SAXSdb — 9x7i

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3C-like protease

Canine coronavirus 2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2881–3182 链 C； UniProt 2881–3182	未记录	A1D7N (1~{R},2~{S},5~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-azanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-3-[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-(methylsulfonylamino)butanoyl]-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0	分辨率 2.23 Å R-free 0.280
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2881–3182 链 D； UniProt 2881–3182	未记录	A1D7N (1~{R},2~{S},5~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-azanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-3-[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-(methylsulfonylamino)butanoyl]-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0	分辨率 2.23 Å R-free 0.280
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 2881–3182 链 H； UniProt 2881–3182	未记录	A1D7N (1~{R},2~{S},5~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-azanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-3-[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-(methylsulfonylamino)butanoyl]-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0	分辨率 2.23 Å R-free 0.280
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 2881–3182 链 G； UniProt 2881–3182	未记录	A1D7N (1~{R},2~{S},5~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-azanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-3-[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-(methylsulfonylamino)butanoyl]-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0	分辨率 2.23 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9X7I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9IR8 CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 6 提交 2024-07-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2881–3182（302 aa）链 D 2881–3182（302 aa）	未记录	A1D7M (2~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-azanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-(methylsulfonylamino)butanoyl]amino]-4-methyl-pentanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0	分辨率 2.12 Å R-free 0.273
9IR8 CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 6 提交 2024-07-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2881–3182（302 aa）链 C 2881–3182（302 aa）	未记录	A1D7M (2~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-azanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-(methylsulfonylamino)butanoyl]amino]-4-methyl-pentanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0	分辨率 2.12 Å R-free 0.273
9UOP Crystal structure of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 8 提交 2025-04-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2881–3182（302 aa）链 C 2881–3182（302 aa）	未记录	A1EPZ (2~{S})-2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethanoylamino]butanoyl]amino]-4-methyl-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]pentanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG3350, 200 mM Lithium citrate tribasic tetrahydrate, pH8.4	分辨率 1.61 Å R-free 0.230
9UOP Crystal structure of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 8 提交 2025-04-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2881–3182（302 aa）链 D 2881–3182（302 aa）	未记录	A1EPZ (2~{S})-2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethanoylamino]butanoyl]amino]-4-methyl-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]pentanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG3350, 200 mM Lithium citrate tribasic tetrahydrate, pH8.4	分辨率 1.61 Å R-free 0.230
9X7E Crystal of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with nirmatrelvir 提交 2025-10-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2881–3182（302 aa）链 C 2881–3182（302 aa）	未记录	4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0	分辨率 2.37 Å R-free 0.300
9X7E Crystal of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with nirmatrelvir 提交 2025-10-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2881–3182（302 aa）链 F 2881–3182（302 aa）	未记录	4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0	分辨率 2.37 Å R-free 0.300
9X7E Crystal of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with nirmatrelvir 提交 2025-10-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2881–3182（302 aa）链 G 2881–3182（302 aa）	未记录	4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0	分辨率 2.37 Å R-free 0.300
9X7E Crystal of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with nirmatrelvir 提交 2025-10-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2881–3182（302 aa）链 H 2881–3182（302 aa）	未记录	4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 5.0	分辨率 2.37 Å R-free 0.300

共 3 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8F2ZG71_9ALPC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–302； UniProt 2881–3182 作者链 B； PDB构建体 1–302； UniProt 2881–3182 作者链 C； PDB构建体 1–302； UniProt 2881–3182 作者链 D； PDB构建体 1–302； UniProt 2881–3182 作者链 E； PDB构建体 1–302； UniProt 2881–3182 作者链 F； PDB构建体 1–302； UniProt 2881–3182 作者链 G； PDB构建体 1–302； UniProt 2881–3182 作者链 H； PDB构建体 1–302； UniProt 2881–3182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9x7i
沉积日期 deposition_date	2025-10-16
结构标题 title	Crystal of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 3
关键词 keywords	Protease, Mpro, Viral protein-inhibitor complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.70 Å
零角强度 I(0) i0	1769660000.00
分子量 molecular_weight	229100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	219930 Å³
包络体积 envelope_volume	456590 Å³
水化壳体积 shell_volume	76162 Å³
包络直径 envelope_diameter	167.1 Å
壳层 Rg shell_rg	52.03 Å
包络 Rg envelope_rg	50.73 Å
形状 Rg shape_rg	51.70 Å
总 Rg total_rg	51.72 Å
总原子数 total_atoms	17253
残基数 n_residues	2300
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	175.5 Å
Rg (实空间) rg_real	51.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7700e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1769000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8896
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.255
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.674
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.874

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	3C-like protease
分子量 formula_weight	33037.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	17407

SGLRKMAQPSGLVEPCIVRVSYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTTRVINYENEMSSVRLHNFSVSKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSIKAGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVSENATLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNTSMSLESYNTWAKTNSFTELSSTDAFSMLAAKTGQSVEKLLDSIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQ

来源 Source

来源生物 organism	Canine coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2185079
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(1~{R},2~{S},5~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-azanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-3-[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-(methylsulfonylamino)butanoyl]-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide ;
分子量 formula_weight	483.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	154

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	159.119 Å
晶胞边长 b length_b	125.566 Å
晶胞边长 c length_c	158.604 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.76 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.230 Å
最低分辨率 resolution_low	31.720 Å
R 因子 r_factor	0.2389
R_work r_work	0.2368
R_free r_free	0.2804

fit	/app/data/saxs_computation/x7/9x7i/9x7i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x7/9x7i/9x7i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x7/9x7i/9x7i.dat

Crystal of CCoV-HuPn-2018 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3C-like protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction