SAXSdb — 9v8i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

YxxD

Bacillus spizizenii ATCC 6633 = JCM 2499

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	YxiDCTD × 1 （E0TXK9） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A9Q4H945_BACSC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110

YxiDCTD

Bacillus spizizenii ATCC 6633 = JCM 2499

UniProt E0TXK9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	YxxD × 1 （A0A9Q4H945） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E0TXK9_BACSH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 15–141； UniProt 408–534

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9v8i
沉积日期 deposition_date	2025-05-29
最后修订 last_revision	2025-12-24
结构标题 title	Crystal structure for YxiD-YxxD toxin-immunity protein complex from Bacillus subtilis 6633.
关键词 keywords	Toxin, YxiD, YxxD, Immunity-protein, tRNase, Bacillus subtilis 6633; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9v8i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9v8i__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9v8i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.51 Å
Rg（电子密度）	17.45 Å
总 Rg	18.52 Å
原子数	1727
残基数	215
排除体积	30492 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9v8i__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	YxxD
分子量 formula_weight	12647.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2137

MGYDSLIETLIKYENNDLILEWTSGLRIIGELDTVFETDNGLDEDDNNYTEYDAAAFKVNKILSKPIQNEGNVYNWLRQEKSSLVEISLYDDPPSTVLLTDGQRVWKSDN

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus spizizenii ATCC 6633 = JCM 2499
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	703612
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	YxiDCTD
分子量 formula_weight	15657.5 kDa
突变 mutation	H528A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSSHHHHHHSQDPVAKDTGNGVPSYGKKSLPKGPYREVHGFPVKVKPGAQEKHIPNTPNYKQEIANGKNKSIFYGDNKTAQELLDKYAGKGDFLKNGRERVDFGKPIGKYYDRNTGEYVETTKGLIHYGKDGAAIVPSRP

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus spizizenii ATCC 6633 = JCM 2499
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	703612
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	403

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晶胞边长 a length_a	67.378 Å
晶胞边长 b length_b	70.890 Å
晶胞边长 c length_c	91.788 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	33.440 Å
R 因子 r_factor	0.1878
R_work r_work	0.1859
R_free r_free	0.2271

Crystal structure for YxiD-YxxD toxin-immunity protein complex from Bacillus subtilis 6633.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

YxxD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

YxiDCTD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9v8i__assembly_1__model_1

9v8i__assembly_1__model_1 | I(q)

9v8i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure for YxiD-YxxD toxin-immunity protein complex from Bacillus subtilis 6633.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

YxxD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

YxiDCTD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9v8i__assembly_1__model_1

9v8i__assembly_1__model_1 | I(q)

9v8i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)