9wxb

Cryo-EM structure of reduced form of formatedehydrogenase from Rhodobacter aestuarii (RaFDH) with NADH

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Formate dehydrogenase delta subunit

Rhodobacter aestuarii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Formate dehydrogenase gamma subunit × 2 （A0A1N7KDI2） Formate dehydrogenase alpha subunit × 2 （A0A1N7KDD5） Formate dehydrogenase beta subunit × 2 （A0A1N7KDE1） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 4 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 4 MOLYBDENUM(VI) ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 10 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1N7KD80_9RHOB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–70； UniProt 1–70 作者链 H； PDB构建体 1–70； UniProt 1–70

Formate dehydrogenase gamma subunit

Rhodobacter aestuarii

UniProt A0A1N7KDI2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Formate dehydrogenase delta subunit × 2 （A0A1N7KD80） Formate dehydrogenase alpha subunit × 2 （A0A1N7KDD5） Formate dehydrogenase beta subunit × 2 （A0A1N7KDE1） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 4 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 4 MOLYBDENUM(VI) ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 10 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1N7KDI2_9RHOB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 30–179； UniProt 1–150 作者链 F； PDB构建体 30–179； UniProt 1–150

Formate dehydrogenase alpha subunit

Rhodobacter aestuarii

UniProt A0A1N7KDD5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Formate dehydrogenase delta subunit × 2 （A0A1N7KD80） Formate dehydrogenase gamma subunit × 2 （A0A1N7KDI2） Formate dehydrogenase beta subunit × 2 （A0A1N7KDE1） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 4 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 4 MOLYBDENUM(VI) ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 10 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1N7KDD5_9RHOB
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–957； UniProt 1–957 作者链 B； PDB构建体 1–957； UniProt 1–957

Formate dehydrogenase beta subunit

Rhodobacter aestuarii

UniProt A0A1N7KDE1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Formate dehydrogenase delta subunit × 2 （A0A1N7KD80） Formate dehydrogenase gamma subunit × 2 （A0A1N7KDI2） Formate dehydrogenase alpha subunit × 2 （A0A1N7KDD5） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 4 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 4 MOLYBDENUM(VI) ION × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 10 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1N7KDE1_9RHOB
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–501； UniProt 1–501 作者链 D； PDB构建体 1–501； UniProt 1–501

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9wxb
沉积日期 deposition_date	2025-09-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of reduced form of formatedehydrogenase from Rhodobacter aestuarii (RaFDH) with NADH
关键词 keywords	formate dehydrogenase, formate oxidation, carbon dioxide redcution, FMN, NAD, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9wxb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9wxb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9wxb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.90 Å
Rg（电子密度）	50.09 Å
总 Rg	49.67 Å
原子数	25368
残基数	3324
排除体积	448090 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9wxb__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Formate dehydrogenase delta subunit
分子量 formula_weight	7180.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.1.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H
原子数 atom_count	25368

MSDEKLIRMANQIAAFFAVQPADRAEGVAAHISDNWAAPMRAALLAHIAAGGAGLDALVVDAAPHIRPAG

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter aestuarii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	453582
宿主生物 host_organism	Escherichia coli MC1061

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Formate dehydrogenase gamma subunit
分子量 formula_weight	19331.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

SRAWRHPQGGSHHHHHHGMRDLYDDDDKHMTDLARLRAILTAHEGREGALLPILHDVQADYGHIPDAALEPIAKALRLSRAEVAGVVGFYHDFRRSPAGKHVIKLCRAEACQAMGGDGVQARLEAALGLKLGETKHDITLEAAYCLGLCACAPAAMVNDALVGRLDDAAVDTIAAEVRA

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter aestuarii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	453582
宿主生物 host_organism	Escherichia coli MC1061

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Formate dehydrogenase alpha subunit
分子量 formula_weight	103751.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A

MKDLIIPPLDWTQDMGTPARHGAPVTLTVDGVEVTVPAGTSVLRAAAQAGISIPKLCATDSVEPVGSCRLCMVEIEGMRGMPSSCTTPVAAGMQVHTQTPQLQKLRRGVMELYISDHPLDCLTCAANGDCELQDMAGAVGLREVRYTKGENHFEVRQGGEANPCYIPKDTSNPYFSYDPAKCIVCMRCVRACEEVQGTFALTVDGRGFEARISPAADNFLASDCVSCGACVQACPTATLVEKSVEEIGTPERKVVTTCAYCGVGCSFEAHMRGEELVRMVPWKGGAANRGHSCVKGRFAYGYATHRDRILKPMIREKVSDPWREVSWEEALGFTAARLNAARATHGADALGVITSSRCTNEETYLVQKLARAVFGTNNTDTCARVCHSPTGYGLKQTFGTSAGTQDFDSVEDTDLALVIGANPTDGHPVFASRLRKRLRAGAKLIVVDPRRIDLLETPHIGDSWHLPLRPGTNVAVLVALAHVIVTEKLYDAAFISERCDGDEWADYAEFVSNPEYAPEAVESLTGVPADTLREAARAYAAAPNAAIYYGLGVTEHSQGSTTVIAIANLAMMTGNIGRPGVGVNPLRGQNNVQGSCDMGSFPHELPGYRHVADDAARSLFEKAWGVALSSEPGLRIPNMLDAAVAGQFKALYVQGEDILQSDPDTRHVAAGLAAMDLVIVHDLFLNETANYAHVFLPGSSFLEKDGTFTNAERRINRVRRVMRPKNGYADWEVTQLLANALGAGWAYTHPREIMAEIAATTPGFANVTYEMLDARGSVQWPCNEAAPEGSPIMHVDGFVRGKGRFIRTAYLPTDERTGPRFPLLLTTGRILSQYNVGAQTRRTENVAWHAEDRLEIHPTDAENRGIREGDWVRVASRAGETTLRATVTDRVSPGVVYTTFHHPDTQANVVTTDNSDWATNCPEYKVTAVQVAPSNGPSAWQEDYTAQATAARRIEAA

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter aestuarii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	453582
宿主生物 host_organism	Escherichia coli MC1061

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Formate dehydrogenase beta subunit
分子量 formula_weight	52942.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MKIWVPCDAAAKACGAERVVAEITAQAAARGVSVDIRRNGTRGMVWLEPLVEVETEAGRVGFGPMTPADVPALFEDLAAHPKALGLVEEIPFFKRQTRLTFARCGRNEPLCLDQYETTGGWDGLRKALAMTPAEVVEEIISSGLRGRGGAGFPTGIKWRTVLGAAADQKYIVCNVDEGDSGSFADRMLIEGDPFCLIEGMAVAGHAVGATRGYVYIRSEYPDCISVMRAAIILAEQSGILAEAGFSLEVRVGAGAYVCGEETAMLNSIEGKRGTVRPKPPLPALEGLFGKPTVVNNLLSLAAVPWILAHGGAAYQSYGIDRSRGTIPLQVGGNVKYGGLFETGFGITLGELVMDVCGGTASGRPVKAVQVGGPLGAYHPQADFDLPFCYELFAGQGGLVGHAGLVVHDDRADMLKLARFAMEFCAVESCGTCTPCRIGAVRGVETLDRIAAGDAAALPLLDDLCDTMKYGSLCALGGFTPYPVQSAIRHFPQDFPVLREAA

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter aestuarii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	453582
宿主生物 host_organism	Escherichia coli MC1061

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	740.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MOLYBDENUM(VI) ION
分子量 formula_weight	95.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	192652

Cryo-EM structure of reduced form of formatedehydrogenase from Rhodobacter aestuarii (RaFDH) with NADH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Formate dehydrogenase delta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Formate dehydrogenase gamma subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Formate dehydrogenase alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Formate dehydrogenase beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9wxb__assembly_1__model_1

9wxb__assembly_1__model_1 | I(q)

9wxb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)