9xub

Crystal Structure of Thioredoxin reductase from Mycobacterium tuberculosis.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 111.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin reductase

Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh)

UniProt P9WHH0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 14–321 链 B; UniProt 14–321 未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.2;294 K;0.2 M Ammonium nitrate PH 6.2,20% w/v Polyethylene glycol 3350 分辨率 2.60 Å R-free 0.232
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 14–321 链 D; UniProt 14–321 未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.2;294 K;0.2 M Ammonium nitrate PH 6.2,20% w/v Polyethylene glycol 3350 分辨率 2.60 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRXB_MYCTO
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–309; UniProt 14–321 作者链 B; PDB构建体 2–309; UniProt 14–321 作者链 C; PDB构建体 2–309; UniProt 14–321 作者链 D; PDB构建体 2–309; UniProt 14–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9xub

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9xub
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9xub
沉积日期 deposition_date2025-11-24
结构标题 titleCrystal Structure of Thioredoxin reductase from Mycobacterium tuberculosis.
关键词 keywordsThioredoxin reductase, Mycobacterium tuberculosis, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.70
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.22
零角强度 I(0) i0258758000.00
分子量 molecular_weight123310.0 kDa
排除体积 excluded_volume151850 ų
包络体积 envelope_volume189790 ų
水化壳体积 shell_volume46938 ų
包络直径 envelope_diameter122.5
壳层 Rg shell_rg40.54
包络 Rg envelope_rg33.36
形状 Rg shape_rg33.22
总 Rg total_rg33.71
总原子数 total_atoms8660
残基数 n_residues1136
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax111.9
Rg (实空间) rg_real33.69
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.87
I(0) (实空间) i0_real2.5880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal258800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8865
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.1
偏度 Skewness skewness0.348
峰度 Kurtosis kurtosis-0.359
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha98400000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.937

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)