SAXSdb — 9vsm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine gamma synthase/O-succinylhomoserine (Thiol)-lyase

Lactiplantibacillus plantarum (strain ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	;(2~{S})-4-[(2~{R})-2-azanyl-3-oxidanyl-3-oxidanylidene-propyl]sulfanyl-2-[(~{E})-[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylideneamino]butanoic acid ; × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	;(2~{S})-4-[(2~{R})-2-azanyl-3-oxidanyl-3-oxidanylidene-propyl]sulfanyl-2-[(~{E})-[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylideneamino]butanoic acid ; × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F9URD2_LACPL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–373； UniProt 1–373 作者链 B； PDB构建体 1–373； UniProt 1–373 作者链 C； PDB构建体 1–373； UniProt 1–373 作者链 D； PDB构建体 1–373； UniProt 1–373

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vsm
沉积日期 deposition_date	2025-07-09
结构标题 title	Crystal structure of cystathionine gamma-synthase from Lactobacillus plantarum complexed with the cystathionine-bound external aldimine
关键词 keywords	cystathionine gamma-synthase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vsm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vsm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vsm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.83 Å
Rg（电子密度）	32.90 Å
总 Rg	33.43 Å
原子数	11386
残基数	1474
排除体积	202240 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vsm__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9vsm__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cysteine gamma synthase/O-succinylhomoserine (Thiol)-lyase
分子量 formula_weight	41566.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.48
突变 mutation	K203A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	13111

MTKQAEKLHIETRLAQAGNRSDDEKTGAISAPIYLSTAYRHAGLGQSTGFDYPREAQPTRCILERVLAEMEHGIAAYALTSGMAAIQLVFTLFNSGDKIIVSDDLYGGSYRFFDLLHDHYHLDFAVWDGQDQATLAALADDQTVALWLETPSNPTMKVIDITATAATAHAHDLKLIVDNTFYTPLIQKPLDLGADIVVHSATAYLAGHNDVLAGAVVVKSQADADALEFNLVTTGAVLDPFDAWLLLRSLKTLPLRLHQQEANAQELVTVLEADEHVERVLYSGRGGMISFYLATGTDVDTFLRALNVISFAESLGGVESLLTVPAVQTHADLTEEQRQSKGITANLLRLSVGIENSADLAADLKQALIRATKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lactiplantibacillus plantarum (strain ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	220668
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2~{S})-4-[(2~{R})-2-azanyl-3-oxidanyl-3-oxidanylidene-propyl]sulfanyl-2-[(~{E})-[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylideneamino]butanoic acid ;
分子量 formula_weight	451.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1500

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晶胞边长 a length_a	155.987 Å
晶胞边长 b length_b	110.656 Å
晶胞边长 c length_c	107.388 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.580 Å
最低分辨率 resolution_low	46.790 Å
R 因子 r_factor	0.1518
R_work r_work	0.1508
R_free r_free	0.1707

Crystal structure of cystathionine gamma-synthase from Lactobacillus plantarum complexed with the cystathionine-bound external aldimine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine gamma synthase/O-succinylhomoserine (Thiol)-lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vsm__assembly_1__model_1

9vsm__assembly_1__model_1 | I(q)

9vsm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of cystathionine gamma-synthase from Lactobacillus plantarum complexed with the cystathionine-bound external aldimine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine gamma synthase/O-succinylhomoserine (Thiol)-lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vsm__assembly_1__model_1

9vsm__assembly_1__model_1 | I(q)

9vsm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)