SAXSdb — 9xuk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucose-1-phosphate adenylyltransferase small subunit, chloroplastic

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 72–520 链 C； UniProt 72–520	未记录	Glucose-1-phosphate adenylyltransferase large subunit 1, chloroplastic × 2 （P55229）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9XUK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9XUL Pi-bound ADP-Glucose Pyrophosphorylase 提交 2025-11-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 72–520（449 aa）链 C 72–520（449 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å
9XUM 3PGA-bound ADP-Glucose Pyrophosphorylase 提交 2025-11-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 72–520（449 aa）链 C 72–520（449 aa）	未记录	3PG 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å
9XUR ADPG-bound ADP-Glucose Pyrophosphorylase 提交 2025-11-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 72–520（449 aa）链 C 72–520（449 aa）	未记录	3PG 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID × 4 ADQ ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
9XUS ATP-bound ADP-Glucose Pyrophosphorylase 提交 2025-11-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 72–520（449 aa）链 C 72–520（449 aa）	未记录	3PG 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLGS_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–470； UniProt 72–520 作者链 C； PDB构建体 22–470； UniProt 72–520

Glucose-1-phosphate adenylyltransferase large subunit 1, chloroplastic

Arabidopsis thaliana

UniProt P55229

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 67–522 链 D； UniProt 67–522	未记录	Glucose-1-phosphate adenylyltransferase small subunit, chloroplastic × 2 （P55228）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9XUK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9XUL Pi-bound ADP-Glucose Pyrophosphorylase 提交 2025-11-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 67–522（456 aa）链 D 67–522（456 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å
9XUM 3PGA-bound ADP-Glucose Pyrophosphorylase 提交 2025-11-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 67–522（456 aa）链 D 67–522（456 aa）	未记录	3PG 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å
9XUR ADPG-bound ADP-Glucose Pyrophosphorylase 提交 2025-11-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 67–522（456 aa）链 D 67–522（456 aa）	未记录	3PG 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID × 4 ADQ ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
9XUS ATP-bound ADP-Glucose Pyrophosphorylase 提交 2025-11-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 67–522（456 aa）链 D 67–522（456 aa）	未记录	3PG 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLGL1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 22–477； UniProt 67–522 作者链 D； PDB构建体 22–477； UniProt 67–522

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9xuk
沉积日期 deposition_date	2025-11-24
结构标题 title	ADP-Glucose Pyrophosphorylase
关键词 keywords	heterotetramer, ADPG, PLANT PROTEIN, amylosynthesis; PLANT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.75 Å
零角强度 I(0) i0	537167000.00
分子量 molecular_weight	190370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	239210 Å³
包络体积 envelope_volume	308640 Å³
水化壳体积 shell_volume	68068 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.6 Å
壳层 Rg shell_rg	44.80 Å
包络 Rg envelope_rg	35.52 Å
形状 Rg shape_rg	35.72 Å
总 Rg total_rg	36.41 Å
总原子数 total_atoms	13410
残基数 n_residues	1726
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.1 Å
Rg (实空间) rg_real	36.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	537300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8988
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.058
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.533
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	197300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.914

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glucose-1-phosphate adenylyltransferase small subunit, chloroplastic
分子量 formula_weight	51517.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	13410

MGSHHHHHHHHGSGSGSGSGSVSDSQNSQTCLDPDASSSVLGIILGGGAGTRLYPLTKKRAKPAVPLGANYRLIDIPVSNCLNSNISKIYVLTQFNSASLNRHLSRAYASNMGGYKNEGFVEVLAAQQSPENPNWFQGTADAVRQYLWLFEEHNVLEYLILAGDHLYRMDYEKFIQAHRETDADITVAALPMDEQRATAFGLMKIDEEGRIIEFAEKPKGEHLKAMKVDTTILGLDDQRAKEMPFIASMGIYVVSRDVMLDLLRNQFPGANDFGSEVIPGATSLGLRVQAYLYDGYWEDIGTIEAFYNANLGITKKPVPDFSFYDRSAPIYTQPRYLPPSKMLDADVTDSVIGEGCVIKNCKIHHSVVGLRSCISEGAIIEDSLLMGADYYETATEKSLLSAKGSVPIGIGKNSHIKRAIIDKNARIGDNVKIINSDNVQEAARETDGYFIKSGIVTVIKDALIPTGTVI

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glucose-1-phosphate adenylyltransferase large subunit 1, chloroplastic
分子量 formula_weight	52535.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MGSWSHPQFEKGSGSGSGSGSSLNSVAGESKVQELETEKRDPRTVASIILGGGAGTRLFPLTKRRAKPAVPIGGAYRLIDVPMSNCINSGINKVYILTQYNSASLNRHLARAYNSNGLGFGDGYVEVLAATQTPGESGKRWFQGTADAVRQFHWLFEDARSKDIEDVLILSGDHLYRMDYMDFIQDHRQSGADISISCIPIDDRRASDFGLMKIDDKGRVISFSEKPKGDDLKAMAVDTTILGLSKEEAEKKPYIASMGVYVFKKEILLNLLRWRFPTANDFGSEIIPFSAKEFYVNAYLFNDYWEDIGTIRSFFEANLALTEHPGAFSFYDAAKPIYTSRRNLPPSKIDNSKLIDSIISHGSFLTNCLIEHSIVGIRSRVGSNVQLKDTVMLGADYYETEAEVAALLAEGNVPIGIGENTKIQECIIDKNARVGKNVIIANSEGIQEADRSSDGFYIRSGITVILKNSVIKDGVVI

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.95 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	633355

fit	/app/data/saxs_computation/xu/9xuk/9xuk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xu/9xuk/9xuk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xu/9xuk/9xuk.dat

ADP-Glucose Pyrophosphorylase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucose-1-phosphate adenylyltransferase small subunit, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glucose-1-phosphate adenylyltransferase large subunit 1, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)