SAXSdb — 9vj8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II-A CRISPR-associated protein Csn2

Enterococcus faecalis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	CRISPR-associated endonuclease Cas1 × 8 （A0A3N3GDE4） CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 × 4 （A0A3N3FLR9） CRISPR-associated endonuclease Cas9 × 2 （A0A3N3HFT9） CALCIUM ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A3N3GYE7_ENTFL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 B； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 C； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 D； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 E； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 F； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 G； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 H； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

CRISPR-associated endonuclease Cas1

Enterococcus faecalis

UniProt A0A3N3GDE4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Type II-A CRISPR-associated protein Csn2 × 8 （A0A3N3GYE7） CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 × 4 （A0A3N3FLR9） CRISPR-associated endonuclease Cas9 × 2 （A0A3N3HFT9） CALCIUM ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A3N3GDE4_ENTFL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 J； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 K； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 L； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 O； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 P； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 Q； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 R； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288

CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

Enterococcus faecalis

UniProt A0A3N3FLR9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Type II-A CRISPR-associated protein Csn2 × 8 （A0A3N3GYE7） CRISPR-associated endonuclease Cas1 × 8 （A0A3N3GDE4） CRISPR-associated endonuclease Cas9 × 2 （A0A3N3HFT9） CALCIUM ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A3N3FLR9_ENTFL
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 N； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 U； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 V； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109

CRISPR-associated endonuclease Cas9

Enterococcus faecalis

UniProt A0A3N3HFT9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Type II-A CRISPR-associated protein Csn2 × 8 （A0A3N3GYE7） CRISPR-associated endonuclease Cas1 × 8 （A0A3N3GDE4） CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 × 4 （A0A3N3FLR9） CALCIUM ION × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A3N3HFT9_ENTFL
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–1337； UniProt 1–1337 作者链 T； PDB构建体 1–1337； UniProt 1–1337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vj8
沉积日期 deposition_date	2025-06-19
结构标题 title	Type II-A CRISPR integrase complex, apo form
关键词 keywords	CRISPR, Cas9, Cas1, Cas2, Csn2, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vj8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vj8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vj8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	69.40 Å
Rg（电子密度）	68.58 Å
总 Rg	68.48 Å
原子数	36995
残基数	4512
排除体积	666300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vj8__assembly_1__model_1`	22-meric （22）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Type II-A CRISPR-associated protein Csn2
分子量 formula_weight	25433.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	36995

MRVNFSLLEEPIEIEKATFLTIKDVQTFAHLVKLIYQYDGENELKLFDAQQKGLKPTELFVVTDILGYDVNSAATLKLIYGDLEAQLNDKPEVKSMIEKLTGTISQLIGYELLEHEMDLEEDGITVQELFKALGIKIETTSDTIFEKVMEITQVHRYLSKKKLLIFINACTYLTEDEVQQVVEYISLNNVDVLFLEQRVVQNRFQYILDENFYLSYEKA

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus faecalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1351
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas1
分子量 formula_weight	33492.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,O,P,Q,R

MGWRTVVVNKHSKLSYKNNHLVFKAIDHQELIHLSEIDVLLLETTDISLTTMLLKRLIDEKILVLFCDDKRLPIGKILPFYGRHDSSLQLTRQLAWTEERKGQVWTAIIAQKITNQSLHLAQRDYGQKAAALLAMRAELRLFDPANREGHAARSYFNTLFGNDFTREQENDINAGLNYGYTLLLSIFARELVQTGCFTQLGLKHANQFNDFNLASDLMEPFRPLVDQIIYENRKEAFPIMKRKLFALFMNTYMYKKKQMFLTNIATDYTKHVVKVLNQEEEGVPEFGI

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus faecalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1351
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
分子量 formula_weight	12977.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,U,V

MSYRYMRLLLMFDMPTDTASDRKAYRKFRKFLINEGFIMHQFSVYSKILLNDTANKAMLARLKQNNPQRGLITLLNVTEKQFSRMIYLHGEQDNRVANSDERIVFLGEE

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus faecalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1351
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas9
分子量 formula_weight	155565.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T

MKKDYVIGLDIGTNSVGWAVMTEDYQLVKKKMPIYGNTEKKKIKKNFWGVRLFEEGHTAEDRRLKRTARRRISRRRNRLRYLQAFFEEAMTDLDENFFARLQESFLVPEDKKWHRHPIFAKLEDEVAYHETYPTIYHLRKKLADSSEQADLRLIYLALAHIVKYRGHFLIEGKLSTENISVKEQFQQFMIIYNQTFVNGESRLVSAPLPESVLIEEELTEKASRTKKSEKVLQQFPQEKANGLFGQFLKLMVGNKADFKKVFGLEEEAKITYASESYEEDLEGILAKVGDEYSDVFLAAKNVYDAVELSTILADSDKKSHAKLSSSMIVRFTEHQEDLKKFKRFIRENCPDEYDNLFKNEQKDGYAGYIAHAGKVSQLKFYQYVKKIIQDIAGAEYFLEKIAQENFLRKQRTFDNGVIPHQIHLAELQAIIHRQAAYYPFLKENQEKIEQLVTFRIPYYVGPLSKGDASTFAWLKRQSEEPIRPWNLQETVDLDQSATAFIERMTNFDTYLPSEKVLPKHSLLYEKFMVFNELTKISYTDDRGIKANFSGKEKEKIFDYLFKTRRKVKKKDIIQFYRNEYNTEIVTLSGLEEDQFNASFSTYQDLLKCGLTRAELDHPDNAEKLEDIIKILTIFEDRQRIRTQLSTFKGQFSAEVLKKLERKHYTGWGRLSKKLINGIYDKESGKTILGYLIKDDGVSKHYNRNFMQLINDSQLSFKNAIQKAQSSEHEETLSETVNELAGSPAIKKGIYQSLKIVDELVAIMGYAPKRIVVEMARENQTTSTGKRRSIQRLKIVEKAMAEIGSNLLKEQPTTNEQLRDTRLFLYYMQNGKDMYTGDELSLHRLSHYDIDHIIPQSFMKDDSLDNLVLVGSTENRGKSDDVPSKEVVKDMKAYWEKLYAAGLISQRKFQRLTKGEQGGLTLEDKAHFIQRQLVETRQITKNVAGILDQRYNANSKEKKVQIITLKASLTSQFRSIFGLYKVREVNDYHHGQDAYLNCVVATTLLKVYPNLAPEFVYGEYPKFQTFKENKATAKAIIYTNLLRFFTEDEPRFTKDGEILWSNSYLKTIKKELNYHQMNIVKKVEVQKGGFSKESIKPKGPSNKLIPVKNGLDPQKYGGFDSPIVAYTVLFTHEKGKKPLIKQEILGITIMEKTRFEQNPILFLEEKGFLRPRVLMKLPKYTLYEFPEGRRRLLASAKEAQKGNQMVLPEHLLTLLYHAKQCLLPNQSESLAYVEQHQPEFQEILERVVDFAEVHTLAKSKVQQIVKLFEANQTADVKEIAASFIQLMQFNAMGAPSTFKFFQKDIERARYTSIKEIFDATIIYQSTTGLYETRRKVVD

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus faecalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1351
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.900 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	52810

Type II-A CRISPR integrase complex, apo form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II-A CRISPR-associated protein Csn2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CRISPR-associated endonuclease Cas1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CRISPR-associated endonuclease Cas9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vj8__assembly_1__model_1

9vj8__assembly_1__model_1 | I(q)

9vj8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Type II-A CRISPR integrase complex, apo form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II-A CRISPR-associated protein Csn2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated endonuclease Cas1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated endonuclease Cas9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vj8__assembly_1__model_1

9vj8__assembly_1__model_1 | I(q)

9vj8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)