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9x5y

B/Brisbane/60/2008 HA in complex with BO-6B

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 141.3 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1 chain

Influenza B virus (B/Brisbane/60/2008)

UniProt C0LT38

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–362 链 B； UniProt 363–550 链 E； UniProt 1–362 链 F； UniProt 363–550 链 G； UniProt 1–362 链 I； UniProt 363–550 未记录 BO-6B heavy chain × 3 BO-6B light chain × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.65 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9X5Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4FQK Influenza B/Brisbane/60/2008 hemagglutinin Fab CR8059 complex 提交 2012-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 16–362（347 aa） 片段：UNP residues 16-362
链 B 363–538（176 aa） 片段：UNP residues 363-538
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；0.8 M sodium phosphate monobasic, 1.2 M potassium phosphate dibasic, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 5.65 Å R-free 0.324
4FQK Influenza B/Brisbane/60/2008 hemagglutinin Fab CR8059 complex 提交 2012-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 C 16–362（347 aa） 片段：UNP residues 16-362
链 D 363–538（176 aa） 片段：UNP residues 363-538
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；0.8 M sodium phosphate monobasic, 1.2 M potassium phosphate dibasic, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 5.65 Å R-free 0.324
4FQM Structure of B/Brisbane/60/2008 Influenza Hemagglutinin 提交 2012-06-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 16–362（347 aa） 片段：UNP residues 16-362
链 B 363–538（176 aa） 片段：UNP residues 363-538
链 C 16–362（347 aa） 片段：UNP residues 16-362
链 D 363–538（176 aa） 片段：UNP residues 363-538
链 E 16–362（347 aa） 片段：UNP residues 16-362
链 F 363–538（176 aa） 片段：UNP residues 363-538
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；295 K；20% PEG3350, 160 mM sodium fluoride, 20 mM Tris, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.45 Å R-free 0.268
4FQM Structure of B/Brisbane/60/2008 Influenza Hemagglutinin 提交 2012-06-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 16–362（347 aa） 片段：UNP residues 16-362
链 H 363–538（176 aa） 片段：UNP residues 363-538
链 I 16–362（347 aa） 片段：UNP residues 16-362
链 J 363–538（176 aa） 片段：UNP residues 363-538
链 K 16–362（347 aa） 片段：UNP residues 16-362
链 L 363–538（176 aa） 片段：UNP residues 363-538
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；295 K；20% PEG3350, 160 mM sodium fluoride, 20 mM Tris, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.45 Å R-free 0.268
9X5W B/Brisbane/60/2008 HA in complex with BP-1A 提交 2025-10-14 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–362（362 aa）
链 B 363–550（188 aa）
链 C 1–362（362 aa）
链 D 363–550（188 aa）
链 E 1–362（362 aa）
链 F 363–550（188 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.76 Å
9X5X B/Brisbane/60/2008 HA in complex with FV2DP1-1B 提交 2025-10-14 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–362（362 aa）
链 B 363–550（188 aa）
链 C 1–362（362 aa）
链 D 363–550（188 aa）
链 E 1–362（362 aa）
链 F 363–550（188 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.76 Å

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C0LT38_9INFB
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–362； UniProt 1–362 作者链 E； PDB构建体 1–362； UniProt 1–362 作者链 G； PDB构建体 1–362； UniProt 1–362 作者链 B； PDB构建体 1–188； UniProt 363–550 作者链 F； PDB构建体 1–188； UniProt 363–550 作者链 I； PDB构建体 1–188； UniProt 363–550

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9x5y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9x5y
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9x5y
沉积日期 deposition_date2025-10-14
结构标题 titleB/Brisbane/60/2008 HA in complex with BO-6B
关键词 keywordsHemagglutinin, HA, antibody, influenza B virus, BO-6B, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.64 Å
零角强度 I(0) i0774094000.00
分子量 molecular_weight225860.0 kDa
排除体积 excluded_volume281380 ų
包络体积 envelope_volume384050 ų
水化壳体积 shell_volume71362 ų
包络直径 envelope_diameter141.3 Å
壳层 Rg shell_rg48.36 Å
包络 Rg envelope_rg45.35 Å
形状 Rg shape_rg44.64 Å
总 Rg total_rg44.80 Å
总原子数 total_atoms15870
残基数 n_residues1995
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.3 Å
Rg (实空间) rg_real44.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.36 Å
I(0) (实空间) i0_real7.7410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5070e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal774200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9013
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary56.5 Å
偏度 Skewness skewness0.119
峰度 Kurtosis kurtosis-0.690
角度范围 angular_range— – 0.1750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha124600000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.859
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)