SAXSdb — 9x4g

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase

Caenorhabditis elegans

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	non-specific serine/threonine protein kinase × 2 （B5WWL2） EKC/KEOPS complex subunit TPRKB × 2 （O44566） L antigen family member 3 × 2 （Q21019） POTASSIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9BL28_CAEEL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 E； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337

non-specific serine/threonine protein kinase

Caenorhabditis elegans

UniProt B5WWL2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase × 2 （Q9BL28） EKC/KEOPS complex subunit TPRKB × 2 （O44566） L antigen family member 3 × 2 （Q21019） POTASSIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B5WWL2_CAEEL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 F； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245

EKC/KEOPS complex subunit TPRKB

Caenorhabditis elegans

UniProt O44566

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase × 2 （Q9BL28） non-specific serine/threonine protein kinase × 2 （B5WWL2） L antigen family member 3 × 2 （Q21019） POTASSIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O44566_CAEEL
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–183； UniProt 1–183 作者链 G； PDB构建体 1–183； UniProt 1–183

L antigen family member 3

Caenorhabditis elegans

UniProt Q21019

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase × 2 （Q9BL28） non-specific serine/threonine protein kinase × 2 （B5WWL2） EKC/KEOPS complex subunit TPRKB × 2 （O44566） POTASSIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q21019_CAEEL
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 H； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9x4g
沉积日期 deposition_date	2025-10-10
结构标题 title	Structure Of the KEOPS dimer
关键词 keywords	;tRNA modification, t6A, KEOPS-tRNA complex, cryo-EM structure, substrate recognition, catalytic mechanism, regulation principle, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9x4g__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9x4g__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9x4g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.88 Å
Rg（电子密度）	50.90 Å
总 Rg	50.85 Å
原子数	11768
残基数	1518
排除体积	211130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9x4g__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase
分子量 formula_weight	36859.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.234
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	11768

MVCVIGIEGSANKIGVGIIRDGVVLSNPRATFHAPPGEGFRPTETAQHHRQQIVRLVGEAIKLANIQNPELEIDGIAYTKGPGMGAPLQVGAIVARTLSLTWKKPIIPVNHCVGHIEMGRLITGADNPVVLYVSGGNTQVISYTKKRYRIFGETIDIAVGNCLDRFARVLKLPNAPSPGYNIEQLAKNGKKLMELPYSVKGMDVSLSGILSLIEKKAPKLIESGDFTPEDLCFSLQETVFAMLIEITERAMAHTSSKELLIVGGVGCNLRLQEMASAMCAERGAHLFATDERFCIDNGAMIARAGELMLASGMRFDLRKTTTTQRYRTDQVHVEWRD

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	non-specific serine/threonine protein kinase
分子量 formula_weight	27544.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MTAATTSSDSEGEMDFETTIETGFGYQIDGLLYQGAEAKVTKCIWLGRQAIIKERFSKGYRHPTLDTQLNKARTKQEIRGLNKARELGIHVPAVYFIDNEKNQLIMEFVPGSTAKNWISQLNPADFDAKTREFGQIFGEKLGKLHRGGLIHGDLTTSNIILRDDDLQKMTFIDFGLSSQGKVTPEEKGVDLYVLERAVISTHDKCAALIEGLMEGYKKADGKQFVAVEKKLNEIRLRGRKRDMIG

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	EKC/KEOPS complex subunit TPRKB
分子量 formula_weight	20215.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MKHSHLYELQPDPYDFTQRKTCRVCLFKDVKNAAELSQQLKEGKIDAALIRAELVLEPFVLLAAANRAVHQSAHNRMSCRSLAAELVYSLSPSRNITDSLVTFGIAEHSTAIIAAIFDDDSGKAMKKLAKAIKGTPVPLMEGLPKFANVNMIKKVYQVGNPAFVEEGLSDHIVSRMVSKDFVS

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	L antigen family member 3
分子量 formula_weight	13223.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MEVDTSSSSSSEDECDPSSPSTAYIHSASVRLSVGTEEAARTVADVIKIDKEPRRSGARREVCSEGEFVVIKIESKDPKSLSKSIANAVDMIDLSVKTIKLCENLGKSKENGLKRKLSNGSQA

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	241539

Structure Of the KEOPS dimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

non-specific serine/threonine protein kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

EKC/KEOPS complex subunit TPRKB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

L antigen family member 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9x4g__assembly_1__model_1

9x4g__assembly_1__model_1 | I(q)

9x4g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure Of the KEOPS dimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

non-specific serine/threonine protein kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

EKC/KEOPS complex subunit TPRKB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

L antigen family member 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9x4g__assembly_1__model_1

9x4g__assembly_1__model_1 | I(q)

9x4g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)