SAXSdb — 9x8z

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PqqD family protein

Paenibacillus alginolyticus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–89	未记录	LppA-leader × 1 （A0ABT4G8U6）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% (w/v) PEG 1000, 100mM Potassium phosphate monobasic/Sodium phosphate dibasic, pH 6.2, 200mM Sodium chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–89	未记录	LppA-leader × 1 （A0ABT4G8U6）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% (w/v) PEG 1000, 100mM Potassium phosphate monobasic/Sodium phosphate dibasic, pH 6.2, 200mM Sodium chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0ABT4G916_9BACL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 19–107； UniProt 1–89 作者链 D； PDB构建体 19–107； UniProt 1–89

LppA-leader

Paenibacillus alginolyticus

UniProt A0ABT4G8U6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–27	未记录	PqqD family protein × 1 （A0ABT4G916）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% (w/v) PEG 1000, 100mM Potassium phosphate monobasic/Sodium phosphate dibasic, pH 6.2, 200mM Sodium chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–27	未记录	PqqD family protein × 1 （A0ABT4G916）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% (w/v) PEG 1000, 100mM Potassium phosphate monobasic/Sodium phosphate dibasic, pH 6.2, 200mM Sodium chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0ABT4G8U6_9BACL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–27； UniProt 1–27 作者链 C； PDB构建体 1–27； UniProt 1–27

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9x8z
沉积日期 deposition_date	2025-10-20
结构标题 title	LppB in Complex with LppA leader peptide
关键词 keywords	RRE, Complex, Leader peptide, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.56 Å
零角强度 I(0) i0	10795300.00
分子量 molecular_weight	24416.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30553 Å³
包络体积 envelope_volume	37459 Å³
水化壳体积 shell_volume	16284 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.2 Å
壳层 Rg shell_rg	25.75 Å
包络 Rg envelope_rg	21.10 Å
形状 Rg shape_rg	20.57 Å
总 Rg total_rg	21.33 Å
总原子数 total_atoms	1715
残基数 n_residues	212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.9 Å
Rg (实空间) rg_real	21.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7731
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.480
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.351
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4215000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.748; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.803; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PqqD family protein
分子量 formula_weight	12151.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D
原子数 atom_count	1814

MADLTGSSHHHHHHSQDPMTQYLRMNDYESIQLDMEWIILNTDEYTLTKLNGVGGFCWSLLGAAQTVGSISEAIRKEYEFVNETVEEDIEAFLNDMIGRGLVQHAVS

来源 Source

来源生物 organism	Paenibacillus alginolyticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59839
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LppA-leader
分子量 formula_weight	3314.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C

MEENTKREQKLYARPMVLSQQPVRFET

来源 Source

来源生物 organism	Paenibacillus alginolyticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59839
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	94

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.858 Å
晶胞边长 b length_b	55.595 Å
晶胞边长 c length_c	83.866 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	32.850 Å
R 因子 r_factor	0.2057
R_work r_work	0.2009
R_free r_free	0.2494

fit	/app/data/saxs_computation/x8/9x8z/9x8z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x8/9x8z/9x8z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x8/9x8z/9x8z.dat

LppB in Complex with LppA leader peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PqqD family protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

LppA-leader

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)