD1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	69014
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Subtilisin-like serine protease
分子量 formula_weight	44352.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.62
突变 mutation	S359A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MVETEGLDESAAQVMATNMWNLGYDGSGITIGIIDTGIDASHPDLQGKVIGWVDFVNGKTTPYDDNGHGTHVASIAAGTGAASNGKYKGMAPGAKLVGIKVLNGQGSGSISDIINGVDWAVQNKDKYGIKVINLSLGSSQSSDGTDSLSQAVNNAWDAGLVVVVAAGNSGPNKYTVGSPAAASKVITVGAVDKYDVITDFSSRGPTADNRLKPEVVAPGNWIIAARASGTSMGQPINDYYTAAPGTAMATPHVAGIAALLLQAHPSWTPDKVKTALIETADIVKPDEIADIAYGAGRVNAYKAAYYDNYAKLTFTGYVSNKGSQSHQFTISGAGFVTATLYWDNSGSDLDLYLYDPNGNQVDYSYTAYYGFEKVGYYNPTAGTWTIKVVSYSGSANYQVDVVSDGSLGQPSGGGSEPSPSPSPEPTV

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis KOD1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	69014
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	136.141 Å
晶胞边长 b length_b	136.141 Å
晶胞边长 c length_c	97.985 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	45.240 Å
R 因子 r_factor	0.2092
R_work r_work	0.2075
R_free r_free	0.2407

Crystal structure of an inactive TKSP mutant in complex with the TKS propeptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tk-subtilisin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Subtilisin-like serine protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ues__assembly_1__model_1

9ues__assembly_1__model_1 | I(q)

9ues__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of an inactive TKSP mutant in complex with the TKS propeptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tk-subtilisin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Subtilisin-like serine protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ues__assembly_1__model_1

9ues__assembly_1__model_1 | I(q)

9ues__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)