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9xdc

TamAB hybrid barrel state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 148.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Translocation and assembly module subunit TamA

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655star

UniProt P0ADE4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–577 未记录 Translocation and assembly module subunit TamB × 1 （P39321） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9XDC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
23SP TamA complex with TamB DUF490 in lipid nanodisc 提交 2026-02-16 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–577（555 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.71 Å
23SQ TamA complex with TamB DUF490 in detergent micelles. 提交 2026-02-16 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–577（555 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.51 Å
2LY3 Solution structure of TamA POTRA domain I 提交 2012-09-11 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 1 22–102（81 aa） 片段：C-terminal beta-signal-like motif
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.4；295 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 ambient
NMR样品组成 1.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TamA domain I, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
4BZA Crystal structure of TamA POTRA domains 1-3 from E. coli 提交 2013-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–275（254 aa） 片段：POTRA DOMAINS 1-3, RESIDUES 22-275
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 HEPES PH 7.5, DI-NA TARTRATE, PEG 3350, NACL, GLYCEROL
分辨率 1.84 Å R-free 0.202
4C00 Crystal structure of TamA from E. coli 提交 2013-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–577（556 aa） 片段：RESIDUES 22-577
未记录 MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 ACT ACETATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 IMIDAZOLE PH 6.0, NA ACETATE, TRIS, NACL, BETA-OG, DMPC, CHAPSO
分辨率 2.25 Å R-free 0.217
9XDD TamAB in non-hybrid barrel state 提交 2025-10-27 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–577（576 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.82 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TAMA_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–577； UniProt 2–577

Translocation and assembly module subunit TamB

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655star

UniProt P39321

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–1259 未记录 Translocation and assembly module subunit TamA × 1 （P0ADE4） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9XDC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
23SP TamA complex with TamB DUF490 in lipid nanodisc 提交 2026-02-16 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 837–1259（423 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.71 Å
23SQ TamA complex with TamB DUF490 in detergent micelles. 提交 2026-02-16 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 837–1259（423 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.51 Å
5VTG The structure of TamB963-1138 from Escherichia coli reveals a novel hydrophobic Beta-taco fold 提交 2017-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 963–1138（176 aa） 片段：UNP residues 963-1138
链 B 963–1138（176 aa） 片段：UNP residues 963-1138
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.1 M HEPES, 15%(v/v) PEG 400, 0.2 M CaCl2
分辨率 1.86 Å R-free 0.251
9XDD TamAB in non-hybrid barrel state 提交 2025-10-27 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–1259（1259 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.82 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TAMB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–1259； UniProt 1–1259

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9xdc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9xdc
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9xdc
沉积日期 deposition_date2025-10-27
结构标题 titleTamAB hybrid barrel state
关键词 keywords;outer membrane, interaction, hybrid, TamAB, PROTEIN TRANSPORT, TamA, TamB, lipid transport, outer membrane insertion, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.55 Å
零角强度 I(0) i0142541000.00
分子量 molecular_weight95704.0 kDa
排除体积 excluded_volume119530 ų
包络体积 envelope_volume193270 ų
水化壳体积 shell_volume41104 ų
包络直径 envelope_diameter159.3 Å
壳层 Rg shell_rg43.71 Å
包络 Rg envelope_rg41.56 Å
形状 Rg shape_rg41.56 Å
总 Rg total_rg41.65 Å
总原子数 total_atoms6763
残基数 n_residues888
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax148.9 Å
Rg (实空间) rg_real41.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.69 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal142500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8156
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.2 Å
偏度 Skewness skewness0.618
峰度 Kurtosis kurtosis-0.025
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12240000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.717; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.794; Smooth: 0.656
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)