9vja

Type I-A CRISPR integrase prespacer catching complex, State II

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas1

Enterococcus faecalis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 DNA 2 RNA 2	DNA (51-MER) × 1 DNA (51-MER) × 1 RNA (55-MER) × 1 RNA (83-MER) × 1 Type II-A CRISPR-associated protein Csn2 × 4 （A0A3N3GYE7） CRISPR-associated endonuclease Cas9 × 1 （A0A3N3HFT9）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A3N3GDE4_ENTFL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 L； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288

Type II-A CRISPR-associated protein Csn2

Enterococcus faecalis

UniProt A0A3N3GYE7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 DNA 2 RNA 2	CRISPR-associated endonuclease Cas1 × 2 （A0A3N3GDE4） DNA (51-MER) × 1 DNA (51-MER) × 1 RNA (55-MER) × 1 RNA (83-MER) × 1 CRISPR-associated endonuclease Cas9 × 1 （A0A3N3HFT9）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A3N3GYE7_ENTFL
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 B； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 C； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 D； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

CRISPR-associated endonuclease Cas9

Enterococcus faecalis

UniProt A0A3N3HFT9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 7 DNA 2 RNA 2	CRISPR-associated endonuclease Cas1 × 2 （A0A3N3GDE4） DNA (51-MER) × 1 DNA (51-MER) × 1 RNA (55-MER) × 1 RNA (83-MER) × 1 Type II-A CRISPR-associated protein Csn2 × 4 （A0A3N3GYE7）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A3N3HFT9_ENTFL
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–1337； UniProt 1–1337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vja
沉积日期 deposition_date	2025-06-19
结构标题 title	Type I-A CRISPR integrase prespacer catching complex, State II
关键词 keywords	CRISPR, Cas9, Cas1, Csn2 DNA binding protein, DNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vja__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vja__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vja__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.86 Å
Rg（电子密度）	54.53 Å
总 Rg	54.62 Å
原子数	26425
残基数	2950
排除体积	461630 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vja__assembly_1__model_1`	11-meric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas1
分子量 formula_weight	33492.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L
原子数 atom_count	26425

MGWRTVVVNKHSKLSYKNNHLVFKAIDHQELIHLSEIDVLLLETTDISLTTMLLKRLIDEKILVLFCDDKRLPIGKILPFYGRHDSSLQLTRQLAWTEERKGQVWTAIIAQKITNQSLHLAQRDYGQKAAALLAMRAELRLFDPANREGHAARSYFNTLFGNDFTREQENDINAGLNYGYTLLLSIFARELVQTGCFTQLGLKHANQFNDFNLASDLMEPFRPLVDQIIYENRKEAFPIMKRKLFALFMNTYMYKKKQMFLTNIATDYTKHVVKVLNQEEEGVPEFGI

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus faecalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1351
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (51-MER)
分子量 formula_weight	15774.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

AGCGCTCTGAATGCTAGATCACGTTATGAAACAGACATAGCGGTACAAAAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (51-MER)
分子量 formula_weight	15644.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

TTTTTGTACCGCTATGTCTGTTTCATAACGTGATCTAGCATTCAGAGCGCT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RNA (55-MER)
分子量 formula_weight	17561.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	g

GCAAUACUUUGUCUGUAUCGUUUUAGAGUCAUGUUGUUUAGAAUGGUACCAAAAC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA (83-MER)
分子量 formula_weight	26614.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	t

CUUUUGGGACUAUUCUAAACAACAUAGCAAGUUAAAAUAAGGUUUUAACCGUAAUCAACUGUAAAGUGGCGCUGUUUCGGCGC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Type II-A CRISPR-associated protein Csn2
分子量 formula_weight	25433.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

MRVNFSLLEEPIEIEKATFLTIKDVQTFAHLVKLIYQYDGENELKLFDAQQKGLKPTELFVVTDILGYDVNSAATLKLIYGDLEAQLNDKPEVKSMIEKLTGTISQLIGYELLEHEMDLEEDGITVQELFKALGIKIETTSDTIFEKVMEITQVHRYLSKKKLLIFINACTYLTEDEVQQVVEYISLNNVDVLFLEQRVVQNRFQYILDENFYLSYEKA

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus faecalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1351
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas9
分子量 formula_weight	155565.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MKKDYVIGLDIGTNSVGWAVMTEDYQLVKKKMPIYGNTEKKKIKKNFWGVRLFEEGHTAEDRRLKRTARRRISRRRNRLRYLQAFFEEAMTDLDENFFARLQESFLVPEDKKWHRHPIFAKLEDEVAYHETYPTIYHLRKKLADSSEQADLRLIYLALAHIVKYRGHFLIEGKLSTENISVKEQFQQFMIIYNQTFVNGESRLVSAPLPESVLIEEELTEKASRTKKSEKVLQQFPQEKANGLFGQFLKLMVGNKADFKKVFGLEEEAKITYASESYEEDLEGILAKVGDEYSDVFLAAKNVYDAVELSTILADSDKKSHAKLSSSMIVRFTEHQEDLKKFKRFIRENCPDEYDNLFKNEQKDGYAGYIAHAGKVSQLKFYQYVKKIIQDIAGAEYFLEKIAQENFLRKQRTFDNGVIPHQIHLAELQAIIHRQAAYYPFLKENQEKIEQLVTFRIPYYVGPLSKGDASTFAWLKRQSEEPIRPWNLQETVDLDQSATAFIERMTNFDTYLPSEKVLPKHSLLYEKFMVFNELTKISYTDDRGIKANFSGKEKEKIFDYLFKTRRKVKKKDIIQFYRNEYNTEIVTLSGLEEDQFNASFSTYQDLLKCGLTRAELDHPDNAEKLEDIIKILTIFEDRQRIRTQLSTFKGQFSAEVLKKLERKHYTGWGRLSKKLINGIYDKESGKTILGYLIKDDGVSKHYNRNFMQLINDSQLSFKNAIQKAQSSEHEETLSETVNELAGSPAIKKGIYQSLKIVDELVAIMGYAPKRIVVEMARENQTTSTGKRRSIQRLKIVEKAMAEIGSNLLKEQPTTNEQLRDTRLFLYYMQNGKDMYTGDELSLHRLSHYDIDHIIPQSFMKDDSLDNLVLVGSTENRGKSDDVPSKEVVKDMKAYWEKLYAAGLISQRKFQRLTKGEQGGLTLEDKAHFIQRQLVETRQITKNVAGILDQRYNANSKEKKVQIITLKASLTSQFRSIFGLYKVREVNDYHHGQDAYLNCVVATTLLKVYPNLAPEFVYGEYPKFQTFKENKATAKAIIYTNLLRFFTEDEPRFTKDGEILWSNSYLKTIKKELNYHQMNIVKKVEVQKGGFSKESIKPKGPSNKLIPVKNGLDPQKYGGFDSPIVAYTVLFTHEKGKKPLIKQEILGITIMEKTRFEQNPILFLEEKGFLRPRVLMKLPKYTLYEFPEGRRRLLASAKEAQKGNQMVLPEHLLTLLYHAKQCLLPNQSESLAYVEQHQPEFQEILERVVDFAEVHTLAKSKVQQIVKLFEANQTADVKEIAASFIQLMQFNAMGAPSTFKFFQKDIERARYTSIKEIFDATIIYQSTTGLYETRRKVVD

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus faecalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1351
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.010 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.01 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	80591

Type I-A CRISPR integrase prespacer catching complex, State II

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Type II-A CRISPR-associated protein Csn2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CRISPR-associated endonuclease Cas9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vja__assembly_1__model_1

9vja__assembly_1__model_1 | I(q)

9vja__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Type I-A CRISPR integrase prespacer catching complex, State II

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Type II-A CRISPR-associated protein Csn2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated endonuclease Cas9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vja__assembly_1__model_1

9vja__assembly_1__model_1 | I(q)

9vja__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)