SAXSdb — 9vcm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADH-dependent dihydrogenase

Amycolatopsis mediterranei S699

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	RifT × 2 （O52542） ;(4Z,6E,8S,9S,10R,11R,12R,13R,14R,15S,16S,17Z,22R,23S)-4,8,10,12,14,16,18,22-octamethyl-9,11,13,15,23,26,28-heptakis(oxidanyl)-2-azabicyclo[22.3.1]octacosa-1(27),4,6,17,24(28),25-hexaene-3,19,21-trione ; × 2 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O52541_AMYMD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 C； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342

RifT

Amycolatopsis mediterranei S699

UniProt O52542

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	NADH-dependent dihydrogenase × 2 （O52541） ;(4Z,6E,8S,9S,10R,11R,12R,13R,14R,15S,16S,17Z,22R,23S)-4,8,10,12,14,16,18,22-octamethyl-9,11,13,15,23,26,28-heptakis(oxidanyl)-2-azabicyclo[22.3.1]octacosa-1(27),4,6,17,24(28),25-hexaene-3,19,21-trione ; × 2 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O52542_AMYMD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–256； UniProt 2–255 作者链 D； PDB构建体 3–256； UniProt 2–255

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vcm
沉积日期 deposition_date	2025-06-06
最后修订 last_revision	2026-06-10
结构标题 title	NAD_dependent dehydrogenase
关键词 keywords	COMPLEX. NAD-DEPENDENT, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vcm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vcm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vcm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.13 Å
Rg（电子密度）	33.31 Å
总 Rg	33.97 Å
原子数	8483
残基数	1151
排除体积	148920 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vcm__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NADH-dependent dihydrogenase
分子量 formula_weight	35368.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8999

MAPTGGVGESRYVKTLRQLEVALIGAGLIARLHLEAWLGAGAAVRVYSDDGRSRELAAEFGAKAAGSLEEALDGADAVDICTPTASHHEIALTAIAAGVGVVCEKPLAASAEEAEEIVTAAERAGVRLYAAHDVRFAAPYARLHELVASGRLGEGALGRFSFSAYHPRPWTGHASARSGGILTDQLLHGADLAHWVFGDVVRVHACYQGDIATPAPEGAVATGTAVLTHASGAISQVVSRWTATPRPPVRVAFHVSGTGGSVSYDSEWPQEVRVVDGGAGNFAYGGPSVFDTEMREFATAFAGGPEPRIGAKDALAAVRIIHAAAESAWTGRAVELPVRGAA

来源 Source

来源生物 organism	Amycolatopsis mediterranei S699
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	713604
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RifT
分子量 formula_weight	26214.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MVKVAILSSTPQAYAGALRGLPDVEVVAAASWDAFEPVRQAAEAGARVLCEYPPAAKETDLKAMIDAAGDRLTFASPACHGEAFAVVRKGIADGGIGELTTVLGSVATSVDGVLGAAAPYLLDLADAVLGGEPAQQVYAQTNIVLSGRIGESAAVLTVRYRSGQVASFDCRRHGSATGLPAVTFIGDQGSVQYDAGPQLLGGERPELGGEDLEALMLKDFLGAGDGPGPDGQAALRTFRIIQAAYESAHTGQPVDL

来源 Source

来源生物 organism	Amycolatopsis mediterranei S699
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	713604
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(4Z,6E,8S,9S,10R,11R,12R,13R,14R,15S,16S,17Z,22R,23S)-4,8,10,12,14,16,18,22-octamethyl-9,11,13,15,23,26,28-heptakis(oxidanyl)-2-azabicyclo[22.3.1]octacosa-1(27),4,6,17,24(28),25-hexaene-3,19,21-trione ;
分子量 formula_weight	645.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	516

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晶胞边长 a length_a	192.182 Å
晶胞边长 b length_b	81.259 Å
晶胞边长 c length_c	90.126 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.84 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	28.990 Å
R 因子 r_factor	0.1780
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.2280

NAD_dependent dehydrogenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADH-dependent dihydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RifT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vcm__assembly_1__model_1

9vcm__assembly_1__model_1 | I(q)

9vcm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

NAD_dependent dehydrogenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADH-dependent dihydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RifT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vcm__assembly_1__model_1

9vcm__assembly_1__model_1 | I(q)

9vcm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)