SAXSdb — 9y12

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetyltransferase (GNAT) family protein

Bacteroides fragilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–151 链 G； UniProt 1–151	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	COA COENZYME A × 2 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；295 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS pH 10.5, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.50 Å R-free 0.224
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–151 链 C； UniProt 1–151	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	COA COENZYME A × 2 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；295 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS pH 10.5, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.50 Å R-free 0.224
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–151 链 E； UniProt 1–151	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	COA COENZYME A × 2 SO4 SULFATE ION × 5 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；295 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS pH 10.5, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.50 Å R-free 0.224
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–151 链 H； UniProt 1–151	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	COA COENZYME A × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；295 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS pH 10.5, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.50 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A149N1Y8_BACFG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–154； UniProt 1–151 作者链 B； PDB构建体 4–154； UniProt 1–151 作者链 C； PDB构建体 4–154； UniProt 1–151 作者链 D； PDB构建体 4–154； UniProt 1–151 作者链 E； PDB构建体 4–154； UniProt 1–151 作者链 F； PDB构建体 4–154； UniProt 1–151 作者链 G； PDB构建体 4–154； UniProt 1–151 作者链 H； PDB构建体 4–154； UniProt 1–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9y12
沉积日期 deposition_date	2025-08-29
最后修订 last_revision	2025-09-10
结构标题 title	Crystal Structure of N-Acetyl Transferase Domain-Containing Protein from Bacteroides fragilis
关键词 keywords	N-acetyl transferase, GNAT domain, Midwest center for Structural Genomics (MCSG), TRANSFERASE, PSI-2, Protein Structure Initiative; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.26 Å
零角强度 I(0) i0	387563000.00
分子量 molecular_weight	152690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	186150 Å³
包络体积 envelope_volume	269320 Å³
水化壳体积 shell_volume	49367 Å³
包络直径 envelope_diameter	166.1 Å
壳层 Rg shell_rg	46.11 Å
包络 Rg envelope_rg	49.59 Å
形状 Rg shape_rg	50.24 Å
总 Rg total_rg	50.14 Å
总原子数 total_atoms	10620
残基数 n_residues	1192
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	158.5 Å
Rg (实空间) rg_real	50.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	387100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7541
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.586
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.464
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.722; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.635; Smooth: 0.002

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Acetyltransferase (GNAT) family protein
分子量 formula_weight	18305.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	10683

SNAMDIISLRKSPQYLEEAIAYFQRKWADENSRMVYDNCFRTCLESESPLPQWYLLINGEGEIIGCAGLATNDFNSRMDLYPWLVALFIEEQYRGHNYGNLLIKAVEEDTRRLGFGNLYLCTTHTGYYEHFNFVYIGDCYHPWGEHTRVYQKEI

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	817
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COENZYME A
分子量 formula_weight	767.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.963 Å
晶胞边长 b length_b	92.963 Å
晶胞边长 c length_c	218.508 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	46.480 Å
R 因子 r_factor	0.1992
R_work r_work	0.1889
R_free r_free	0.2235

fit	/app/data/saxs_computation/y1/9y12/9y12.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y1/9y12/9y12.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y1/9y12/9y12.dat

Crystal Structure of N-Acetyl Transferase Domain-Containing Protein from Bacteroides fragilis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetyltransferase (GNAT) family protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction