SAXSdb — 9vnw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase

Pyrococcus abyssi GE5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 56–334	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；Jeffamine T-403, Jeffamine ED-2003, Tris	分辨率 2.50 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9VNW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9K00 Crystal structure of Pyrococcus abyssi AIR synthetase 提交 2024-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 14–334（321 aa）链 B 14–334（321 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；lithium sulfate, poly(acrylic acid sodium salt) 2100, HEPES	分辨率 2.00 Å R-free 0.213
9K01 Crystal structure of Pyrococcus abyssi AIR synthetase bound to ADP 提交 2024-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 14–334（321 aa）链 B 14–334（321 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；lithium sulfate, poly(acrylic acid sodium salt) 2100, HEPES	分辨率 1.60 Å R-free 0.193
9K02 Crystal structure of Pyrococcus abyssi AIR synthetase bound to ADP and Mg(II) 提交 2024-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 14–334（321 aa）链 B 14–334（321 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；lithium sulfate, poly(acrylic acid sodium salt) 2100, HEPES	分辨率 2.00 Å R-free 0.207
9K03 Crystal structure of Pyrococcus abyssi AIR synthetase H239A mutant bound to AMPPNP 提交 2024-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 14–334（321 aa）链 B 14–334（321 aa）	突变：H239A 突变：H239A	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；potassium chloride, pentaerythritol ethoxylate, glycine	分辨率 2.25 Å R-free 0.205
9K04 Crystal structure of Pyrococcus abyssi AIR synthetase H239A mutant bound to ADP and Pi 提交 2024-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 14–334（321 aa）链 B 14–334（321 aa）	突变：H239A 突变：H239A	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；potassium chloride, pentaerythritol ethoxylate, glycine	分辨率 1.60 Å R-free 0.177
9K05 Crystal structure of Pyrococcus abyssi AIR synthetase N186A mutant bound to FGAR and AMP 提交 2024-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–334（334 aa）链 B 1–334（334 aa）	突变：N186A 突变：N186A	FGR N-(N-FORMYLGLYCYL)-5-O-PHOSPHONO-BETA-D-RIBOFURANOSYLAMINE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；lithium sulfate, poly(acrylic acid sodium salt) 2100, HEPES	分辨率 1.80 Å R-free 0.193
9K06 Crystal structure of Pyrococcus abyssi AIR synthetase with residues 51-54 replaced by Neisseria gonorrhoeae residues 49-56 提交 2024-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 14–334（321 aa）链 B 14–334（321 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 FLC CITRATE ANION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；lithium sulfate, 2-propanol, sodium citrate	分辨率 1.70 Å R-free 0.196
9VNU Crystal structure of chimeric AIR synthetase constructed from E. coli (residues 1-168) and Pyrococcus abyssi (residues 163-334) 提交 2025-07-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 163–334（172 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH), magnesium chloride	分辨率 2.40 Å R-free 0.223
9VNV Crystal structure of Pyrococcus abyssi AIR synthetase with an N-terminal 43-residues deletion 提交 2025-07-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 44–334（291 aa）链 B 44–334（291 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；303 K；sodium thiocyanate, pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), HEPES	分辨率 2.50 Å R-free 0.241

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PUR5_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–281； UniProt 56–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vnw
沉积日期 deposition_date	2025-07-01
最后修订 last_revision	2026-02-11
结构标题 title	Crystal structure of Pyrococcus abyssi AIR synthetase with an N-terminal 54-residues deletion
关键词 keywords	Purine synthesis, ATP hydrolysis, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.16 Å
零角强度 I(0) i0	14776500.00
分子量 molecular_weight	30616.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39027 Å³
包络体积 envelope_volume	44507 Å³
水化壳体积 shell_volume	19404 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.3 Å
壳层 Rg shell_rg	25.36 Å
包络 Rg envelope_rg	19.39 Å
形状 Rg shape_rg	19.16 Å
总 Rg total_rg	20.04 Å
总原子数 total_atoms	2157
残基数 n_residues	281
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.3 Å
Rg (实空间) rg_real	20.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14780000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8882
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.251
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.421
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4791000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.693 Å
晶胞边长 b length_b	88.693 Å
晶胞边长 c length_c	182.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	29.660 Å
R 因子 r_factor	0.1971
R_work r_work	0.1951
R_free r_free	0.2339

描述 description	Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
分子量 formula_weight	30675.5 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2175

Crystal structure of Pyrococcus abyssi AIR synthetase with an N-terminal 54-residues deletion

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Pyrococcus abyssi GE5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

fit	/app/data/saxs_computation/vn/9vnw/9vnw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vn/9vnw/9vnw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vn/9vnw/9vnw.dat