9vtp

Target DNA-bound type I-F3 TniQ-Cascade of Vibrio parahaemolyticus in partial R-loop state

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type I-F CRISPR-associated protein Csy3

Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 10 DNA 2 RNA 1	crRNA from Vibrio parahaemolyticus × 1 Target strand DNA from Vibrio alginolyticus K08M03 plasmid pL300 × 1 Non-target strand DNA from Vibrio alginolyticus strain K08M3 plasmid pL300 × 1 CRISPR-associated protein Csy2 × 1 （Q87GC9） CRISPR-associated protein, Csy4 family × 1 （Q87GC7） TniQ × 2 （Q87GD0） MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q87GC8_VIBPA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 B； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 C； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 D； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 E； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 F； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347

CRISPR-associated protein Csy2

Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633

UniProt Q87GC9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 10 DNA 2 RNA 1	crRNA from Vibrio parahaemolyticus × 1 Target strand DNA from Vibrio alginolyticus K08M03 plasmid pL300 × 1 Non-target strand DNA from Vibrio alginolyticus strain K08M3 plasmid pL300 × 1 Type I-F CRISPR-associated protein Csy3 × 6 （Q87GC8） CRISPR-associated protein, Csy4 family × 1 （Q87GC7） TniQ × 2 （Q87GD0） MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q87GC9_VIBPA
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–640； UniProt 1–640

CRISPR-associated protein, Csy4 family

Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633

UniProt Q87GC7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 10 DNA 2 RNA 1	crRNA from Vibrio parahaemolyticus × 1 Target strand DNA from Vibrio alginolyticus K08M03 plasmid pL300 × 1 Non-target strand DNA from Vibrio alginolyticus strain K08M3 plasmid pL300 × 1 Type I-F CRISPR-associated protein Csy3 × 6 （Q87GC8） CRISPR-associated protein Csy2 × 1 （Q87GC9） TniQ × 2 （Q87GD0） MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q87GC7_VIBPA
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–198； UniProt 1–198

TniQ

Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633

UniProt Q87GD0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 10 DNA 2 RNA 1	crRNA from Vibrio parahaemolyticus × 1 Target strand DNA from Vibrio alginolyticus K08M03 plasmid pL300 × 1 Non-target strand DNA from Vibrio alginolyticus strain K08M3 plasmid pL300 × 1 Type I-F CRISPR-associated protein Csy3 × 6 （Q87GC8） CRISPR-associated protein Csy2 × 1 （Q87GC9） CRISPR-associated protein, Csy4 family × 1 （Q87GC7） MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q87GD0_VIBPA
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 8–406； UniProt 1–399 作者链 J； PDB构建体 8–406； UniProt 1–399

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vtp
沉积日期 deposition_date	2025-07-11
结构标题 title	Target DNA-bound type I-F3 TniQ-Cascade of Vibrio parahaemolyticus in partial R-loop state
关键词 keywords	CRISPR-associated transposon, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vtp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vtp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vtp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	59.57 Å
Rg（电子密度）	59.31 Å
总 Rg	59.37 Å
原子数	29818
残基数	3647
排除体积	520590 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vtp__assembly_1__model_1`	tridecameric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	crRNA from Vibrio parahaemolyticus
分子量 formula_weight	19405.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	29818

CUGAUAAUGAGAUACCACAAGCUCAAGCAGAUGCUAACAGGUGAACUGCCGAAUAGGUAG

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	223926
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Target strand DNA from Vibrio alginolyticus K08M03 plasmid pL300
分子量 formula_weight	23027.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	2

CAGCCGCTTCATCATTCAGCCTGTTAGCATCTGCTTGAGCCTGTGGTATCCGGGTGTTTACGTAAGACTCTGCTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Non-target strand DNA from Vibrio alginolyticus strain K08M3 plasmid pL300
分子量 formula_weight	23224.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	3

AAGCAGAGTCTTACGTAAACACCCGGATACCACAGGCTCAAGCAGATGCTAACAGGCTGAATGATGAAGCGGCTG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Type I-F CRISPR-associated protein Csy3
分子量 formula_weight	39455.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F

MKLPNGLSYMKSIEASDVIFLVNWPDGRKTPLPYTSRVALGMKEGSKSAYKYDGQIDADVTAYSLAQGNPHEIDFCCVPYGAESIECEFSVSFASSLRKPFKCSDPEVKRTLVQLIKLYEEKVGWEELANRFLENICNGRWLWRNNECTYSTSIGIKPWPWEDEKAISPFHDIRKNYAGTNHFRDHKDWDNLIKLITDAFSQPNGLCIFEVSATFRLGTNAPIYPSQVFKDSVKGEKNRIYQSTDVDGESSPILGCYKTGAAIATIDDWYPDADKPIRISHYGAHREDVYCYRHPNTGKDLFTLLEKADQYLEQLQATDVLPDEMINDLHFIVANLIKGGLLQQKGT

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	223926
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Csy2
分子量 formula_weight	71108.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MATLAEILDNKTDDLNKDLRRAFRPLSAPVDISDTPIEALTILVNLTDRVIEQKNLLDRQKCKDKLRDEKWWANCFRTVKYRQSHNPKFPDIRANGVIRAAPVGHLPACMLSSSKLPQNSWAYANDSSQMNKSCFLTSEFIWNGDVHCLGQLLTELEHPLWNVLRKLGCYVKTAKYISKELALIPPLEINTSLVRNYLAQISLPNNEDSYISLSPVVSQSMQEDCYQVLSEHYRFSAITRFSRATNMGTLAMSCGGKFKMIRSLPPIEKYQHHHLDSVNWLTKRSVRAIRDYTESSVWVISPNKLALRKKSIIGDIKMMLSQWLRXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXKYLLLPNLRISGASAMNTSVSIGIPSMMAFYGFVHAFQRNVQTANPNFKIESFAVCIHNIHVENRGLTREWVPNTKGQITAPATRDDWQCDVAVSLILRCSHYSQLIPRDFIRLLPGRIARGKVTVSISDIKHLGRCLSLADAIKAIPVETGRWLSLNNEVTLNSIQDVIDELKNNKLQTVNCIGYHRLETPCEKRGSLHGYKHAFVETILGIIKFLTISENTNPSQYFWQYHYSKQGPILLPRSVSDETS

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	223926
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein, Csy4 family
分子量 formula_weight	22919.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MDWHYRTITFLPEYRNNEAIAAKCIKELHRFNYKYETRSIGVSFPLWGQETVGRKITFVSTNKMELDFLISRRYFVQMTKLGYFSISTTQTVPDDCSYVLFKRAHSIDKGTFAGRARELKRLERRALERGEIFDPIAYSKTTSHAFQSYHSLEEDSSSGNKFRLNIQMKERSGTVGTGKFSSYGLGNTDNSLQVVPLI

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	223926
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	TniQ
分子量 formula_weight	47357.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

GPRISEFMVQMMLLQRPKSYPDESLESFFIRVANKNGYNDVHWFLVAVKRYLLDIDPRKFQTFPTDICCINPYSSKKHSISRTHALHHLSQLTFNEPVDLLGIALNRNQMQFSPSTTALIRGAEVIPRSLLRKGAIPCCPCCLGEHGYASYRWHFSGYEYCHEHDVKLIERCSCGAIYDYRYAGLSGVCTECGENISASQENHEPKATRIASWLAGDDVKPLPDVPLSYRWGFMHWWSQISSSCKTRNNGEFLAFWEHWPNSFHKLIGKEIDFNFEYCVLSKNDLRVKDILGKILFSSIQLPDRNFRSNIILKEMFQYIETHLWDDNGKLANLRMNMLEICVLLNCSREQVTSMIEQGLLPPNRQLGKREILIVTEYAFYLGDVYCLWLSEFQSDEFNRSFYLSRW

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	223926
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.680 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.68 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	31509

Target DNA-bound type I-F3 TniQ-Cascade of Vibrio parahaemolyticus in partial R-loop state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type I-F CRISPR-associated protein Csy3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated protein Csy2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated protein, Csy4 family

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TniQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vtp__assembly_1__model_1

9vtp__assembly_1__model_1 | I(q)

9vtp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)