SAXSdb — 9vx6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly	物理组成	蛋白状态	蛋白 / DNA / RNA / 其他聚合物	数据核对
1	其他组合	异源复合物	8 / 5 / 5 / 0	与全部聚合物一致

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vx6
沉积日期 deposition_date	2025-07-18
结构标题 title	Helical structure of gRNA-tDNA SPARDA complex
关键词 keywords	Cryo-EM, SPARDA, pAgo, CELL INVASION; CELL INVASION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vx6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vx6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vx6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.93 Å
Rg（电子密度）	53.05 Å
总 Rg	53.26 Å
原子数	31391
残基数	3634
排除体积	544200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vx6__assembly_1__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	target DNA
分子量 formula_weight	6140.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L,E,I,Q
原子数 atom_count	31391

TATCGTCAGCTGTGCAGTAT

来源 Source

来源生物 organism	Bacteriophage sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	38018
宿主生物 host_organism	Bacteriophage sp.

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	guide RNA
分子量 formula_weight	6390.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R,F,J,V

AUACUGCACAGCUGACGAUA

来源 Source

来源生物 organism	Novosphingopyxis baekryungensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	279369
宿主生物 host_organism	Novosphingopyxis baekryungensis

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	pAGO
分子量 formula_weight	54492.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,O,W,U

MTFETRIFDEPELEFGDHHHHQDPRLGLSEAGPLQTFLGDVIKIGVVGNSKTIEDTRKFIETVSSGVEGKGEKHPNMHPPFPGLGNQSPYRCRFEIEDGATAALTKSKLDKIGKEPDHYRAVEMAVDEIIGELQAMDDGGSRPDVAIIALPVKLLERVWNAKVDARGTTEKSDSSGSDAPNFRGMLKAKAMGLSFPIQIVWEDVIDDKVTIPQKVKESSSRKIQDIAGRTWNLMTSLYYKGSGRIPWRRMPLEGEFSACYVGISFYREADGQQLFTSAAQMFDERGRGFVLKGRRARTESRGRHPYMAREDAKKIIEDVLAAYKLHHKTLPARVFILKTSRFKDEEADGIIAALDEAGTELRDLVWVQESYTARILRDGNYPVLRGTFVDLHGKGLLYTSGSMPYYGTYPGKYDPNPLLLCPHHTSESTVAQLAEEIFSLTKVNWNSTQMNQRLPIPIRAARKVGEVLKYVGEGEVISADYRKYI

来源 Source

来源生物 organism	Novosphingopyxis baekryungensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	279369
宿主生物 host_organism	Novosphingopyxis baekryungensis

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DREN-APAZ
分子量 formula_weight	50419.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,P,Y,X

MTKKITANQIIGEIGENEVRGRFLTLGWQFDGRSRLEAGIDGIAEVMNEGQPMARMIAVQIKSTKEGKYTSESDTSFTYLLRTQDLAYWRGSNLPVIVVFYRQSDHSFYWKEVSRDAGPGERRLNIDKVADLFNASTVNKLAALTVPKTGLGYYVPPLGGGEDALINMLPLTLPNEMYIASTTYEPRKAIAVILNGDGPKRFDWVINGGTFWSFHDPRTSACSEIVDIDQVEAINTKELALHDDIDEQNRFSHLLRQTLRYQTDSDLGWDKDHKALYFRAIEREVSRNFAYTSSKKKTDANVVSVFKNSKDETRVSFVRHHAFSPRFELMADQWYLIITPTYYYTTNGYAPHQFAAPLLAGKKRLDKSAALRGQVIMWHRFLTQSDHEDLFHSEETPEAYLMFGEPPSIHLDVRVPEDGWVKEKVKRIDEAAQGEGLFSDDI

来源 Source

来源生物 organism	Novosphingopyxis baekryungensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	279369
宿主生物 host_organism	Bacteria Latreille et al. 1825

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	substrate ssDNA
分子量 formula_weight	3364.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

CTGTGCAGTAT

来源 Source

来源生物 organism	Bacteriophage sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	38018
宿主生物 host_organism	Bacteriophage sp.

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	substrate ssRNA
分子量 formula_weight	3466.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	N

UACUGCACAGC

来源 Source

来源生物 organism	Novosphingopyxis baekryungensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	279369
宿主生物 host_organism	Novosphingopyxis baekryungensis

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.64 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	57938

Helical structure of gRNA-tDNA SPARDA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目的 assembly 组成

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vx6__assembly_1__model_1

9vx6__assembly_1__model_1 | I(q)

9vx6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)