SAXSdb — 9x6w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LysR family transcriptional regulator

Rhizobium leguminosarum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 91–310 链 B； UniProt 91–310 链 C； UniProt 91–310 链 D； UniProt 91–310 链 E； UniProt 91–310 链 F； UniProt 91–310 链 G； UniProt 91–310 链 H； UniProt 91–310	片段：NodD-EBD (Effector Binding Domain)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 0.1 M potassium chloride, 15% w/v polyethylene glycol 5,000 MME	分辨率 3.30 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9X6W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9IIB Crystal structure of NodD-EBD (Effector Binding Domain) in complex with hesperetin from Rhizobium leguminosarum bv. vicae 3841 提交 2024-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 91–306（216 aa）链 D 91–306（216 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 6JP (2S)-5,7-dihydroxy-2-(3-hydroxy-4-methoxyphenyl)-2,3-dihydro-4H-1-benzopyran-4-one × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.05 M Tris-HCl pH 7.5, 0.2 M potassium chloride, 0.05 M magnesium chloride, 10% w/v polyethylene glycol 4,000	分辨率 2.75 Å R-free 0.252
9IIB Crystal structure of NodD-EBD (Effector Binding Domain) in complex with hesperetin from Rhizobium leguminosarum bv. vicae 3841 提交 2024-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 91–306（216 aa）链 C 91–306（216 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 6JP (2S)-5,7-dihydroxy-2-(3-hydroxy-4-methoxyphenyl)-2,3-dihydro-4H-1-benzopyran-4-one × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.05 M Tris-HCl pH 7.5, 0.2 M potassium chloride, 0.05 M magnesium chloride, 10% w/v polyethylene glycol 4,000	分辨率 2.75 Å R-free 0.252

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6P0BW74_RHILE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–220； UniProt 91–310 作者链 B； PDB构建体 1–220； UniProt 91–310 作者链 C； PDB构建体 1–220； UniProt 91–310 作者链 D； PDB构建体 1–220； UniProt 91–310 作者链 E； PDB构建体 1–220； UniProt 91–310 作者链 F； PDB构建体 1–220； UniProt 91–310 作者链 G； PDB构建体 1–220； UniProt 91–310 作者链 H； PDB构建体 1–220； UniProt 91–310

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9x6w
沉积日期 deposition_date	2025-10-16
结构标题 title	Crystal structure of NodD-EBD (Effector Binding Domain) from Rhizobium leguminosarum bv. vicae 3841
关键词 keywords	NodD, LysR transcription factors, Flavonoids, Rhizobia, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.98 Å
零角强度 I(0) i0	468566000.00
分子量 molecular_weight	182280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	230940 Å³
包络体积 envelope_volume	326820 Å³
水化壳体积 shell_volume	69176 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.4 Å
壳层 Rg shell_rg	46.65 Å
包络 Rg envelope_rg	36.51 Å
形状 Rg shape_rg	37.95 Å
总 Rg total_rg	38.65 Å
总原子数 total_atoms	12840
残基数 n_residues	1694
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.8 Å
Rg (实空间) rg_real	38.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	468700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9009
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.018
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.627
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	70640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.968; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.834

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	192.774 Å
晶胞边长 b length_b	192.774 Å
晶胞边长 c length_c	153.297 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	48.860 Å
R 因子 r_factor	0.2232
R_work r_work	0.2219
R_free r_free	0.2528

描述 description	LysR family transcriptional regulator
分子量 formula_weight	25208.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	12943

Crystal structure of NodD-EBD (Effector Binding Domain) from Rhizobium leguminosarum bv. vicae 3841

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LysR family transcriptional regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Rhizobium leguminosarum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	384
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	103

fit	/app/data/saxs_computation/x6/9x6w/9x6w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x6/9x6w/9x6w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x6/9x6w/9x6w.dat