SAXSdb — 9vel

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gp6.1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 1320	Gp29.2 × 240 （B6V2J1） Gp2.7 × 60 （B6V2M7） Gp36.3 × 60 （B6V2H5）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Gp29.2 × 4 （B6V2J1） Gp2.7 × 1 （B6V2M7） Gp36.3 × 1 （B6V2H5）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 110	Gp29.2 × 20 （B6V2J1） Gp2.7 × 5 （B6V2M7） Gp36.3 × 5 （B6V2H5）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 132	Gp29.2 × 24 （B6V2J1） Gp2.7 × 6 （B6V2M7） Gp36.3 × 6 （B6V2H5）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Gp29.2 × 4 （B6V2J1） Gp2.7 × 1 （B6V2M7） Gp36.3 × 1 （B6V2H5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B6V2N7_BPSP1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 B； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 C； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 D； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 E； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 F； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 G； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 H； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 I； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 J； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 K； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 L； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 M； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 N； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 O； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 P； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468

Gp29.2

物种未注明

UniProt B6V2J1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 1320	Gp6.1 × 960 （B6V2N7） Gp2.7 × 60 （B6V2M7） Gp36.3 × 60 （B6V2H5）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Gp6.1 × 16 （B6V2N7） Gp2.7 × 1 （B6V2M7） Gp36.3 × 1 （B6V2H5）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 110	Gp6.1 × 80 （B6V2N7） Gp2.7 × 5 （B6V2M7） Gp36.3 × 5 （B6V2H5）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 132	Gp6.1 × 96 （B6V2N7） Gp2.7 × 6 （B6V2M7） Gp36.3 × 6 （B6V2H5）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Gp6.1 × 16 （B6V2N7） Gp2.7 × 1 （B6V2M7） Gp36.3 × 1 （B6V2H5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B6V2J1_BPSP1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 q； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171 作者链 r； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171 作者链 s； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171 作者链 v； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171

Gp2.7

物种未注明

UniProt B6V2M7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 1320	Gp6.1 × 960 （B6V2N7） Gp29.2 × 240 （B6V2J1） Gp36.3 × 60 （B6V2H5）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Gp6.1 × 16 （B6V2N7） Gp29.2 × 4 （B6V2J1） Gp36.3 × 1 （B6V2H5）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 110	Gp6.1 × 80 （B6V2N7） Gp29.2 × 20 （B6V2J1） Gp36.3 × 5 （B6V2H5）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 132	Gp6.1 × 96 （B6V2N7） Gp29.2 × 24 （B6V2J1） Gp36.3 × 6 （B6V2H5）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Gp6.1 × 16 （B6V2N7） Gp29.2 × 4 （B6V2J1） Gp36.3 × 1 （B6V2H5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B6V2M7_BPSP1
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 t； PDB构建体 1–57； UniProt 1–57

Gp36.3

物种未注明

UniProt B6V2H5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 1320	Gp6.1 × 960 （B6V2N7） Gp29.2 × 240 （B6V2J1） Gp2.7 × 60 （B6V2M7）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Gp6.1 × 16 （B6V2N7） Gp29.2 × 4 （B6V2J1） Gp2.7 × 1 （B6V2M7）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 110	Gp6.1 × 80 （B6V2N7） Gp29.2 × 20 （B6V2J1） Gp2.7 × 5 （B6V2M7）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 132	Gp6.1 × 96 （B6V2N7） Gp29.2 × 24 （B6V2J1） Gp2.7 × 6 （B6V2M7）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Gp6.1 × 16 （B6V2N7） Gp29.2 × 4 （B6V2J1） Gp2.7 × 1 （B6V2M7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B6V2H5_BPSP1
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 w； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vel
沉积日期 deposition_date	2025-06-09
结构标题 title	The composite cryo-EM structure of bacteriophage SPO1 capsid
关键词 keywords	SPO1, Phage, Capsid, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vel__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vel__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vel__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	449.30 Å
总 Rg	449.30 Å
原子数	3689880
残基数	472980
排除体积	65745000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vel__assembly_1__model_1`	1320-meric （1320）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9vel__assembly_2__model_1`	22-meric （22）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`9vel__assembly_3__model_1`	110-meric （110）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`9vel__assembly_4__model_1`	132-meric （132）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`9vel__assembly_5__model_1`	22-meric （22）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gp6.1
分子量 formula_weight	51445.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,G,D,I,J,O,N,M,H,K,L,B,E,P,A
原子数 atom_count	61498

MNFGNGVNGFGNGSQADVDALNKALEAGHTVNPLDLEGGGAFRVESLERSLHNLSFTDQHIKFWKKIPKQKAYSTVEQYGQLLDYGRSQGAFVGEGVLPDTNDSTYARKAAFVKFLGTTREVTHPMTLVNSAFGNVIARQNKDGILWMLKQIEQALFWGDSKLAPGGQEGLQFDGINKMIDPENTIDLKGNYLEEKHINWGSQLILQNYGTPTDLMLPFEVMGQFSQEFFPKERVIMPTNDGYQAGVVVNKFMTHGGEVDFTPNLFLNKTTPLNMNASSQKAPAPGTLAAEIGTANDAEFGKQTGGGAGVYKYAVTFNNSHGESVPSNIVDVTIANEDVAKGVKLTITNPVSTAFPVEYIKVYRSEKDGQRLYEVAKFAVTTDNSGGVTEHTDKCEILANTYTAFMGEMSEEVIAFKQLTPMMKMDLATLGPVIRWMILMYGVPVMYAPKKFMKYTNIKADVPGYIGN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Gp29.2
分子量 formula_weight	19837.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	r,q,s,v

MLFKYIHDVNAKVEEGRRYLSDVVRVALDKEETTDPDTQEVTSTSYRVTAYPVVQVGEEEVPYIPVHPKTAEPGQKVTVPTYDVPEKLPVLVRGRNPEATGDYDDHIWVTEEVEVRPLVDEVFKEDEFEKARLYYENVAAQLAEGDDIRHYYRKDLDREAGHYSVSRYPSF

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Gp2.7
分子量 formula_weight	6380.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	t

MTKLRLITGTVYTEMSAAEVRSYLQRGSKAGTINGYEDEAKTVPILISVESIEYIYL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Gp36.3
分子量 formula_weight	10812.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	w

MNHNIQDLQMHANEVCRQIGAKAVQDYLKKVDPDMVLAYSDERGYFIFDPNEEPPTGSGNGETASQVELYIDLTKPLEGADFRRYESPNPSTITLP

▶

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	626340

The composite cryo-EM structure of bacteriophage SPO1 capsid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gp6.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Gp29.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Gp2.7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Gp36.3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vel__assembly_1__model_1

9vel__assembly_1__model_1 | I(q)

9vel__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

The composite cryo-EM structure of bacteriophage SPO1 capsid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gp6.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Gp29.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Gp2.7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Gp36.3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vel__assembly_1__model_1

9vel__assembly_1__model_1 | I(q)

9vel__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)