9wqv

Cryo-EM structure of LH1-RC from Rhodovulum sulfidophilum

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antenna pigment protein beta chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 37	Antenna pigment protein alpha chain × 16 （Q9WXE0） Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （Q9WXE3） photosynthetic reaction center subunit H × 1 Reaction center protein L chain × 1 （Q9WXE1） Reaction center protein M chain × 1 （Q9WXE2） NADH:ubiquinone oxidoreductase 41 kd complex i subunit × 1 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 UNKNOWN LIGAND × 13 SPHEROIDENE × 16 ;(4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},26~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-4,6,8,10,12,14,16,18,20,22,26,30-dodecaen-2-ol ; × 14 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 10 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 13 HEME C × 3 MAGNESIUM ION × 4 FE (III) ION × 2 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 4 water × 27	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WXD9_RHOSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 2； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 4； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 6； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 8； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 B； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 E； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 G； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 J； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 N； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 P； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 R； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 T； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 V； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 X； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 Z； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48

Antenna pigment protein alpha chain

物种未注明

UniProt Q9WXE0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 37	Antenna pigment protein beta chain × 16 （Q9WXD9） Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （Q9WXE3） photosynthetic reaction center subunit H × 1 Reaction center protein L chain × 1 （Q9WXE1） Reaction center protein M chain × 1 （Q9WXE2） NADH:ubiquinone oxidoreductase 41 kd complex i subunit × 1 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 UNKNOWN LIGAND × 13 SPHEROIDENE × 16 ;(4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},26~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-4,6,8,10,12,14,16,18,20,22,26,30-dodecaen-2-ol ; × 14 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 10 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 13 HEME C × 3 MAGNESIUM ION × 4 FE (III) ION × 2 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 4 water × 27	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WXE0_RHOSU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 3； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 5； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 7； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 9； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 A； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 D； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 F； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 I； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 K； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 O； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 Q； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 S； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 U； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 W； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 Y； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54

Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

物种未注明

UniProt Q9WXE3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 37	Antenna pigment protein beta chain × 16 （Q9WXD9） Antenna pigment protein alpha chain × 16 （Q9WXE0） photosynthetic reaction center subunit H × 1 Reaction center protein L chain × 1 （Q9WXE1） Reaction center protein M chain × 1 （Q9WXE2） NADH:ubiquinone oxidoreductase 41 kd complex i subunit × 1 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 UNKNOWN LIGAND × 13 SPHEROIDENE × 16 ;(4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},26~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-4,6,8,10,12,14,16,18,20,22,26,30-dodecaen-2-ol ; × 14 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 10 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 13 HEME C × 3 MAGNESIUM ION × 4 FE (III) ION × 2 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 4 water × 27	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WXE3_RHOSU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–356； UniProt 1–356

Reaction center protein L chain

物种未注明

UniProt Q9WXE1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 37	Antenna pigment protein beta chain × 16 （Q9WXD9） Antenna pigment protein alpha chain × 16 （Q9WXE0） Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （Q9WXE3） photosynthetic reaction center subunit H × 1 Reaction center protein M chain × 1 （Q9WXE2） NADH:ubiquinone oxidoreductase 41 kd complex i subunit × 1 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 UNKNOWN LIGAND × 13 SPHEROIDENE × 16 ;(4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},26~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-4,6,8,10,12,14,16,18,20,22,26,30-dodecaen-2-ol ; × 14 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 10 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 13 HEME C × 3 MAGNESIUM ION × 4 FE (III) ION × 2 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 4 water × 27	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WXE1_RHOSU
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–284； UniProt 1–284

Reaction center protein M chain

物种未注明

UniProt Q9WXE2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 37	Antenna pigment protein beta chain × 16 （Q9WXD9） Antenna pigment protein alpha chain × 16 （Q9WXE0） Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit × 1 （Q9WXE3） photosynthetic reaction center subunit H × 1 Reaction center protein L chain × 1 （Q9WXE1） NADH:ubiquinone oxidoreductase 41 kd complex i subunit × 1 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 36 UNKNOWN LIGAND × 13 SPHEROIDENE × 16 ;(4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},26~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-4,6,8,10,12,14,16,18,20,22,26,30-dodecaen-2-ol ; × 14 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 10 (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 13 HEME C × 3 MAGNESIUM ION × 4 FE (III) ION × 2 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 4 water × 27	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WXE2_RHOSU
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9wqv
沉积日期 deposition_date	2025-09-11
结构标题 title	Cryo-EM structure of LH1-RC from Rhodovulum sulfidophilum
关键词 keywords	light harvesting complex 1, Rhodovulum sulfidophilum, photosynthesis; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9wqv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9wqv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9wqv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.19 Å
Rg（电子密度）	45.34 Å
总 Rg	45.54 Å
原子数	28036
残基数	2852
排除体积	519870 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9wqv__assembly_1__model_1`	37-meric （37）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (19)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Antenna pigment protein beta chain
分子量 formula_weight	5427.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0,2,4,6,8,B,E,G,J,N,P,R,T,V,X,Z
原子数 atom_count	28553

MAESDVSFTGLTDEQAQEIHAVYMSGLWLFSAVAVLAHLAVYIWRPWL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Antenna pigment protein alpha chain
分子量 formula_weight	6238.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,3,5,7,9,A,D,F,I,K,O,Q,S,U,W,Y

MAKFYKIWMIFDPRRVLVAQGVFLFLLAVMIHLVLLSTDYFNWLTIAAEKAAGA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	39176.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MMLKFPKWFFKWSEENPTDLMGPGILVGTVGGAVAVAAIIVAFGNPNATIDHQTGPRGIGMAVSKFVKDNPQFDVYEAEYQVFDRVEAPEGTPTAAEAYGDSVVAFGDMDQANFDQLTKAMSAWVGMDVVLYDDGEVDETTLAITKNCIEATQYLNDSWDTHNLATEGKGVNCYTCHRGQPTPPGSWMKSGNVNSAMEGWSGVQNRLLVGRKYTDSQYTSLPVDALEKLLLDGDSIKVTDTESRVDQQKGDPTWQDAERTFSLMNHQANSLNVGCVYCHNTRAFYDPTQVTPQWSVTTLAQQMSIDINQTFYEPRSEILGHESAKVDCMTCHMGVISPLNGHDMVAEWPELAAPAE

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	photosynthetic reaction center subunit H
分子量 formula_weight	28762.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MVNAFFGNFDIASLAIWSFWLFFAGLIFYLQRMNMHEGYPLEDEVGNAAPNQGMFPLPAAKTFKLPHGQGEKTVPDMQTDPRNADLALQKVTKSNGYPLEPTGDPMVDGVGPAAWCARKDEPELDGRGHPKIQPLSVLKTFKVSAGRDPRGMPVIAGDGEAVGTIVDMWVDEPEQLVRYLELELDEAHGGGRRLLPMQLAKIGWFKPEVSVHSIYGKHFAAVPTIKSAKQITKLEEDKVCAYYAGGKLYADPAERLEPQF

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	31674.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MALLSFERKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPFFVGFFGVTTIFFATLGTAMIFWGAALQGTFNPLKIHIAPPDLSYGLSIAPLAEGGLWQFITLCAIGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPIAFGMAIFAYLTLEVFRPMLMGAWGHAFPYGIFTHLDWVSNTGYHYLHFHYNPFHMLGVSLFFATCLALALHGGLILSACNPEKGEEAKTPDHEDSFFRDLIGYSIGTLGIHRAGWLLAINAVFFSAVCIIISGPLWTEGWPEWWTWWSNLPIWPEAIPAVQGSM

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	36508.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MAEYQNIFTQVQVQGPSDWGMDNENNMMEERAGMGHFSILGWLGNAQLGPIYLGYTGVVSLIAGCFAFLIIGLNMLAQVDWSLVQLLRQGFWLALEPPSPEYGLRIPPLKEGGWYMVASFFLLISVWAWWARTYMLAVEHKMGKHIAWAFLSAIWLFMVLGFFRPILMGSWSEMVPYGIFPHLDWTTAFSIRYGNLYYNPFHALSIAFLYGSALLFAMHGGTILAVTRFGGDRELEQIYDRGTASERAALFWRWTMGFNATMEGIHRWAWWFAVLTPLTGGIGILLTGTVVDNWYIWAQEHNFVTEYTQPYGVDAYVGQGG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	NADH:ubiquinone oxidoreductase 41 kd complex i subunit
分子量 formula_weight	24079.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MNISRTEARFKFAIFWWLVAALCGLTVATIGYGVGLWALGAFVGGFGTFVVAGVVLTWAFCHTDAEFSAMVAKKREAMAAMKPYRDANAAIVVPNRPKPGGPKVAPTVPRSTPKAAAAPAARVAPKADAAETSSPKPEAAPTAAQEKVGNGPAALSAPRAGGADDLKKIKGVGPKLEKQVNDLGIYHYDQIASWTAADVAWMDENLEGFKGRVSRDDWVAQARALAKEG

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
分子量 formula_weight	254.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	SPHEROIDENE
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	;(4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},26~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-4,6,8,10,12,14,16,18,20,22,26,30-dodecaen-2-ol ;
分子量 formula_weight	554.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 19 Entity 19 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	502

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.81 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	108964

Cryo-EM structure of LH1-RC from Rhodovulum sulfidophilum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antenna pigment protein beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Antenna pigment protein alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein L chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein M chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9wqv__assembly_1__model_1

9wqv__assembly_1__model_1 | I(q)

9wqv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (19)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 non-polymer

实体 16 Entity 16 non-polymer

实体 17 Entity 17 non-polymer

实体 18 Entity 18 non-polymer

实体 19 Entity 19 water

7. 引用文献 (1)