SAXSdb — 9xzx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enterotoxin type C-2

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 31–266	未记录	NB C107 × 1 NB C112 × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9XZX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CQV CRYSTAL STRUCTURE OF STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C2 AT 100K CRYSTALLIZED AT PH 5.0 提交 1999-08-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；20% PEG 8000, 0.2M MAGNESIUM ACETATE, 0.1M CACODYLATE AT PH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.06 Å R-free 0.280
1I4P CRYSTAL STRUCTURE OF STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C2 AT 100K CRYSTALLIZED AT PH 5.5 提交 2001-02-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；PEG 8000, magnesium Acetate, cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.263
1I4Q CRYSTAL STRUCTURE OF STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C2 AT 100K CRYSTALLIZED AT PH 6.0 提交 2001-02-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；PEG 8000, magnesium acetate, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
1I4R CRYSTAL STRUCTURE OF STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C2 AT 100K CRYSTALLIZED AT PH 6.5 提交 2001-02-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；PEG 8000, magnesium acetate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K	分辨率 2.10 Å R-free 0.243
1I4X STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C2, MONOCLINIC FORM CRYSTALLIZED AT PH 8.0 提交 2001-02-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 6000, Tris, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.40 Å
1SE2 STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C2, MONOCLINIC FORM 提交 1995-07-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.320
1STE STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C2 FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS 提交 1995-08-21	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
1UNS IDENTIFICATION OF A SECONDARY ZINC-BINDING SITE IN STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C2: IMPLICATIONS FOR SUPERANTIGEN RECOGNITION 提交 2003-09-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–266（239 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.225

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENTC2_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–236； UniProt 31–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9xzx
沉积日期 deposition_date	2025-08-27
结构标题 title	Staphylococcal Enterotoxin C in complex with NB C107 and NB C112
关键词 keywords	Nanobody, VHH, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.36 Å
零角强度 I(0) i0	48694800.00
分子量 molecular_weight	53125.0 kDa
排除体积 excluded_volume	65946 Å³
包络体积 envelope_volume	80267 Å³
水化壳体积 shell_volume	27484 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.7 Å
壳层 Rg shell_rg	31.53 Å
包络 Rg envelope_rg	25.68 Å
形状 Rg shape_rg	25.33 Å
总 Rg total_rg	26.13 Å
总原子数 total_atoms	7356
残基数 n_residues	474
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9340e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8141
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.548
峰度 Kurtosis kurtosis	0.080
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16880000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.602; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.779; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Enterotoxin type C-2
分子量 formula_weight	27278.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7356

PDPTPDELHKSSEFTGTMGNMKYLYDDHYVSATKVMSVDKFLAHDLIYNISDKKLKNYDKVKTELLNEDLAKKYKDEVVDVYGSNYYVNCYFSSKDNVGKVTGGKTCMYGGITKHEGNHFDNGNLQNVLIRVYENKRNTISFEVQTDKKSVTAQELDIKARNFLINKKNLYEFNSSPYETGYIKFIENNGNTFWYDMMPAPGDKFDQSKYLMMYNDNKTVDSKSVKIEVHLTTKNG

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NB C107
分子量 formula_weight	12440.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAPSGSTSGIYASGWYRQVPGKPQEWLADISRGGSTKYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTATYYCRVIDTLGAEYRGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	NB C112
分子量 formula_weight	13691.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

QVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCTASERMYGIEMGWFRQAPGKERELVAAITWSGVVSHLQESVKGRFTISRDNPKKTVYLQMNSLKPEDTATYYCAGHRLQWASGYTRHDYGSWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	189726

fit	/app/data/saxs_computation/xz/9xzx/9xzx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xz/9xzx/9xzx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xz/9xzx/9xzx.dat

Staphylococcal Enterotoxin C in complex with NB C107 and NB C112

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enterotoxin type C-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)