SAXSdb — 9vxi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable solanesyl-diphosphate synthase 3, chloroplastic

Oryza sativa Japonica Group

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fibrillin protein 5 homolog × 2 （Q0JD85） phosphonooxy-[(10E)-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenyl]sulfanyl-phosphinic acid × 2 COBALT (II) ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPS3_ORYSJ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–325； UniProt 91–414 作者链 C； PDB构建体 2–325； UniProt 91–414

Fibrillin protein 5 homolog

Oryza sativa Japonica Group

UniProt Q0JD85

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Probable solanesyl-diphosphate synthase 3, chloroplastic × 2 （Q0INZ4） phosphonooxy-[(10E)-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenyl]sulfanyl-phosphinic acid × 2 COBALT (II) ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAP7_ORYSJ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–197； UniProt 82–278 作者链 D； PDB构建体 1–197； UniProt 82–278

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vxi
沉积日期 deposition_date	2025-07-18
结构标题 title	Cryo-EM structure of the SPS3-FBN5 complex from Oryza sativa in complex with cobalt and geranylgeranyl S-thiodiphosphate (GGSPP)
关键词 keywords	Chloroplast; Plastoquinone-9; Catalysis, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vxi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vxi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vxi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.51 Å
Rg（电子密度）	34.95 Å
总 Rg	35.25 Å
原子数	8190
残基数	1044
排除体积	146970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vxi__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable solanesyl-diphosphate synthase 3, chloroplastic
分子量 formula_weight	35721.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.84
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8190

MSVSSLLEVVADDLLKLNNNLKSLVGAENPVLVSAAEQIFGAGGKRLRPALVFLVSRATAELAGLLELTTEHQRLAEIIEMIHTASLIHDDVIDDSGMRRGKETIHQLYGTRVAVLAGDFMFAQSSWFLANLENIEVIKLISQVIKDFASGEIKQASTLFDCDITLDDYLLKSYYKTASLIAASTRSAAIFSGVSTAICEQMYEYGRNLGLSFQVVDDILDFTQSAEQLGKPAGSDLAKGNLTAPVIFALQDEPQLREIIDSEFSETNSLATAIELVHRSGGIKRAHELAREKGEIAIQSLQCLPRSEFRSTLENMVKYNLERID

来源 Source

来源生物 organism	Oryza sativa Japonica Group
通用名 common_name	Japanese rice
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39947
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fibrillin protein 5 homolog
分子量 formula_weight	22165.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

EAALGDAKDALYAALEGMNRGIFGMTSEKRSEIHALVELLESKNPTPEPTDKLQDKVDGCWRLVYSTISILGKKRTKLGLRDFISLGDFFQMIDVKEEKAVNVIKFSARALKILSGQLTIEASYKITTKTKVDITLDSSTITPDQLMNIFQKNYDMLLAIFNPEGWLEITYVDESLRIGRDDKANIFVLERADPSEV

来源 Source

来源生物 organism	Oryza sativa Japonica Group
通用名 common_name	Japanese rice
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39947
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	phosphonooxy-[(10E)-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenyl]sulfanyl-phosphinic acid
分子量 formula_weight	466.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.47 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	577732

Cryo-EM structure of the SPS3-FBN5 complex from Oryza sativa in complex with cobalt and geranylgeranyl S-thiodiphosphate (GGSPP)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable solanesyl-diphosphate synthase 3, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fibrillin protein 5 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vxi__assembly_1__model_1

9vxi__assembly_1__model_1 | I(q)

9vxi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the SPS3-FBN5 complex from Oryza sativa in complex with cobalt and geranylgeranyl S-thiodiphosphate (GGSPP)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable solanesyl-diphosphate synthase 3, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fibrillin protein 5 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vxi__assembly_1__model_1

9vxi__assembly_1__model_1 | I(q)

9vxi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)