SAXSdb — 9xtb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–463 链 B； UniProt 1–463 链 C； UniProt 1–463 链 D； UniProt 1–463 链 G； UniProt 1–463 链 H； UniProt 1–463 链 J； UniProt 1–463 链 K； UniProt 1–463 链 L； UniProt 1–463 链 N； UniProt 1–463 链 O； UniProt 1–463 链 R； UniProt 1–463 链 S； UniProt 1–463 链 T； UniProt 1–463 链 V； UniProt 1–463 链 W； UniProt 1–463 链 X； UniProt 1–463 链 Z； UniProt 1–463 链 a； UniProt 1–463 链 b； UniProt 1–463 链 d； UniProt 1–463 链 e； UniProt 1–463 链 f； UniProt 1–463 链 i； UniProt 1–463 链 j； UniProt 1–463 链 m； UniProt 1–463 链 n； UniProt 1–463 链 o； UniProt 1–463	未记录	NA SODIUM ION × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9XTB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9V96 Cryo-EM structure of the inner core of ArlA2 filament of Haloarcula marismortui 提交 2025-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 38 PDB 声明：38-meric	链 A 1–463（463 aa）链 B 1–463（463 aa）链 C 1–463（463 aa）链 D 1–463（463 aa）链 E 1–463（463 aa）链 G 1–463（463 aa）链 H 1–463（463 aa）链 I 1–463（463 aa）链 J 1–463（463 aa）链 K 1–463（463 aa）链 L 1–463（463 aa）链 M 1–463（463 aa）链 N 1–463（463 aa）链 O 1–463（463 aa）链 P 1–463（463 aa）链 R 1–463（463 aa）链 S 1–463（463 aa）链 T 1–463（463 aa）链 U 1–463（463 aa）链 V 1–463（463 aa）链 W 1–463（463 aa）链 X 1–463（463 aa）链 Y 1–463（463 aa）链 Z 1–463（463 aa）链 a 1–463（463 aa）链 b 1–463（463 aa）链 d 1–463（463 aa）链 e 1–463（463 aa）链 f 1–463（463 aa）链 g 1–463（463 aa）链 i 1–463（463 aa）链 j 1–463（463 aa）链 k 1–463（463 aa）链 l 1–463（463 aa）链 m 1–463（463 aa）链 n 1–463（463 aa）链 o 1–463（463 aa）链 p 1–463（463 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 38	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.14 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5V881_HALMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 B； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 C； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 D； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 G； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 H； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 J； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 K； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 L； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 N； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 O； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 R； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 S； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 T； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 V； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 W； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 X； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 Z； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 a； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 b； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 d； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 e； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 f； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 i； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 j； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 m； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 n； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 o； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9xtb
沉积日期 deposition_date	2025-11-22
结构标题 title	Cryo-EM structure of ArlA2 filament of Haloarcula marismortui
关键词 keywords	archaellum, haloarcheon, PROTEIN FIBRIL; PROTEIN FIBRIL
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	78.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	77.39 Å
零角强度 I(0) i0	26068500000.00
分子量 molecular_weight	1285100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1570900 Å³
包络体积 envelope_volume	2776200 Å³
水化壳体积 shell_volume	282650 Å³
包络直径 envelope_diameter	289.6 Å
壳层 Rg shell_rg	88.52 Å
包络 Rg envelope_rg	74.47 Å
形状 Rg shape_rg	77.41 Å
总 Rg total_rg	77.41 Å
总原子数 total_atoms	90160
残基数 n_residues	12628
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	195.2 Å
Rg (实空间) rg_real	76.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5290e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1190e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	79.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26160000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8921
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	97.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.054
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.603
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1359
最高正则化参数 α highest_alpha	7407000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 0.981; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	309194

描述 description	Flagellin
分子量 formula_weight	47382.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	28

Cryo-EM structure of ArlA2 filament of Haloarcula marismortui

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D,G,H,J,K,L,N,O,R,S,T,V,W,X,Z,a,b,d,e,f,i,j,m,n,o,B
原子数 atom_count	90160

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

fit	/app/data/saxs_computation/xt/9xtb/9xtb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xt/9xtb/9xtb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xt/9xtb/9xtb.dat