9y4g

Structure of tuco-tuco ribosome (rotated, tRNAs, and mRNA)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 237.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息,但缺少统一蛋白身份时,不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly 聚集状态 实体与构建体证据 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 75 / DNA 0 / RNA 8 / 其他聚合物 0 PDB 声明:83-meric 实体 1:Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 × 1 实体 2:40S ribosomal protein S20 × 1 实体 3:40S ribosomal protein S10 × 1 实体 4:40S ribosomal protein S12 × 1 实体 5:40S ribosomal protein S18 × 1 实体 6:40S ribosomal protein S29 × 1 实体 7:40S ribosomal protein S17 × 1 实体 8:40S ribosomal protein S15 × 1 实体 9:40S ribosomal protein S19 × 1 实体 10:40S ribosomal protein S25 × 1 实体 11:40S ribosomal protein S28 × 1 实体 12:40S ribosomal protein S3 × 1 实体 13:40S ribosomal protein S27a × 1 实体 14:40S ribosomal protein S5 × 1 实体 15:40S ribosomal protein S16 × 1 实体 16:18S ribosomal RNA × 1 实体 17:40S ribosomal protein S14 × 1 实体 18:40S ribosomal protein S23 × 1 实体 19:40S ribosomal protein S13 × 1 实体 20:40S ribosomal protein S11 × 1 实体 21:40S ribosomal protein S3a × 1 实体 22:40S ribosomal protein SA × 1 实体 23:40S ribosomal protein S21 × 1 实体 24:40S ribosomal protein S24 × 1 实体 25:40S ribosomal protein S26 × 1 实体 26:40S ribosomal protein S27 × 1 实体 27:40S ribosomal protein S30 × 1 实体 28:40S ribosomal protein S9 × 1 实体 29:40S ribosomal protein S4, X isoform × 1 实体 30:40S ribosomal protein S2 × 1 实体 31:40S ribosomal protein S6 × 1 实体 32:40S ribosomal protein S7 × 1 实体 33:40S ribosomal protein S15a × 1 实体 34:40S ribosomal protein S8 × 1 实体 35:60S ribosomal protein L19 × 1 实体 36:60S ribosomal protein L24 × 1 实体 37:60S ribosomal protein L10a × 1 实体 38:60S ribosomal protein L13a × 1 实体 39:60S ribosomal protein L13 × 1 实体 40:60S ribosomal protein L23 × 1 实体 41:60S ribosomal protein L14 × 1 实体 42:60S ribosomal protein L27a × 1 实体 43:60S ribosomal protein L15 × 1 实体 44:60S ribosomal protein L10-like × 1 实体 45:60S ribosomal protein L5 × 1 实体 46:60S ribosomal protein L18 × 1 实体 47:60S ribosomal protein L8 × 1 实体 48:60S ribosomal protein L18a × 1 实体 49:60S ribosomal protein L21 × 1 实体 50:60S ribosomal protein L17 × 1 实体 51:60S ribosomal protein L22 × 1 实体 52:60S ribosomal protein L23a × 1 实体 53:60S ribosomal protein L26 × 1 实体 54:60S ribosomal protein L27 × 1 实体 55:60S ribosomal protein L28 × 1 实体 56:60S ribosomal protein L35 × 1 实体 57:60S ribosomal protein L29 × 1 实体 58:60S ribosomal protein L3 × 1 实体 59:60S ribosomal protein L7 × 1 实体 60:60S ribosomal protein L31 × 1 实体 61:60S ribosomal protein L32 × 1 实体 62:60S ribosomal protein L35a × 1 实体 63:60S ribosomal protein L34 × 1 实体 64:60S ribosomal protein L36 × 1 实体 65:60S ribosomal protein L37 × 1 实体 66:60S ribosomal protein L38 × 1 实体 67:60S ribosomal protein L39 × 1 实体 68:60S ribosomal protein L4 × 1 实体 69:60S ribosomal protein L40 × 1 实体 70:60S ribosomal protein L41 × 1 实体 71:60S ribosomal protein L37a × 1 实体 72:60S ribosomal protein L36a × 1 实体 73:60S ribosomal protein L11 × 1 实体 74:60S ribosomal protein L9 × 1 实体 75:60S ribosomal protein L6 × 1 实体 76:60S ribosomal protein L7a × 1 实体 77:LSU-alpha rRNA × 1 实体 78:5S ribosomal RNA × 1 实体 79:5.8S rRNA (157-MER) × 1 实体 80:tRNA (78-MER) × 1 实体 81:tRNA (77-MER) × 1 实体 82:;RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U*(MG))-3') ; × 1 实体 83:LSU-beta rRNA (2108-MER) × 1 缺少 UniProt 身份时不显示参考序列区间 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.30 Å

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9y4g

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9y4g
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9y4g
沉积日期 deposition_date2025-09-03
结构标题 titleStructure of tuco-tuco ribosome (rotated, tRNAs, and mRNA)
关键词 keywordsTuco tuco Ribosome, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier93.15
回转半径 Rg (电子) rg_electron94.19
零角强度 I(0) i0304147000000.00
分子量 molecular_weight3242200.0 kDa
排除体积 excluded_volume3452700 ų
包络体积 envelope_volume5740900 ų
水化壳体积 shell_volume456480 ų
包络直径 envelope_diameter310.2
壳层 Rg shell_rg111.80
包络 Rg envelope_rg93.99
形状 Rg shape_rg94.21
总 Rg total_rg94.18
总原子数 total_atoms219311
残基数 n_residues17468
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax237.8
Rg (实空间) rg_real90.51
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real2.9140e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9230e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal94.84
I(0) (倒空间) i0_reciprocal305800000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9129
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary111.9
偏度 Skewness skewness0.114
峰度 Kurtosis kurtosis-0.604
角度范围 angular_range— – 0.0850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.7170
最高正则化参数 α highest_alpha21360000000.0000
实空间数据点数 n_real_points18
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.997; Stabil: 0.969; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (85)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)