SAXSdb — 9w0x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein SYG1 homolog

Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 18 (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate × 2 PHOSPHATE ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYG1_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 27–707； UniProt 2–682 作者链 D； PDB构建体 27–707； UniProt 2–682

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9w0x
沉积日期 deposition_date	2025-07-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of a Fungal XPR1
关键词 keywords	phosphate exporter, dimer, membrane protein, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9w0x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9w0x__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9w0x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.43 Å
Rg（电子密度）	36.74 Å
总 Rg	37.37 Å
原子数	10436
残基数	1190
排除体积	189880 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9w0x__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein SYG1 homolog
分子量 formula_weight	82913.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	10436

MDYKDDDDKGGSGSGGSGSGSSGSTGKFGKVIEGQSVAEWASAYFDYKKGKKIIAGIAKNPSEGLYGTSGILGETPEEAIVKRGQIHRFHPLFQEFLDQQANKVEEFFENLVSDARERMDLISDQVDIYEKLRAFKKGTLESGSVVLIQKQHSKLRQRLDSILNFSRLQPAYHIPARKSVPTDAYTPMVSYRKLKSKLKTTLLDFYDYLKLVSQYQHLNQQAFRKIVKKYDKTLHTDLQGFWVDYMSRYTFTDFSITTNWQLHVEDIYARLFTNHNKKLALEHLKSFRQKEHFSANSMRFGLLFGAGLPLAIEAACYYNATEQSSYLLQIWGGFFLVIFAFVLFDLDCYVWEKTRVNYMLIFEFNQRKSLNWRQHLEIVGAVFFIFSLFFFLCMRNFFPGFTIYFPALFLGVVGTFLIAPVIVPYWRMRRYLIIQLIRVFLSGLSTVHFQDFFFADQMVSLTYACGNISLFFCLYKRLWRQPQLCNSSHSPLLGFFTTLPGILRVFQCFRRYSDSLKSFPHLVNALKYIFNILAQMFLSLWRIHPGLKYRVLYTIFAGVNSLFSYTWDILMDWNLLVRKDGRWQFREHRILKQLWPYIIAMILNFIVRSSFIFYCIFPNHIQHSSGISFFVTLAEIMRRCMWNILRVEHEEIYNRENLRAARELKPLDFVKPHSDVFVSHQISSDKNYTDDEDSMDDQTDVDEAQFS

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate
分子量 formula_weight	692.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	210108

Cryo-EM structure of a Fungal XPR1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein SYG1 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9w0x__assembly_1__model_1

9w0x__assembly_1__model_1 | I(q)

9w0x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of a Fungal XPR1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein SYG1 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9w0x__assembly_1__model_1

9w0x__assembly_1__model_1 | I(q)

9w0x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)