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9x7t

Dengue 3 NS5 methyltransferase bound to S-Adenosyl-L-homocysteine and Herbacetin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NS5 methyltransferase

dengue virus type 3

UniProt C1KBQ3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2491–2755 未记录 Herbacetin × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.299
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 2491–2755 未记录 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9X7T Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3P8Z Dengue Methyltransferase bound to a SAM-based inhibitor 提交 2010-10-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2491–2752（262 aa） 片段：Methyltransferase
未记录 36A (S)-2-amino-4-(((2S,3S,4R,5R)-5-(6-(3-chlorobenzylamino)-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl)methylthio)butanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 1.70 Å R-free 0.231
3P8Z Dengue Methyltransferase bound to a SAM-based inhibitor 提交 2010-10-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 2491–2752（262 aa） 片段：Methyltransferase
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 1.70 Å R-free 0.231
3P97 Dengue 3 NS5 Methyltransferase bound to the substrate S-Adenosyl methionine 提交 2010-10-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2491–2752（262 aa） 片段：N-terminal domain
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；22.5% Peg8000, 200mM NaCl, 20mM Na3Citrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 1.70 Å R-free 0.221
3P97 Dengue 3 NS5 Methyltransferase bound to the substrate S-Adenosyl methionine 提交 2010-10-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 2491–2752（262 aa） 片段：N-terminal domain
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；22.5% Peg8000, 200mM NaCl, 20mM Na3Citrate, 100mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 1.70 Å R-free 0.221
4R05 Crystal structure of the refolded DENV3 methyltransferase 提交 2014-07-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2491–2752（262 aa） 片段：UNP residues 2491-2752
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；50 mM sodium citrate, pH 5.6, 24-30% PEG 4,000, 5% saturated ammonium sulfate, 10% glycerol, 0-20% DMSO, and 5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.307
4R05 Crystal structure of the refolded DENV3 methyltransferase 提交 2014-07-29 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2491–2752（262 aa） 片段：UNP residues 2491-2752
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；50 mM sodium citrate, pH 5.6, 24-30% PEG 4,000, 5% saturated ammonium sulfate, 10% glycerol, 0-20% DMSO, and 5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.307
4R8R Dengue virus serotype 3 methyltransferase without a bound S-adenosyl methionine 提交 2014-09-02 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2491–2752（262 aa） 片段：N-terminal domain, UNP residues 2491-2752
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；22.5% PEG 8000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, 20mM tri-sodium citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.46 Å R-free 0.218
4R8R Dengue virus serotype 3 methyltransferase without a bound S-adenosyl methionine 提交 2014-09-02 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2491–2752（262 aa） 片段：N-terminal domain, UNP residues 2491-2752
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；22.5% PEG 8000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, 20mM tri-sodium citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.46 Å R-free 0.218
4R8S Dengue serotype 3 methyltransferase bound to Sinefungin 提交 2014-09-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2491–2752（262 aa） 片段：N-terminal domain, UNP residues 2491-2752
未记录 SFG SINEFUNGIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；22.5% PEG 8000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, 20mM tri-sodium citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.48 Å R-free 0.214
4R8S Dengue serotype 3 methyltransferase bound to Sinefungin 提交 2014-09-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2491–2752（262 aa） 片段：N-terminal domain, UNP residues 2491-2752
未记录 SFG SINEFUNGIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；22.5% PEG 8000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, 20mM tri-sodium citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.48 Å R-free 0.214
8KDZ DENGUE 3 NS5 METHYLTRANSFERASE BOUND TO S-Adenosyl-L-homocysteine and Caffeic acid phenethyl ester 提交 2023-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2491–2755（265 aa）
链 B 2491–2755（265 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 QAP 2-phenylethyl (2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；25% PEG 8000 100 mM Tris 200 mM NaCl 20 mM Trisodium citrate
分辨率 2.60 Å R-free 0.273

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C1KBQ3_9FLAV
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 20–284； UniProt 2491–2755 作者链 B； PDB构建体 20–284； UniProt 2491–2755

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9x7t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9x7t
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9x7t
沉积日期 deposition_date2025-10-17
最后修订 last_revision2026-06-10
结构标题 titleDengue 3 NS5 methyltransferase bound to S-Adenosyl-L-homocysteine and Herbacetin
关键词 keywordsDengue 3, NS5 methyltransferase, S-Adenosyl-L-homocysteine, Herbacetin, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.93 Å
零角强度 I(0) i0115021000.00
分子量 molecular_weight55479.0 kDa
排除体积 excluded_volume53058 ų
包络体积 envelope_volume91354 ų
水化壳体积 shell_volume28586 ų
包络直径 envelope_diameter94.6 Å
壳层 Rg shell_rg33.86 Å
包络 Rg envelope_rg27.15 Å
形状 Rg shape_rg26.93 Å
总 Rg total_rg27.46 Å
总原子数 total_atoms4186
残基数 n_residues512
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.7 Å
Rg (实空间) rg_real27.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal115000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8946
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.3 Å
偏度 Skewness skewness0.341
峰度 Kurtosis kurtosis-0.558
角度范围 angular_range— – 0.2850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13910000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.979
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)